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- PDB-3fcs: Structure of complete ectodomain of integrin aIIBb3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fcs
タイトルStructure of complete ectodomain of integrin aIIBb3
要素
  • Integrin beta-3
  • Integrin, alpha 2b
キーワードCell Adhesion/BLOOD CLOTTING / beta propeller / rossmann fold / egf domain / Cell adhesion / Disease mutation / Glycoprotein / Host-virus interaction / Integrin / Membrane / Phosphoprotein / Receptor / Transmembrane / Cell Adhesion-immune System COMPLEX / Cell Adhesion-BLOOD CLOTTING COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization ...tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / platelet alpha granule membrane / negative regulation of lipoprotein metabolic process / integrin alphav-beta3 complex / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / fibrinogen binding / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / blood coagulation, fibrin clot formation / glycinergic synapse / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / negative regulation of lipid transport / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / : / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Elastic fibre formation / mesodermal cell differentiation / cell-substrate junction assembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / angiogenesis involved in wound healing / filopodium membrane / extracellular matrix binding / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of bone resorption / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of leukocyte migration / apoptotic cell clearance / integrin complex / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / smooth muscle cell migration / Molecules associated with elastic fibres / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / positive regulation of cell-matrix adhesion / negative chemotaxis / cell adhesion mediated by integrin / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / Syndecan interactions / microvillus membrane / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of smooth muscle cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / protein disulfide isomerase activity / cell-substrate adhesion / positive regulation of osteoblast proliferation / PECAM1 interactions / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / lamellipodium membrane / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / fibronectin binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / positive regulation of bone resorption / positive regulation of T cell migration / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of endothelial cell migration / Integrin signaling / embryo implantation / substrate adhesion-dependent cell spreading / protein kinase C binding / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / cell-matrix adhesion / Signal transduction by L1 / response to activity / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / wound healing / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / cell-cell adhesion / platelet activation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / platelet aggregation / ruffle membrane / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of angiogenesis / Signaling by RAF1 mutants
類似検索 - 分子機能
Hormone receptor fold - #30 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin alpha, N-terminal / Hormone receptor fold / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 ...Hormone receptor fold - #30 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 4 / Integrin domains. Chain A, domain 2 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin alpha, N-terminal / Hormone receptor fold / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Laminin / Laminin / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Ribbon / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Integrin beta-3 / Integrin alpha-IIb / Integrin alpha-IIb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Zhu, J. / Luo, B.-H. / Xiao, T. / Zhang, C. / Nishida, N. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Structure of a complete integrin ectodomain in a physiologic resting state and activation and deactivation by applied forces.
著者: Zhu, J. / Luo, B.H. / Xiao, T. / Zhang, C. / Nishida, N. / Springer, T.A.
履歴
登録2008年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin, alpha 2b
B: Integrin beta-3
C: Integrin, alpha 2b
D: Integrin beta-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)368,90241
ポリマ－361,5554
非ポリマー7,34737
水12,214678
1
A: Integrin, alpha 2b
B: Integrin beta-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,68918
ポリマ－180,7782
非ポリマー3,91116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11070 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area74630 Å2
手法PISA
2
C: Integrin, alpha 2b
D: Integrin beta-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,21423
ポリマ－180,7782
非ポリマー3,43621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10610 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area68970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.300, 81.300, 654.623
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22C
13A
23C
14A
24C
15B
25D
16B
26D
17B
27D
18B
28D
19B
29D
110B
210D
111B
211D
112A
212C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1112AA1 - 2211 - 221
2112CC1 - 2211 - 221
1212AA224 - 271224 - 271
2212CC224 - 271224 - 271
1312AA275 - 276275 - 276
2312CC275 - 276275 - 276
1412AA280 - 452280 - 452
2412CC280 - 452280 - 452
1122AA453 - 600453 - 600
2122CC453 - 600453 - 600
1132AA610 - 743610 - 743
2132CC610 - 743610 - 743
1144AA744 - 763744 - 763
2144CC744 - 763744 - 763
1244AA772 - 959772 - 959
2244CC772 - 959772 - 959
1154BB1 - 71 - 7
2154DD1 - 71 - 7
1256BB8 - 108 - 10
2256DD8 - 108 - 10
1354BB11 - 3211 - 32
2354DD11 - 3211 - 32
1454BB36 - 5736 - 57
2454DD36 - 5736 - 57
1554BB434 - 436434 - 436
2554DD434 - 436434 - 436
1164BB58 - 10858 - 108
2164DD58 - 10858 - 108
1264BB353 - 433353 - 433
2264DD353 - 433353 - 433
1174BB109 - 352109 - 352
2174DD109 - 352109 - 352
1184BB437 - 472437 - 472
2184DD437 - 472437 - 472
1194BB473 - 522473 - 522
2194DD473 - 522473 - 522
11104BB523 - 559523 - 559
21104DD523 - 559523 - 559
11114BB560 - 605560 - 605
21114DD560 - 605560 - 605
11125AA601 - 609601 - 609
21125CC601 - 609601 - 609

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
5
7
8
9
10
11
12
4
6
詳細hetero-dimer

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Integrin, alpha 2b


分子量: 104460.719 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-989, Ectodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA2B / プラスミド: pcDNA3.1, pEF1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): 3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q17R67, UniProt: P08514*PLUS
#2: タンパク質 Integrin beta-3 / Platelet membrane glycoprotein IIIa / GPIIIa


分子量: 76316.945 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-716, Extracellular domain / Mutation: P688C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB3, GP3A
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P05106

-
糖 , 5種, 15分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 700分子

#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 10% PEG 3350, 50 mM magnesium acetate, and 0.1 M imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 135066 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.55 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 12.17
反射 シェル解像度: 2.55→2.76 Å / 冗長度: 3.15 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Rsym value: 0.566 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.4.0066精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Combination of PDB ENTRY 1JV2 and 1TXV

1jv2

1txv
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.55→45.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 29.421 / SU ML: 0.317 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.516 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26802 1785 1.3 %RANDOM
Rwork0.23285 ---
obs0.23332 133242 99.91 %-
all-135027 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.839 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.03 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.297 Å / Luzzati sigma a free: 0.317 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→45.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23654 0 462 678 24794
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.02224891
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0216841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7411.98533907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6473.00740845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.26353122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.82624.5831104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.482153967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.95715151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.23794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02127816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.33108943
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2568TIGHT POSITIONAL0.050.25
1A3097MEDIUM POSITIONAL0.090.5
1A2568TIGHT THERMAL0.020.5
