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- PDB-3fal: humanRXR alpha & mouse LXR alpha complexed with Retenoic acid and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fal
タイトルhumanRXR alpha & mouse LXR alpha complexed with Retenoic acid and GSK2186
要素
  • Oxysterols receptor LXR-alpha
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードSIGNALING PROTEIN / Nuclear hormone receptor nonsteroidal LXR agonist choloestorol metabolism / DNA-binding / Host-virus interaction / Metal-binding / Nucleus / Polymorphism / Receptor / Transcription / Transcription regulation / Ubl conjugation / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of secretion of lysosomal enzymes / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / sterol response element binding / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of pancreatic juice secretion / Nuclear Receptor transcription pathway / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / cellular lipid metabolic process / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress ...negative regulation of secretion of lysosomal enzymes / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / sterol response element binding / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of pancreatic juice secretion / Nuclear Receptor transcription pathway / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / cellular lipid metabolic process / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / negative regulation of macrophage activation / sterol homeostasis / VLDLR internalisation and degradation / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of fatty acid metabolic process / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / negative regulation of lipid transport / Carnitine metabolism / ion binding / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / retinoic acid binding / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / triglyceride homeostasis / nuclear vitamin D receptor binding / apoptotic cell clearance / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / nuclear steroid receptor activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / lipid homeostasis / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / retinoic acid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / positive regulation of protein metabolic process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / transcription coregulator binding / response to progesterone / cholesterol homeostasis / nuclear receptor binding / negative regulation of proteolysis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / fatty acid biosynthetic process / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to lipopolysaccharide / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus
類似検索 - 分子機能
Liver X receptor / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...Liver X receptor / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LO2 / RETINOIC ACID / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Oxysterols receptor LXR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Chao, E.Y. / Caravella, J.A. / Watson, M.A. / Campobasso, N. / Ghisletti, S. / Billin, A.N. / Galardi, C. / Willson, T.M. / Zuercher, W.J. / Collins, J.L.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure-guided design of N-phenyl tertiary amines as transrepression-selective liver X receptor modulators with anti-inflammatory activity.
著者: Chao, E.Y. / Caravella, J.A. / Watson, M.A. / Campobasso, N. / Ghisletti, S. / Billin, A.N. / Galardi, C. / Wang, P. / Laffitte, B.A. / Iannone, M.A. / Goodwin, B.J. / Nichols, J.A. / Parks, ...著者: Chao, E.Y. / Caravella, J.A. / Watson, M.A. / Campobasso, N. / Ghisletti, S. / Billin, A.N. / Galardi, C. / Wang, P. / Laffitte, B.A. / Iannone, M.A. / Goodwin, B.J. / Nichols, J.A. / Parks, D.J. / Stewart, E. / Wiethe, R.W. / Williams, S.P. / Smallwood, A. / Pearce, K.H. / Glass, C.K. / Willson, T.M. / Zuercher, W.J. / Collins, J.L.
履歴
登録2008年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Oxysterols receptor LXR-alpha
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
D: Oxysterols receptor LXR-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,0668
ポリマ－115,4654
非ポリマー1,6014
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9660 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area37300 Å2
手法PISA
2
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
D: Oxysterols receptor LXR-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5334
ポリマ－57,7332
非ポリマー8002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20570 Å2
手法PISA
3
B: Oxysterols receptor LXR-alpha
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5334
ポリマ－57,7332
非ポリマー8002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.212, 90.002, 101.311
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Retinoid X receptor alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1


分子量: 27114.465 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 225-462 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1
プラスミド: T7RXRaLBD_-pACYC184, pRSETa-H6.-thr.mLXRa2-00-455
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19793
#2: タンパク質 Oxysterols receptor LXR-alpha / Liver X receptor alpha / Nuclear orphan receptor LXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 3


分子量: 30618.035 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 200-445 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nr1h3, Lxra
プラスミド: T7RXRaLBD_-pACYC184, pRSETa-H6.-thr.mLXRa2-00-455
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z0Y9
#3: 化合物 ChemComp-REA / RETINOIC ACID / (2E,4E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチル-1-シクロヘキセニル)-2,4,6,8-ノナテトラエン酸


分子量: 300.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O2
#4: 化合物 ChemComp-LO2 / 2-{4-[butyl(3-chloro-4,5-dimethoxybenzyl)amino]phenyl}-1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol / 2-[4-(Butyl{[3-chloro-4,5-bis(methyloxy)phenyl]methyl}amino)phenyl]-1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol


分子量: 499.874 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24ClF6NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE DIFFERENCE IS DESCRIBED AS CONFLICT OR VARIANT BETWEEN DIFFERENT REFERENCES IN UNP REFERENCE Q9Z0Y9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 3uL 6.6mgs/ml protein + 3 uL well containing 21 % - 23 % PEG 3550, 200mM Ammonium Acetate, 100 mM Bis Tris pH 6.5 and 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→42.342 Å / Num. obs: 41753
反射 シェル最高解像度: 2.35 Å / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.36→42.342 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2777 2106 5.04 %
Rwork0.2194 --
obs0.2223 41749 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.928 Å2 / ksol: 0.396 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→42.342 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6968 0 110 16 7094
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3596-2.41450.33951280.24522245X-RAY DIFFRACTION85
2.4145-2.47490.34681480.23832676X-RAY DIFFRACTION100
2.4749-2.54180.30241430.23222679X-RAY DIFFRACTION100
2.5418-2.61660.31841610.2312634X-RAY DIFFRACTION100
2.6166-2.7010.31311470.22032659X-RAY DIFFRACTION100
2.701-2.79750.27851320.22442671X-RAY DIFFRACTION100
2.7975-2.90950.28131450.22592676X-RAY DIFFRACTION100
2.9095-3.04190.30681460.23822671X-RAY DIFFRACTION100
3.0419-3.20220.33631370.24082671X-RAY DIFFRACTION100
3.2022-3.40280.28791330.23032675X-RAY DIFFRACTION100
3.4028-3.66530.25011130.20832703X-RAY DIFFRACTION100
3.6653-4.03390.23391500.18882672X-RAY DIFFRACTION100
4.0339-4.61710.20451350.18592698X-RAY DIFFRACTION100
4.6171-5.81460.25831340.19562699X-RAY DIFFRACTION100
5.8146-42.34850.2471540.22614X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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