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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fb1 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase in Complex with Ribose-1-Phosphate | |||||||||
![]() | Purine-nucleoside phosphorylase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Purine nucleoside phsophorylase / ribose-1-phosphate / Glycosyltransferase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() guanosine phosphorylase activity / nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pereira, H.M. / Garratt, R.C. / Oliva, G. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Purine nucleoside phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with ribose-1-phosphate. 著者: D'Muniz Pereira, H. / Oliva, G. / Garratt, R.C. #1: ![]() タイトル: Structures for the potential drug target purine nucleoside phosphorylase from Schistosoma mansoni causal agent of schistosomiasis. 著者: Pereira, H.D. / Franco, G.R. / Cleasby, A. / Garratt, R.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 334.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 274.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 478.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 498.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31197.254 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SmPNP / プラスミド: pMAL-C2G / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.29 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 18-20% PEG1500, 20% glycerol, 32mM Sodium Acetate, pH 4.9-5.0, vapor diffusion, temperature 277K PH範囲: 4.9-5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.459 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→87.092 Å / Num. all: 139649 / Num. obs: 48547 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 9.362 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.688 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 142.72 Å2 / Biso mean: 35.763 Å2 / Biso min: 9.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.002→56.733 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
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