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- PDB-3f4n: Crystal Structure of Pyridoxal Phosphate Biosynthetic Protein Pdx... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f4n
タイトルCrystal Structure of Pyridoxal Phosphate Biosynthetic Protein PdxJ from Yersinia pestis
要素Pyridoxine 5'-phosphate synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE / TIM barrel / Octamer / Pyridoxine biosynthesis / CSGID / Structural Genomics / Structural Genomics of National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxine 5'-phosphate synthase / pyridoxine 5'-phosphate synthase activity / pyridoxine biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal phosphate (active vitamin B6) biosynthesis PdxJ / Pyridoxine 5'-phosphate synthase / Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE / Pyridoxine 5'-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Stam, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of Pyridoxal Phosphate Biosynthetic Protein PdxJ from Yersinia pestis
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Stam, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
B: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
C: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
D: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
E: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
F: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
G: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
H: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,10219
ポリマ－212,8218
非ポリマー2,28111
水12,016667
1
A: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
B: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7044
ポリマ－53,2052
非ポリマー4982
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
2
C: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
D: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8005
ポリマ－53,2052
非ポリマー5943
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
3
E: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
F: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8966
ポリマ－53,2052
非ポリマー6904
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
4
G: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
H: Pyridoxine 5'-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7044
ポリマ－53,2052
非ポリマー4982
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19330 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.627, 114.818, 154.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Pyridoxine 5'-phosphate synthase / E.C.2.6.99.2 / Pyridoxal Phosphate Biosynthetic Protein PdxJ / PNP synthase


分子量: 26602.621 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 解説: N-terminal His-tag with TEV protease cut-site / 遺伝子: pdxJ, y1300, YPO2930, YP_2525 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q8ZCP4, pyridoxine 5'-phosphate synthase
#2: 化合物
ChemComp-PXP / PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキシン5′-りん酸


分子量: 249.158 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12NO6P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M Magnesium sulfate heptahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.402→34.81 Å / Num. all: 75718 / Num. obs: 75718 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 42.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.402→2.44 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3435 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.4精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 1N5W

1n5w


解像度: 2.402→34.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 21.15 / SU ML: 0.216 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.632 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 3763 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.195 71176 --
obs0.195 71176 94.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.632 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.69 Å20 Å20 Å2
2--2.58 Å20 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.402→34.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14621 0 143 667 15431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02215132
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7921.96620544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.47551955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.56723.532671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.486152567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.94615143
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.22417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.791.59675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.467215515
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.58635457
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1884.55029
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.402→2.464 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 240 -
Rwork0.272 4704 -
obs-4944 86.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8084-0.28680.17211.02560.52921.2409-0.0146-0.0189-0.13510.06770.062200.10570.0099-0.04760.0456-0.0090.0080.0583-0.00750.051330.94338.276211.0447
21.55250.00870.53440.9242-0.23520.7394-0.0448-0.20560.0720.01940.01180.0803-0.0071-0.15120.0330.02430.02440.00630.147-0.00970.02550.269827.970317.7246
31.99260.1616-0.05071.07270.1410.3891-0.03220.1175-0.2337-0.02170.1077-0.1337-0.01580.0466-0.07550.04720.00080.00810.0976-0.08120.073957.548335.231717.7032
40.45390.09020.11231.1248-0.131.0704-0.11570.10160.1142-0.04810.03370.0421-0.1634-0.01570.0820.073-0.0041-0.03950.07040.03850.071927.706949.85962.7402
51.3209-0.04950.25231.45360.21610.29660.0125-0.09480.23370.0448-0.04360.0947-0.0037-0.03020.03110.06270.00770.02310.0592-0.06440.093133.101263.812837.5103
61.814-0.6854-0.0311.09450.02410.9186-0.0209-0.22780.1270.07610.072-0.150.06740.0244-0.05110.06380.0072-0.01980.0491-0.03520.048249.125134.945454.7791
71.3385-0.28720.01011.27540.14411.00750.0126-0.17950.15220.026-0.05910.2463-0.0036-0.26090.04650.02490.01910.02060.2074-0.06370.08866.836940.789952.9152
81.1454-0.34440.25030.9844-0.47950.685-0.0218-0.1252-0.10040.01610.0830.0097-0.0065-0.1015-0.06120.041-0.0152-0.00150.12850.06420.033122.92178.086148.2804
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 243
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 243
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 243
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 243
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 243
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 243
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 243
8X-RAY DIFFRACTION8H3 - 243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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