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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fcw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Mimivirus NDK N62L mutant complexed with UDP | ||||||
![]() | Nucleoside diphosphate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / phosphotransferase / nucleotide binding / ATP-binding / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide metabolism / Nucleotide-binding / Phosphoprotein | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jeudy, S. / Lartigue, A. / Claverie, J.M. / Abergel, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Dissecting the unique nucleotide specificity of mimivirus nucleoside diphosphate kinase. 著者: Jeudy, S. / Lartigue, A. / Claverie, J.M. / Abergel, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 174.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2b8pSC ![]() 2b8qC ![]() 3b6bC ![]() 3ddiC ![]() 3dkdC ![]() 3ee3C ![]() 3eicC ![]() 3ejmC ![]() 3elhC ![]() 3em1C ![]() 3emtC ![]() 3enaC ![]() 3etmC ![]() 3evmC ![]() 3evoC ![]() 3evwC ![]() 3fbbC ![]() 3fbcC ![]() 3fbeC ![]() 3fbfC ![]() 3fc9C ![]() 3fcvC ![]() 3g2xC ![]() 3gp9C ![]() 3gpaC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16300.550 Da / 分子数: 6 / 変異: N62L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MIMI_R418, NDK / プラスミド: pDIGS02 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-UDP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 40 to 44% MPD, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月10日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→76.5 Å / Num. obs: 45260 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 62.8 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 6560 / Rsym value: 0.366 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2b8p 解像度: 2.4→39.073 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.24 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.147 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.4 Å2 / Biso mean: 56 Å2 / Biso min: 30.46 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.073 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16
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