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- PDB-3f7u: Crystal Structure of soluble domain of CA4 in complex with small ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f7u
タイトルCrystal Structure of soluble domain of CA4 in complex with small molecule.
要素Carbonic anhydrase 4
キーワードLYASE / Structure-based drug design. Small molecule complex. CO-CRYSTAL. / Cell membrane / Disease mutation / Glycoprotein / GPI-anchor / Lipoprotein / Membrane / Metal-binding / Retinitis pigmentosa / Sensory transduction / Vision / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


bicarbonate transport / transport vesicle membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / rough endoplasmic reticulum / secretory granule membrane / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / brush border membrane / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide ...bicarbonate transport / transport vesicle membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / rough endoplasmic reticulum / secretory granule membrane / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / brush border membrane / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / trans-Golgi network / one-carbon metabolic process / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / zinc ion binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, CA4/CA15 / Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. ...Carbonic anhydrase, CA4/CA15 / Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AG4 / Carbonic anhydrase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pauly, T.A. / Ferre, R.A.A. / Greasley, S.E. / Paz, R.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Thioether benzenesulfonamide inhibitors of carbonic anhydrases II and IV: structure-based drug design, synthesis, and biological evaluation.
著者: Vernier, W. / Chong, W. / Rewolinski, D. / Greasley, S. / Pauly, T. / Shaw, M. / Dinh, D. / Ferre, R.A. / Nukui, S. / Ornelas, M. / Reyner, E.
履歴
登録2008年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 4
B: Carbonic anhydrase 4
C: Carbonic anhydrase 4
D: Carbonic anhydrase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,24512
ポリマ－121,4584
非ポリマー1,7888
水5,314295
1
A: Carbonic anhydrase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8113
ポリマ－30,3641
非ポリマー4472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Carbonic anhydrase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8113
ポリマ－30,3641
非ポリマー4472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Carbonic anhydrase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8113
ポリマ－30,3641
非ポリマー4472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Carbonic anhydrase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8113
ポリマ－30,3641
非ポリマー4472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.886, 123.830, 152.723
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Carbonic anhydrase 4 / Carbonic anhydrase IV / CA-IV / Carbonate dehydratase IV


分子量: 30364.473 Da / 分子数: 4 / 断片: Soluble Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22748, carbonic anhydrase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-AG4 / N-(3-methoxypropyl)-2-(phenylsulfanyl)-5-sulfamoylpyridine-3-carboxamide


分子量: 381.470 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19N3O4S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 22% PEG 3350, 0.1M Na Acetate, 0.2M Ammonium sulfate, 5mM DTT, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月21日
放射モノクロメーター: Double crystal Si (III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.45 Å / Num. obs: 75487 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / Num. unique all: 7296 / % possible all: 88.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: Unpublished in-house CA4 crystal structure.

解像度: 2→49.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 4.006 / SU ML: 0.114 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26356 3801 5 %RANDOM
Rwork0.21154 ---
obs0.21415 71615 90.21 %-
all-71615 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.195 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→49.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7952 0 104 295 8351
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0228236
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0921.96911108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5535964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.85925376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.465151488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7031532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.21196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0216108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2771.54916
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1227936
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.55633320
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.474.53172
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 276 -
Rwork0.25 4815 -
obs--83.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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