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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f9l | ||||||
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タイトル | Evaulaution at Atomic Resolution of the Role of Strain in Destabilizing the Temperature Sensitive T4 Lysozyme Mutant Arg96-->His | ||||||
![]() | Lysozyme | ||||||
![]() | HYDROLASE / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase / T4 lysozyme / bond angle strain / rotamer strain / temperature sensitive mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mooers, B.H.M. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Evaluation at atomic resolution of the role of strain in destabilizing the temperature-sensitive T4 lysozyme mutant Arg 96 --> His. 著者: Mooers, B.H. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme. 著者: Mooers, B.H. / Baase, W.A. / Wray, J.W. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 18618.457 Da / 分子数: 1 / 変異: D72A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: gene e / プラスミド: PHS1403 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 249分子 ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-K / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.73 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 2M Na/K Phosphate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月7日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.82653 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.19→20 Å / Num. all: 58461 / Num. obs: 50477 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.38 / Rsym value: 0.38 / Net I/σ(I): 18.87 |
反射 シェル | 解像度: 1.19→1.24 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 5496 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 88.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO 開始モデル: 1L63 解像度: 1.19→20 Å / Num. parameters: 14529 / Num. restraintsaints: 18092 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 3.8%
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.06 Å / Num. disordered residues: 21 / Occupancy sum hydrogen: 1281 / Occupancy sum non hydrogen: 1507.35 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.19→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.19→1.24 Å / % reflection obs: 70.7 % |