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- PDB-3fde: Mouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG DNA, crysta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fde
タイトルMouse UHRF1 SRA domain bound with hemi-methylated CpG DNA, crystal structure in space group C222(1) at 1.4 A resolution
要素
  • 5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*(5CM)P*GP*CP*TP*GP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*G)-3'
  • E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
キーワードLIGASE / SRA domain / base flipping / DNA CpG methylation / Cell cycle / Developmental protein / DNA damage / DNA repair / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation / Ubl conjugation / Ubl conjugation pathway / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3 ubiquitin ligase activity / hemi-methylated DNA-binding / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / positive regulation of protein metabolic process / mitotic spindle assembly / heterochromatin / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein autoubiquitination ...histone H3 ubiquitin ligase activity / hemi-methylated DNA-binding / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / positive regulation of protein metabolic process / mitotic spindle assembly / heterochromatin / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein autoubiquitination / : / replication fork / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / nuclear matrix / ubiquitin protein ligase activity / heterochromatin formation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / histone binding / DNA repair / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SRA-YDG / PUA domain-like / : / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. ...SRA-YDG / PUA domain-like / : / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / PUA-like superfamily / PHD-finger / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Ring finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / DNA / DNA (> 10) / E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Hashimoto, H. / Horton, J.R. / Zhang, X. / Cheng, X.
引用
ジャーナル: Epigenetics / 年: 2009
タイトル: UHRF1, a modular multi-domain protein, regulates replication-coupled crosstalk between DNA methylation and histone modifications.
著者: Hashimoto, H. / Horton, J.R. / Zhang, X. / Cheng, X.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: The SRA domain of UHRF1 flips 5-methylcytosine out of the DNA helix.
著者: Hashimoto, H. / Horton, J.R. / Zhang, X. / Bostick, M. / Jacobsen, S.E. / Cheng, X.
履歴
登録2008年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
B: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
D: 5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*(5CM)P*GP*CP*TP*GP*AP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*(5CM)P*GP*CP*TP*GP*AP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,97141
ポリマ－62,5136
非ポリマー1,45735
水12,250680
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
D: 5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*(5CM)P*GP*CP*TP*GP*AP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,98518
ポリマ－31,2573
非ポリマー72915
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-15.4 kcal/mol
Surface area13640 Å2
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
C: 5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*(5CM)P*GP*CP*TP*GP*AP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,98523
ポリマ－31,2573
非ポリマー72920
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-15.4 kcal/mol
Surface area13430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.678, 103.691, 149.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細Asymmetric unit contains two SRA-DNA complexes.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 / Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 1 / Ubiquitin-like-containing PHD and ...Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 1 / Ubiquitin-like-containing PHD and RING finger domains protein 1 / Nuclear zinc finger protein Np95 / Nuclear protein 95


分子量: 23915.711 Da / 分子数: 2 / 断片: YDG domain: UNP residues 419-628 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: hexahistidine-SUMO-tagged construct / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Np95, Uhrf1 / プラスミド: pXC666 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8VDF2, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

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DNA鎖 , 2種, 4分子 DCEF

#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*(5CM)P*GP*CP*TP*GP*AP*C)-3'


分子量: 3637.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA oligo
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*G)-3'


分子量: 3703.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA oligo

-
非ポリマー , 4種, 715分子

#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 9 / 由来タイプ: 合成
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 0.4M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2NaCl11
3PEG 335012
4NaCl12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→32.79 Å / Num. obs: 121098 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 12.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.41→1.45 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.771 / Mean I/σ(I) obs: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.41→32.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.047 / SU ML: 0.035 / Isotropic thermal model: PDB entry 2ZO0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18632 6067 5 %RANDOM
Rwork0.14906 ---
obs0.15093 114952 96.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.522 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å2-0 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.05 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.057 Å0.06 Å
Luzzati sigma a-0.035 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→32.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3349 1016 114 680 5159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0214662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.122.2286454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5635436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.39922.528178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.58115550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8631540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2050.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0213326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1891.52117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.16123380
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.07532476
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4944.53035
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.61334658
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.0953704
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.56134454
LS精密化 シェル解像度: 1.41→1.45 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.453 279 -
Rwork0.481 5243 -
obs-5243 60.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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