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- PDB-3fex: Crystal structure of the CBC-importin alpha complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fex
タイトルCrystal structure of the CBC-importin alpha complex.
要素
  • Importin subunit alpha-2
  • Nuclear cap-binding protein subunit 1
  • Nuclear cap-binding protein subunit 2
キーワードTRANSLATION / PROTEIN TRANSPORT / Cap binding complex / importin alpha / nuclear transport / Coiled coil / mRNA transport / Nucleus / Phosphoprotein / RNA-binding / Acetylation / Cytoplasm / Host-virus interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of RNA binding / snRNA export from nucleus / nuclear cap binding complex / histone mRNA metabolic process / RNA cap binding complex / mRNA metabolic process / positive regulation of RNA export from nucleus / Sensing of DNA Double Strand Breaks / regulation of DNA recombination / positive regulation of mRNA 3'-end processing ...positive regulation of RNA binding / snRNA export from nucleus / nuclear cap binding complex / histone mRNA metabolic process / RNA cap binding complex / mRNA metabolic process / positive regulation of RNA export from nucleus / Sensing of DNA Double Strand Breaks / regulation of DNA recombination / positive regulation of mRNA 3'-end processing / cap-dependent translational initiation / Processing of Intronless Pre-mRNAs / snRNA binding / RNA cap binding / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / regulation of mRNA processing / primary miRNA processing / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / positive regulation of viral life cycle / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / alternative mRNA splicing, via spliceosome / NLS-dependent protein nuclear import complex / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NLS-bearing protein import into nucleus / mRNA 3'-end processing / nuclear localization sequence binding / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / mRNA 3'-end processing / mRNA cis splicing, via spliceosome / RNA catabolic process / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear import signal receptor activity / RNA Polymerase II Transcription Termination / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / regulation of translational initiation / FGFR2 alternative splicing / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Signaling by FGFR2 IIIa TM / DNA metabolic process / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / 7-methylguanosine mRNA capping / positive regulation of type I interferon production / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / mRNA export from nucleus / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA transcription by RNA polymerase II / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / mRNA splicing, via spliceosome / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / histone deacetylase binding / protein import into nucleus / host cell / snRNP Assembly / positive regulation of cell growth / nuclear membrane / molecular adaptor activity / defense response to virus / Estrogen-dependent gene expression / ciliary basal body / ribonucleoprotein complex / Golgi membrane / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MIF4G-like, type 1 / MIF4G-like, type 2 / Nuclear cap-binding protein subunit 1 / MIF4G like / MIF4G like / Nuclear cap-binding protein subunit 2 / NCBP2, RNA recognition motif / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) ...MIF4G-like, type 1 / MIF4G-like, type 2 / Nuclear cap-binding protein subunit 1 / MIF4G like / MIF4G like / Nuclear cap-binding protein subunit 2 / NCBP2, RNA recognition motif / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1 / Nuclear cap-binding protein subunit 2 / Nuclear cap-binding protein subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.549 Å
データ登録者Dias, S.M.G. / Ambrosio, A.L.B. / Cerione, R.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The molecular basis for the regulation of the cap-binding complex by the importins.
著者: Dias, S.M. / Wilson, K.F. / Rojas, K.S. / Ambrosio, A.L. / Cerione, R.A.
履歴
登録2008年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear cap-binding protein subunit 1
B: Nuclear cap-binding protein subunit 2
C: Importin subunit alpha-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,7683
ポリマ－160,7683
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Nuclear cap-binding protein subunit 1
B: Nuclear cap-binding protein subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9882
ポリマ－109,9882
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area38450 Å2
手法PISA
3
C: Importin subunit alpha-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7801
ポリマ－50,7801
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.508, 102.051, 107.878
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nuclear cap-binding protein subunit 1 / Cap binding protein 80 / 80 kDa nuclear cap-binding protein / NCBP 80 kDa subunit / CBP80


分子量: 91960.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBP80, NCBP, NCBP1 / プラスミド: pVL1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF21 / 参照: UniProt: Q09161
#2: タンパク質 Nuclear cap-binding protein subunit 2 / Cap binding protein 20 / 20 kDa nuclear cap-binding protein / NCBP 20 kDa subunit / CBP20 / NCBP- ...Cap binding protein 20 / 20 kDa nuclear cap-binding protein / NCBP 20 kDa subunit / CBP20 / NCBP-interacting protein 1 / NIP1 / Cell proliferation-inducing gene 55 protein


分子量: 18028.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBP20, NCBP2, PIG55 / プラスミド: pVL1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF21 / 参照: UniProt: P52298
#3: タンパク質 Importin subunit alpha-2 / Importin alpha 1 / Karyopherin subunit alpha-2 / SRP1-alpha / RAG cohort protein 1


分子量: 50779.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNA2, RCH1, SRP1 / プラスミド: PET 30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52292

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM KCl, 12% PEG 8000, 100 mM Tris-HCl pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月4日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Horizontal bHorizontal bent Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→15.652 Å / Num. all: 19814 / Num. obs: 18110 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 74.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rsym value: 0.161 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Rsym value: 0.428 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FEY

3fey


解像度: 3.549→15.652 Å / SU ML: 0.54 / Isotropic thermal model: Group ADP / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2924 927 5.13 %
Rwork0.2173 --
obs0.2212 18063 87.5 %
all-20643 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 22.202 Å2 / ksol: 0.252 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.4226 Å20 Å2-4.846 Å2
2---0.9607 Å20 Å2
3----7.4619 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.549→15.652 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10051 0 0 0 10051
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54913937
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4773760
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321595
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021776
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.549-3.73410.31251030.25931884X-RAY DIFFRACTION68
3.7341-3.96450.34191350.23522558X-RAY DIFFRACTION92
3.9645-4.26490.29811190.21722583X-RAY DIFFRACTION92
4.2649-4.68360.28441390.19152545X-RAY DIFFRACTION91
4.6836-5.33770.26571520.18672505X-RAY DIFFRACTION91
5.3377-6.63840.33221430.23352544X-RAY DIFFRACTION90
6.6384-15.65250.23871360.19472517X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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