PDB-3feh: Crystal structure of full length centaurin alpha-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3feh

タイトル

Crystal structure of full length centaurin alpha-1

要素

Centaurin-alpha-1

キーワード

Hydrolase activator / Structural Genomics Consortium / GAP / GTPase activation / SGC / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Zinc-finger / METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / regulation of GTPase activity / phosphatidylinositol bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / Nuclear signaling by ERBB4 / GTPase activator activity / cell surface receptor signaling pathway / intracellular membrane-bounded organelle / zinc ion binding / nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Shen, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Phosphorylation-independent dual-site binding of the FHA domain of KIF13 mediates phosphoinositide transport via centaurin {alpha}1.
著者: Tong, Y. / Tempel, W. / Wang, H. / Yamada, K. / Shen, L. / Senisterra, G.A. / Mackenzie, F. / Chishti, A.H. / Park, H.W.

履歴

登録	2008年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3feh.cif.gz	90.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3feh.ent.gz	65.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3feh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/3feh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/3feh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fm8C 3ljuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wke-1 2fk6-d 4zw2-d 2xdm-3 2h62-d 3zvw-4 3qf7-1 6axg-4 6tla-d 3daw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Centaurin-alpha-1

ヘテロ分子

45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.055, 52.380, 65.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.450, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

The authors state that the biological unit is unknown.

#1: タンパク質	Centaurin-alpha-1 / Putative MAPK-activating protein PM25 分子量: 44999.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENTA1 / プラスミド: pET28-mhl (GI:134105571) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O75689
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.3	42.586456
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
291	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	6.5	25% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K
291	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	6	30% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	23-ID-B	1	0.96863
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.97923, 0.97940

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2007年12月5日
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.96863	1
2	0.97923	1
3	0.9794	1

Reflection

Av σ(I) over netI: 7.2 / D res high: 2.5 Å / D res low: 25 Å

冗長度 (%)	ID	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
6.9	1	98005	0.151	1.67	14184	100
6.8	2	95793	0.169	1.66	14093	99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.37	25	100	1	0.059	3.354	6.5
4.27	5.37	100	1	0.064	1.989	6.6
3.73	4.27	100	1	0.089	1.928	6.9
3.39	3.73	100	1	0.123	1.657	7
3.15	3.39	100	1	0.205	1.406	7
2.96	3.15	100	1	0.323	1.314	7.1
2.82	2.96	100	1	0.462	1.358	7.1
2.69	2.82	100	1	0.645	1.262	7.1
2.59	2.69	100	1	0.777	1.233	7
2.5	2.59	99.9	1	0.99	1.17	6.7
5.37	25	100	2	0.064	3.533	6.5
4.27	5.37	100	2	0.069	1.964	6.6
3.73	4.27	100	2	0.099	1.821	6.9
3.39	3.73	100	2	0.141	1.576	7
3.15	3.39	100	2	0.237	1.347	7.1
2.96	3.15	100	2	0.373	1.261	7.1
2.82	2.96	100	2	0.544	1.258	7.1
2.69	2.82	100	2	0.718	1.235	7
2.59	2.69	99.6	2	0.84	1.248	6.6
2.5	2.59	97.2	2	0.96	1.215	6

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 27553 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Χ²: 1.894

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.9-1.97	1.7	0.377	1607	1.607	53.8
1.97-2.05	2	0.313	2233	1.084	74.7
2.05-2.14	2.5	0.286	2733	1.373	90.8
2.14-2.25	2.9	0.23	2926	1.273	97.4
2.25-2.39	3.3	0.197	3015	1.204	99.3
2.39-2.58	3.6	0.153	2998	1.365	99.8
2.58-2.84	3.7	0.117	2994	1.643	99.8
2.84-3.25	3.6	0.087	3028	2.009	99.7
3.25-4.09	3.5	0.062	3033	2.717	99.5
4.09-50	3.3	0.056	2986	3.526	95.8

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.61 Å / D res low: 25 Å / FOM : 0.33 / 反射: 11666

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	50.429	0.659	0.163	0.083	1.011
2	Se	60	0.544	0.171	0.471	1.118
3	Se	17.648	0.268	0.355	0.248	0.728
4	Se	60	0.206	0.296	0.409	0.746
5	Se	60	0.102	0.228	0.473	0.745

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
9.07-25	0.64	659
5.83-9.07	0.61	1057
4.59-5.83	0.54	1291
3.91-4.59	0.42	1503
3.46-3.91	0.34	1668
3.13-3.46	0.23	1768
2.89-3.13	0.15	1850
2.69-2.89	0.1	1870

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.11	位相決定
RESOLVE		位相決定
REFMAC	5.4.0069	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→37.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / WR_factor R_free: 0.252 / WR_factor R_work: 0.205 / SU B: 4.309 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	1374	4.99 %	RANDOM
R_work	0.209	-	-	-
obs	0.211	27536	91.106 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.335 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.63 Å²	0 Å²	0.925 Å²
2-	-	0.223 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2847	0	3	136	2986

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2944
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.474	1.93	3994
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.802	3	4895
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.236	5	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.209	22.781	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.474	15	451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.435	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	403
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	683
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.669	2	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.471	2	718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.572	3	2851
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.882	2	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.914	3	1141

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.42	53	0.264	1067	2200	50.909
1.949-2.003	0.235	63	0.246	1380	2156	66.929
2.003-2.061	0.283	75	0.23	1604	2097	80.067
2.061-2.124	0.261	81	0.223	1774	2041	90.887
2.124-2.193	0.257	108	0.217	1825	1999	96.698
2.193-2.27	0.256	98	0.22	1769	1904	98.057
2.27-2.355	0.316	76	0.218	1738	1830	99.126
2.355-2.451	0.284	92	0.218	1704	1801	99.722
2.451-2.56	0.212	84	0.204	1615	1704	99.707
2.56-2.684	0.276	93	0.206	1557	1653	99.819
2.684-2.829	0.264	79	0.213	1469	1554	99.614
2.829-2.999	0.253	81	0.227	1386	1474	99.525
2.999-3.205	0.266	64	0.228	1333	1400	99.786
3.205-3.46	0.273	73	0.209	1215	1292	99.69
3.46-3.788	0.219	59	0.194	1145	1213	99.258
3.788-4.23	0.199	63	0.178	1006	1074	99.534
4.23-4.875	0.222	44	0.167	900	967	97.622
4.875-5.949	0.315	42	0.207	774	830	98.313
5.949-8.323	0.241	36	0.241	596	648	97.531
8.323-40.193	0.291	10	0.221	305	387	81.395

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関連情報:EMDBヘッダ

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