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- PDB-3f2z: Crystal structure of the C-terminal domain of a chitobiase (BF357... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f2z
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of a chitobiase (BF3579) from Bacteroides fragilis, Northeast Structural Genomics Consortium Target BfR260B
要素uncharacterized protein BF3579
キーワードstructural genomics / unknown function / The present C-terminal domain is predominantly composed of beta strands. / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


[protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF1735 / BT_3987-like, N-terminal domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Nair, R. / Everett, J.K. ...Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Nair, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the C-terminal domain of a chitobiase (BF3579) from Bacteroides fragilis, Northeast Structural Genomics Consortium Target BfR260B
著者: Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Nair, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2008年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein BF3579


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9051
ポリマ－17,9051
非ポリマー00
水6,954386
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.893, 51.684, 63.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The C-terminal domain is monomer in solution and crystal.

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein BF3579


分子量: 17904.631 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, residues 291-440 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: NCTC 9343 / 遺伝子: BF3579 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q5L9G5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 5
詳細: Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution: 100 mM NaAcetate (pH 5), 40% PEG 8K, and 100 mM NH4Cl , microbatch under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97914
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→30 Å / Num. all: 75798 / Num. obs: 67612 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 9.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 43.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Mean I/σ(I) obs: 11.54 / Num. unique all: 7565 / Rsym value: 0.089 / % possible all: 72.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS& XtalView & REFMAC 5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.283 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17455 1854 5 %RANDOM
Rwork0.1552 ---
all0.15628 35268 --
obs0.15618 35268 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.287 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.14 Å0.13 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.07 Å0.05 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1168 0 0 386 1554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0221193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0681.9281616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.085148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.75224.3158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.43815200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.307158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02915
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.2554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.2821
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0960.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1210.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0590.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6551.5758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98721183
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4243504
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.014.5433
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.83331262
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free1.8643386
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.48431168
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.333 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 105 -
Rwork0.137 2100 -
obs-2100 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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