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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f8a | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the R132K:R111L:L121E:R59W Mutant of Cellular Retinoic Acid-Binding Protein Type II Complexed with C15-aldehyde (a retinal analog) at 1.95 Angstrom resolution. | ||||||
要素 | Cellular retinoic acid-binding protein 2 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / CRABPII / retinal / protonated schiff base / C15-aldehyde / retinoic acid / retinoid / Nucleus / Retinol-binding / Transport / Vitamin A | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport / cyclin binding / fatty acid binding / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Jia, X. / Geiger, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chempluschem / 年: 2012 タイトル: Probing Wavelength Regulation with an Engineered Rhodopsin Mimic and a C15-Retinal Analogue 著者: Lee, K.S. / Berbasova, T. / Vasileiou, C. / Jia, X. / Wang, W. / Choi, Y. / Nossoni, F. / Geiger, J.H. / Borhan, B. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Protein engineering: wavelength regulation mechanism investigated in a rhodopsin mimic 著者: Lee, K.S. / Jia, X. / Vasileiou, C. / Geiger, J.H. / Borhan, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3f8a.cif.gz | 47.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3f8a.ent.gz | 32.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3f8a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3f8a_validation.pdf.gz | 847.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3f8a_full_validation.pdf.gz | 850.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3f8a_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3f8a_validation.cif.gz | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/3f8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/3f8a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2g7bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15554.726 Da / 分子数: 1 / 変異: R132K, R111L, L121E, R59W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / プラスミド: CRABPII-pET17b-KLE-R59W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P29373 |
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#2: 化合物 | ChemComp-B3P / |
#3: 化合物 | ChemComp-LSR / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.69 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M bis-tris-propane, 30% PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97869 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月8日 |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97869 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 14776 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 45.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 78.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2G7B 解像度: 1.95→28.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 6.378 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.887 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.003 Å / Total num. of bins used: 20
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