PDB-3ffn: Crystal structure of calcium-free human gelsolin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ffn

タイトル

Crystal structure of calcium-free human gelsolin

要素

Gelsolin

キーワード

Actin binding Protein / Gelsolin / Actin / Ca-dependent / Actin capping / Actin-binding / Alternative initiation / Amyloid / Amyloidosis / Calcium / Cytoplasm / Cytoskeleton / Disease mutation / Disulfide bond / Phosphoprotein / Polymorphism / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering / renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / positive regulation of actin nucleation / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / actin cap ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3 Å

データ登録者

Chumnarnsilpa, S. / Robinson, R.C. / Burtnick, L.D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Ca2+ binding by domain 2 plays a critical role in the activation and stabilization of gelsolin.
著者: Nag, S. / Ma, Q. / Wang, H. / Chumnarnsilpa, S. / Lee, W.L. / Larsson, M. / Kannan, B. / Hernandez-Valladares, M. / Burtnick, L.D. / Robinson, R.C.

履歴

登録	2008年12月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ffn.cif.gz	287.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ffn.ent.gz	232.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ffn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ffn_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ffn_full_validation.pdf.gz	472.5 KB	表示
XML形式データ	3ffn_validation.xml.gz	51.5 KB	表示
CIF形式データ	3ffn_validation.cif.gz	70.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/3ffn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/3ffn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ffkC 1d0n 1h1v 1p8x 1p8z 1rgi 2fgh C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6q9z-2 6q9r-1 6qbf-1 2fsk-d 1814 4it9-d 6pnu-2 4joo-2 3rh9-d 2w8p-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (9) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gelsolin

B: Gelsolin

172 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gelsolin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Gelsolin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.887, 170.887, 152.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-794- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	43 - 73
2	1	1	1	B	43 - 73
1	2	1	1	A	378 - 411
2	2	1	1	B	378 - 411
1	3	1	1	A	733 - 750
2	3	1	1	B	733 - 750
1	4	1	1	A	284 - 371
2	4	1	1	B	284 - 371
1	5	1	1	A	82 - 109
2	5	1	1	B	82 - 109
1	6	1	1	A	116 - 124
2	6	1	1	B	116 - 124
1	7	1	1	A	126 - 149
2	7	1	1	B	126 - 149
1	8	1	1	A	159 - 253
2	8	1	1	B	159 - 253
1	9	1	1	A	259 - 276
2	9	1	1	B	259 - 276
1	1	2	1	A	537 - 732
2	1	2	1	B	537 - 732
1	2	2	1	A	412 - 420
2	2	2	1	B	412 - 420
1	3	2	1	A	422 - 453
2	3	2	1	B	422 - 453
1	4	2	1	A	460 - 525
2	4	2	1	B	460 - 525

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Gelsolin / Actin-depolymerizing factor / ADF / Brevin / AGEL 分子量: 85798.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06396
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.01 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 15% glycerol, 100 mM Bis-Tris HCl, 1.5M ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 105 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→25 Å / Num. obs: 45666 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 27.188

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	% possible all
3-3.11	8.1	0.338	100
3.11-3.23	8.2	0.258	100
3.23-3.38	8.3	0.195	100
3.38-3.56	8.3	0.145	100
3.56-3.78	8.4	0.106	100
3.78-4.07	8.5	0.078	99.9
4.07-4.48	8.6	0.06	99.9
4.48-5.12	8.7	0.056	100
5.12-6.43	8.6	0.068	100
6.43-25	8.1	0.051	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

解像度: 3→24.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 16.037 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.425 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.271	2359	5.2 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
obs	0.222	43262	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→24.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11297	0	0	103	11400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	11549
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.397	1.948	15650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.325	5	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.02	24.46	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.641	15	1905
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.418	15	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8964
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	4575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	7651
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.195	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.15	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.772	1.5	7346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.379	2	11503
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.467	3	4794
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.555	4.5	4147
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	2683	tight positional	0.04	0.05
2	2341	tight positional	0.04	0.05
1	2683	tight thermal	0.09	0.5
2	2341	tight thermal	0.09	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	191	-
R_work	0.259	3065	-
obs	-	-	99.85 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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