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- PDB-3fd9: Crystal Structure of the transcriptional anti-activator ExsD from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fd9
タイトルCrystal Structure of the transcriptional anti-activator ExsD from Pseudomonas aeruginosa
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Anti-activator / Transcription regulation / Pseudomonas (シュードモナス属) / repressor (リプレッサー) / type III secretion
機能・相同性
機能・相同性情報


ExsD N-terminal domain-like / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #190 / Antiactivator protein ExsD / Antiactivator protein ExsD, domain 1 / Antiactivator protein ExsD, domain 2 / Antiactivator protein ExsD N-terminal domain / ESAT-6-like / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Helix Hairpins ...ExsD N-terminal domain-like / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #190 / Antiactivator protein ExsD / Antiactivator protein ExsD, domain 1 / Antiactivator protein ExsD, domain 2 / Antiactivator protein ExsD N-terminal domain / ESAT-6-like / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Schubot, F.D.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Structural evidence suggests that antiactivator ExsD from Pseudomonas aeruginosa is a DNA binding protein
著者: Bernhards, R.C. / Jing, X. / Vogelaar, N.J. / Robinson, H. / Schubot, F.D.
履歴
登録2008年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3233
ポリマ－87,3233
非ポリマー00
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area35420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.755, 69.347, 86.331
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 29107.633 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 22-276 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
株: PA01 / 遺伝子: exsD, PA14_42380 / プラスミド: pDestHMBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q02KK5, UniProt: A0A0H2Z989*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.66 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.8
詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.8), 0.2 M Ammonium Acetate, and 30% polyethylene glycol 3350 was combined at a 1:1 ratio with 20ExsD solution at 15 mg/ml in 25 mM Tris-HCl (pH 7.4), 0.15 M NaCl, 2 mM ...詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.8), 0.2 M Ammonium Acetate, and 30% polyethylene glycol 3350 was combined at a 1:1 ratio with 20ExsD solution at 15 mg/ml in 25 mM Tris-HCl (pH 7.4), 0.15 M NaCl, 2 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月16日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.401 Å / Num. obs: 23616 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 49.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 57.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→29.4 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1 / 位相誤差: 26.59 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 1213 5.14 %
Rwork0.213 --
obs0.215 23613 86.4 %
all-23613 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.76 Å2 / ksol: 0.27 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.4078 Å2-0 Å20 Å2
2---10.5746 Å2-0 Å2
3---9.0783 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.357 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5754 0 0 119 5873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055877
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8327982
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2492165
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058862
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031039
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.70710.3172670.26271335X-RAY DIFFRACTION47
2.7071-2.83020.3237900.26841944X-RAY DIFFRACTION68
2.8302-2.97930.33091300.26282322X-RAY DIFFRACTION81
2.9793-3.16580.30641360.2532620X-RAY DIFFRACTION92
3.1658-3.40990.25971470.22832713X-RAY DIFFRACTION96
3.4099-3.75240.26731580.20372783X-RAY DIFFRACTION97
3.7524-4.29390.23571810.18392805X-RAY DIFFRACTION98
4.2939-5.40440.21681540.17022861X-RAY DIFFRACTION98
5.4044-29.40290.24561500.19223017X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.38810.45140.21651.27060.27271.15520.0673-0.05170.23860.21420.0307-0.02160.11630.0134-0.10780.21310.03890.01930.19010.03690.23431.101939.889560.4792
21.57-1.03560.08911.70880.31921.2531-0.2158-0.0998-0.21890.38260.12910.0025-0.01680.17370.05140.3340.0661-0.02530.31920.08880.143745.470616.640769.8123
30.472-0.10820.25611.6416-0.51881.0342-0.0701-0.1666-0.02510.18890.13630.0079-0.0099-0.0933-0.05930.1460.0168-0.02290.21040.00320.196257.742234.774550.9032
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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