1A3097MEDIUM THERMAL0.022
2A871TIGHT POSITIONAL0.050.25
2A1026MEDIUM POSITIONAL0.10.5
2A871TIGHT THERMAL0.020.5
2A1026MEDIUM THERMAL0.012
3A774TIGHT POSITIONAL0.050.25
3A865MEDIUM POSITIONAL0.10.5
3A774TIGHT THERMAL0.010.5
3A865MEDIUM THERMAL0.012
4A2050MEDIUM POSITIONAL0.280.5
4A2050MEDIUM THERMAL0.092
5B663MEDIUM POSITIONAL0.20.5
5B41LOOSE POSITIONAL0.265
5B663MEDIUM THERMAL0.12
5B41LOOSE THERMAL0.0610
6B1719MEDIUM POSITIONAL0.170.5
6B1719MEDIUM THERMAL0.122
7B3174MEDIUM POSITIONAL0.170.5
7B3174MEDIUM THERMAL0.132
8B449MEDIUM POSITIONAL0.140.5
8B449MEDIUM THERMAL0.062
9B573MEDIUM POSITIONAL0.170.5
9B573MEDIUM THERMAL0.072
10B475MEDIUM POSITIONAL0.240.5
10B475MEDIUM THERMAL0.12
11B554MEDIUM POSITIONAL0.180.5
11B554MEDIUM THERMAL0.072
12A53MEDIUM POSITIONAL0.070.5
12A47LOOSE POSITIONAL0.115
12A53MEDIUM THERMAL0.082
12A47LOOSE THERMAL0.1310
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 127 -
Rwork0.411 8771 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.669-0.20910.35711.76580.43681.99830.02390.15890.0807-0.3133-0.1161-0.0579-0.0381-0.14430.0921-0.25360.0012-0.0395-0.0294-0.0057-0.0934-82.622-53.3398-79.4693
21.6977-0.07060.41831.5980.43652.0005-0.0925-0.14130.00290.01610.01480.0564-0.2180.0690.0776-0.1907-0.01610.044-0.3062-0.0659-0.23774.786334.0239.456
35.31481.49542.13812.31880.49585.44150.1148-0.3685-0.09660.06850.1690.2735-0.3069-0.1493-0.2838-0.0568-0.0079-0.0074-0.2487-0.2422-0.0129-47.4587-31.6025-42.6473
42.25491.8080.6765.42672.5665.47630.15260.00460.1531-0.37140.1093-0.0469-0.029-0.3162-0.2619-0.19040.0027-0.2075-0.1838-0.055-0.073-17.0567-1.0633-27.2439
52.640.65862.70433.23043.21517.8315-0.09590.0111-0.1684-0.590.12660.1128-0.6464-0.2333-0.0307-0.0614-0.0075-0.02550.0632-0.25090.0108-33.5079-40.0846-69.5152
63.41010.48643.15752.84492.80718.46510.0809-0.55020.12770.06140.035-0.1708-0.4495-0.648-0.11590.16610.0329-0.1624-0.18070.04380.0788-8.5684-15.1015-0.2543
71.5071-0.32890.16895.33033.8167.4174-0.132-0.26770.14660.15350.1325-0.2849-0.12660.0819-0.0005-0.1336-0.0842-0.1262-0.0461-0.1501-0.2978-43.4014-69.7992-114.9065
82.4053-1.23081.34040.7691-0.12642.99580.0772-1.519-0.60340.30890.3201-0.07780.029-0.7361-0.39740.73560.0093-0.30130.9487-0.02650.22521.0292-7.572944.5094
98.1591-1.55252.49363.3539-2.00833.87610.13680.02490.60870.209-0.1143-0.4263-0.64820.0285-0.02260.11380.0591-0.0546-0.1409-0.0051-0.1827-31.5571-73.4332-42.1754
104.1362-0.8401-0.68258.13293.19973.5169-0.21290.2341-0.144-0.43660.23540.67620.0488-0.7095-0.0225-0.09620.07160.00620.0323-0.1133-0.11524.7938-17.1445-27.7742
114.99491.57132.46412.44812.9644.76720.0126-0.205-0.60480.07430.00890.19760.76870.2044-0.02160.32660.1416-0.1422-0.55430.1004-0.0483-52.3761-87.7205-63.81
123.38791.52584.10946.24641.71356.31620.19030.1258-0.1564-0.17090.078-0.78490.33080.6615-0.2683-0.66040.18840.15730.3088-0.2235-0.036639.20563.7133-6.238
