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万見
- PDB-3fdf: Crystal structure of the serine phosphatase of RNA polymerase II ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fdf
タイトルCrystal structure of the serine phosphatase of RNA polymerase II CTD (SSU72 superfamily) from Drosophila melanogaster. Orthorhombic crystal form. Northeast Structural Genomics Consortium target FR253.
要素FR253
キーワードstructural genomics / unknown function / FR253 phosphatase CTD serine NESG structure Drosofila melanogaster / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #550 / RNA polymerase II subunit A / Ssu72-like protein / Helix Hairpins / Response regulator / Helix non-globular / Special / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Chinag, Y. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. ...Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Chinag, Y. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Orthorombic crystal structure of serine phosphatase of rna polymerase ii ctd from fly drosofila melanogaster. northeast structural genomics consortium target fr253.
著者: Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Chinag, Y. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2008年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FR253
B: FR253
C: FR253
D: FR253


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3074
ポリマ－93,3074
非ポリマー00
水00
1
A: FR253


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3271
ポリマ－23,3271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FR253


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3271
ポリマ－23,3271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: FR253


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3271
ポリマ－23,3271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: FR253


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3271
ポリマ－23,3271
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.599, 157.282, 61.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細monomer

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要素

#1: タンパク質
FR253 / CG14216-PA (LD40846p)


分子量: 23326.709 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG14216, Dmel_CG14216 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) + Magic / 参照: UniProt: Q9VWE4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG3350 18%, benzamidine 2%, KCl 0.2M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97926, 0.97949, 0.96791
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月21日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979261
20.979491
30.967911
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 28511 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 228217.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 1298 5 %RANDOM
Rwork0.252 ---
obs0.252 26155 91.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.153 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 104.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-23 Å20 Å20 Å2
2---10.54 Å20 Å2
3----12.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6240 0 0 0 6240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 211 5.5 %
Rwork0.314 3624 -
obs--81.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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