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万見
- PDB-3fcy: Crystal Structure of Acetyl Xylan Esterase 1 from Thermoanaerobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fcy
タイトルCrystal Structure of Acetyl Xylan Esterase 1 from Thermoanaerobacterium sp. JW/SL YS485
要素Xylan esterase 1
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase / carbohydrate esterase / CE7 / Thermoanaerobacterium sp.
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide metabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetyl xylan esterase / Carbohydrate esterase 7 family / Acetyl xylan esterase (AXE1) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermoanaerobacterium sp. 'JW/SL YS485' (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Krastanova, I. / Cassetta, A. / Lamba, D.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of Acetyl Xylan Esterase 1 from Thermoanaerobacterium sp. JW/SL YS485
著者: Krastanova, I. / Cassetta, A. / Wiegel, J. / Lamba, D.
#1: ジャーナル: APPL.ENVIRON.MICROBIOL. / 年: 1995
タイトル: Purification and Characterization of Two Thermostable Acetyl Xylan Esterases from Thermoanaerobacterium sp. Strain JW/SL-YS485
著者: Shao, W. / Wiegel, J.
#2: ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 1997
タイトル: Isolation, Analysis, and Expression of Two Genes from Thermoanaerobacterium sp. Strain JW/SL YS485: a beta-Xylosidase and a Novel Acetyl Xylan Esterase with Cephalosporin C Deacetylase Activity
著者: Lorenz, W.W. / Wiegel, J.
履歴
登録2008年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylan esterase 1
B: Xylan esterase 1
C: Xylan esterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,1955
ポリマ－118,1153
非ポリマー802
水8,809489
1
A: Xylan esterase 1
B: Xylan esterase 1
C: Xylan esterase 1
ヘテロ分子

A: Xylan esterase 1
B: Xylan esterase 1
C: Xylan esterase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,38910
ポリマ－236,2296
非ポリマー1604
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area15970 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area60200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.263, 132.263, 112.914
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-321-

CA

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要素

#1: タンパク質 Xylan esterase 1


分子量: 39371.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacterium sp. 'JW/SL YS485' (バクテリア)
株: JW/SL YS485 / 遺伝子: axe1 / プラスミド: modified pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3)
参照: UniProt: O30361, acetylxylan esterase, cephalosporin-C deacetylase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 14% PEG 400, 0.1M calcium chloride, 0.05M sodium HEPES, pH 7.5, microbatch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. all: 66742 / Num. obs: 66742 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 27.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.01
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3296 / Χ2: 0.972 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å25 Å
Translation3.5 Å25 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ProDCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3FVR

3fvr


解像度: 2.1→25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.864 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 6761 10.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all0.184 66710 --
obs0.184 66710 100 %-
溶媒の処理Bsol: 53.972 Å2
原子変位パラメータBiso max: 59.24 Å2 / Biso mean: 28 Å2 / Biso min: 11.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.705 Å20.702 Å20 Å2
2--2.705 Å20 Å2
3----5.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7572 0 2 489 8063
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.253
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9832
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8942.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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