131.9253-0.7382-0.42312.14820.24850.73640.1690.4181-0.5928-0.0205-0.15490.35450.6881-0.2861-0.01410.3006-0.0992-0.1085-0.2293-0.18920.1094-80.6029-87.0349-83.1536
142.266-0.27050.02871.7838-0.63920.5997-0.11090.04690.14050.23870.1108-0.5378-0.31970.71320.0002-0.4633-0.0869-0.07710.2965-0.1614-0.020938.532231.829813.0841
152.6914-1.3749-3.06579.051-0.35583.9345-0.075-0.9920.40620.2852-0.09830.57560.1899-0.61630.1733-0.20240.128100.2486-0.1832-0.2543-39.2518-64.8909-28.2604
162.78551.0639-0.1642.61033.66569.36590.1380.55130.4349-1.143-0.27220.1319-0.7323-0.09130.13420.25350.0924-0.2294-0.12910.0398-0.191816.2263-9.3829-41.7377
179.18372.97811.60355.7373-0.48447.9206-0.2606-0.10070.30850.0753-0.1167-0.12950.14890.22690.3773-0.02820.195-0.0913-0.2974-0.23380.005-32.6151-51.2952-44.161
183.39561.0215-0.7028.9434-0.90116.4364-0.0497-0.0647-0.0109-0.0982-0.1751-0.04520.6239-0.0030.2248-0.24280.1658-0.2171-0.0823-0.07730.0812.6108-16.0107-25.8379
197.79674.21655.06777.18885.42069.35940.0016-0.13880.9855-0.3198-0.143-0.1647-0.3356-0.6620.14140.21480.0522-0.0408-0.48840.0023-0.0519-44.5219-61.884-63.7301
204.39934.3052.83535.60151.31586.1860.1729-0.2882-0.20510.01640.06571.0438-0.6047-0.1218-0.2386-0.27860.0926-0.05210.2574-0.05890.042213.1921-4.1175-6.2051
210.78730.0399-2.76943.42450.33679.8085-0.32190.3554-0.0970.185-0.10380.10550.347-0.12110.42570.03530.0667-0.06980.2095-0.1093-0.2329-45.0747-76.7271-89.5359
228.5751-0.9911.15392.0675-3.86347.27950.0954-0.04410.05330.7884-0.5623-0.64570.0451.0880.46690.5140-0.24230.1586-0.16470.009528.6652-4.534619.7967
230.22410.2408-0.71741.1316-0.2272.63450.4013-0.20370.90180.1321-0.4006-0.10231.1710.1712-0.00080.46780.03810.00820.4976-0.0190.6048-42.3353-95.3977-102.1487
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 452
2X-RAY DIFFRACTION1A2004 - 2007
3X-RAY DIFFRACTION2C1 - 452
4X-RAY DIFFRACTION2C2004 - 2007
5X-RAY DIFFRACTION3A453 - 600
6X-RAY DIFFRACTION4C453 - 600
7X-RAY DIFFRACTION5A601 - 746
8X-RAY DIFFRACTION5A2008
9X-RAY DIFFRACTION6C601 - 746
10X-RAY DIFFRACTION6C2008
11X-RAY DIFFRACTION7A747 - 959
12X-RAY DIFFRACTION8C747 - 959
13X-RAY DIFFRACTION9B1 - 57
14X-RAY DIFFRACTION9B434 - 436
15X-RAY DIFFRACTION10D1 - 57
16X-RAY DIFFRACTION10D434 - 436
17X-RAY DIFFRACTION11B58 - 108
18X-RAY DIFFRACTION11B353 - 433
19X-RAY DIFFRACTION12D58 - 108
20X-RAY DIFFRACTION12D353 - 433
21X-RAY DIFFRACTION13B109 - 352
22X-RAY DIFFRACTION13B2001 - 2003
23X-RAY DIFFRACTION14D109 - 352
24X-RAY DIFFRACTION14D2001 - 2003
25X-RAY DIFFRACTION15B437 - 472
26X-RAY DIFFRACTION16D437 - 472
27X-RAY DIFFRACTION17B473 - 522
28X-RAY DIFFRACTION18D473 - 522
29X-RAY DIFFRACTION19B523 - 559
30X-RAY DIFFRACTION20D523 - 559
31X-RAY DIFFRACTION21B560 - 612
32X-RAY DIFFRACTION22D560 - 612
33X-RAY DIFFRACTION23B613 - 690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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