分子量: 9168.595 Da / 分子数: 1 / 断片: ORF132 domain, residues 51-132 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The protein expressed is a fusion with thioredoxin in N-terminal position. An hexahistidine-tag and a TEV protease cleavage site are inserted between thioredoxin and the protein of interest 由来: (組換発現) Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス) 遺伝子: AFV1_ORF132 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q70LC7
THE PROTEIN USED FOR CRYSTALLIZATION IS THE FULL-LENGTH FORM, BUT THE PROTEIN IS DEGRADED IN ...THE PROTEIN USED FOR CRYSTALLIZATION IS THE FULL-LENGTH FORM, BUT THE PROTEIN IS DEGRADED IN CRYSTALLIZATION PLATES AND THUS FRAGMENT FROM RESIDUE 51 TO THE C-TERMINAL CRYSTALLIZES. THE N-TERMINUS 50 RESIDUES INCLUDING THE EXPRESSION TAG GLY 1 ARE SHOWN BELOW; GVNKKYRQDSKDRYQYKQYIYRSIGGIVPPEMAETVTANQTAQWEAGFTP
-
実験情報
-
実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
-
試料調製
結晶
マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.34 %
結晶化
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 12% PEG 8000, 0.025 mM Na2HPO4/KH2PO4, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
-
データ収集
回折
平均測定温度: 100 K
放射光源
由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器
タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月7日
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.95→25.6 Å / Num. obs: 6349 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 76 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 136.6
反射 シェル
解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 76 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Mean I/σ(I) obs: 89 / Num. unique all: 902 / Rsym value: 0.066 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
PHENIX
モデル構築
REFMAC
5.2.0019
精密化
MOSFLM
データ削減
SCALA
データスケーリング
PHENIX
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.807 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.19619
795
12.6 %
RANDOM
Rwork
0.15699
-
-
-
obs
0.16203
5512
100 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK