PDB-3fd9: Crystal Structure of the transcriptional anti-activator ExsD from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fd9

タイトル

Crystal Structure of the transcriptional anti-activator ExsD from Pseudomonas aeruginosa

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Anti-activator / Transcription regulation / Pseudomonas / repressor / type III secretion

機能・相同性

機能・相同性情報

ExsD N-terminal domain-like / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #190 / Antiactivator protein ExsD / Antiactivator protein ExsD, domain 1 / Antiactivator protein ExsD, domain 2 / : / : / Antiactivator protein ExsD N-terminal domain / Antiactivator protein ExsD helical hairpin domain / Antiactivator protein ExsD C-terminal domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Schubot, F.D.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Structural evidence suggests that antiactivator ExsD from Pseudomonas aeruginosa is a DNA binding protein
著者: Bernhards, R.C. / Jing, X. / Vogelaar, N.J. / Robinson, H. / Schubot, F.D.

履歴

登録	2008年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fd9.cif.gz	295.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fd9.ent.gz	244.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fd9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/3fd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/3fd9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ixq-d 1yd9-d 1czz-d 4zfl-2 1jyc-2 2gkw-1 4ghu-1 1jui-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

87.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.755, 69.347, 86.331
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 29107.633 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 22-276 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌) 株: PA01 / 遺伝子: exsD, PA14_42380 / プラスミド: pDestHMBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q02KK5, UniProt: A0A0H2Z989*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Uncharacterized protein

分子量: 29107.633 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 22-276 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
株: PA01 / 遺伝子: exsD, PA14_42380 / プラスミド: pDestHMBP / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q02KK5, UniProt: A0A0H2Z989*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.66 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 6.8 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.8), 0.2 M Ammonium Acetate, and 30% polyethylene glycol 3350 was combined at a 1:1 ratio with 20ExsD solution at 15 mg/ml in 25 mM Tris-HCl (pH 7.4), 0.15 M NaCl, 2 mM ...詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.8), 0.2 M Ammonium Acetate, and 30% polyethylene glycol 3350 was combined at a 1:1 ratio with 20ExsD solution at 15 mg/ml in 25 mM Tris-HCl (pH 7.4), 0.15 M NaCl, 2 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.66 %

結晶化

温度: 277 K / pH: 6.8
詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.8), 0.2 M Ammonium Acetate, and 30% polyethylene glycol 3350 was combined at a 1:1 ratio with 20ExsD solution at 15 mg/ml in 25 mM Tris-HCl (pH 7.4), 0.15 M NaCl, 2 mM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月16日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→29.401 Å / Num. obs: 23616 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 49.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / R_sym value: 0.11
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / R_sym value: 0.39 / % possible all: 57.4

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
RESOLVE		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→29.4 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1 / 位相誤差: 26.59 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	1213	5.14 %
R_work	0.213	-	-
obs	0.215	23613	86.4 %
all	-	23613	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 19.76 Å² / k_sol: 0.27 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.4078 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-10.5746 Å²	-0 Å²
3-	-	-	9.0783 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.357 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5754	0	0	119	5873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5877
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.832	7982
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.249	2165
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	862
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1039

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.7071	0.3172	67	0.2627	1335	X-RAY DIFFRACTION	47
2.7071-2.8302	0.3237	90	0.2684	1944	X-RAY DIFFRACTION	68
2.8302-2.9793	0.3309	130	0.2628	2322	X-RAY DIFFRACTION	81
2.9793-3.1658	0.3064	136	0.253	2620	X-RAY DIFFRACTION	92
3.1658-3.4099	0.2597	147	0.2283	2713	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4099-3.7524	0.2673	158	0.2037	2783	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7524-4.2939	0.2357	181	0.1839	2805	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2939-5.4044	0.2168	154	0.1702	2861	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4044-29.4029	0.2456	150	0.1922	3017	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3881	0.4514	0.2165	1.2706	0.2727	1.1552	0.0673	-0.0517	0.2386	0.2142	0.0307	-0.0216	0.1163	0.0134	-0.1078	0.2131	0.0389	0.0193	0.1901	0.0369	0.234	31.1019	39.8895	60.4792
2	1.57	-1.0356	0.0891	1.7088	0.3192	1.2531	-0.2158	-0.0998	-0.2189	0.3826	0.1291	0.0025	-0.0168	0.1737	0.0514	0.334	0.0661	-0.0253	0.3192	0.0888	0.1437	45.4706	16.6407	69.8123
3	0.472	-0.1082	0.2561	1.6416	-0.5188	1.0342	-0.0701	-0.1666	-0.0251	0.1889	0.1363	0.0079	-0.0099	-0.0933	-0.0593	0.146	0.0168	-0.0229	0.2104	0.0032	0.1962	57.7422	34.7745	50.9032

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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