[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3djf: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Purine Nucleoside Phosph... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3djf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Schistosoma mansoni Purine Nucleoside Phosphorylase in a complex with BCX-34 | ||||||
Components | Purine-nucleoside phosphorylase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase / BCX34 / Inhibitor / Glycosyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information guanosine phosphorylase activity / nucleoside metabolic process / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Schistosoma mansoni (invertebrata) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.302 Å | ||||||
Authors | Postigo, M.P. / Pereira, H.M. / Oliva, G. / Andricopulo, A.D. | ||||||
Citation | Journal: Bioorg.Med.Chem. / Year: 2010 Title: Structural basis for selective inhibition of purine nucleoside phosphorylase from Schistosoma mansoni: kinetic and structural studies. Authors: Castilho, M.S. / Postigo, M.P. / Pereira, H.M. / Oliva, G. / Andricopulo, A.D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3djf.cif.gz | 343.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3djf.ent.gz | 281.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3djf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3djf_validation.pdf.gz | 485.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3djf_full_validation.pdf.gz | 503.4 KB | Display | |
Data in XML | 3djf_validation.xml.gz | 36.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3djf_validation.cif.gz | 50.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/3djf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/3djf | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
|
-Components
#1: Protein | Mass: 31197.254 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Schistosoma mansoni (invertebrata) / Plasmid: Pmal-c2G / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): DH5alpha References: UniProt: Q9BMI9, purine-nucleoside phosphorylase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.34 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 279 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.9 Details: 18% PEG 1500, 32mM Sodium acetate pH 4.9, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.459 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.459 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→89.55 Å / Num. obs: 35710 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 4.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.42 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. measured all: 19998 / Num. unique all: 5135 / Rsym value: 0.486 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.302→27.608 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.36 / σ(F): 0.02 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.603 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 171.11 Å2 / Biso mean: 46.694 Å2 / Biso min: 9.95 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.302→27.608 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|