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- PDB-3nng: Crystal structure of the F5/8 type C domain of Q5LFR2_BACFN prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nng
タイトルCrystal structure of the F5/8 type C domain of Q5LFR2_BACFN protein from Bacteroides fragilis. Northeast Structural Genomics Consortium Target BfR258E
要素uncharacterized protein
キーワードstructural genomics / unknown function / F5_F8_type_C domain / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF1735 / BT_3987-like, N-terminal domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.177 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Su, M. / Dimaio, F. / Baker, D. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Lee, D. ...Vorobiev, S. / Su, M. / Dimaio, F. / Baker, D. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the F5/8 type C domain of Q5LFR2_BACFN protein from Bacteroides fragilis.
著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Dimaio, F. / Baker, D. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / ...著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Dimaio, F. / Baker, D. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2010年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein
B: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3434
ポリマ－38,2622
非ポリマー802
水1,964109
1
A: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1712
ポリマ－19,1311
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1712
ポリマ－19,1311
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.208, 62.463, 72.001
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細monomer,24.72 kD,99.6%

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein


分子量: 19131.180 Da / 分子数: 2 / 断片: F5_F8_type_C domain / 変異: truncation: 1-178; E157V; C-tag: LEHHHHHH / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: ATCC 25285/NCTC 9343 / 遺伝子: BF1314 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q5LFR2, UniProt: A0A380YW85*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 7
詳細: 40% PEG 4000, 0.1M calcium chloride, 0.1M Bis-Tris Propane, pH 7.0, Microbatch under Paraffin oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.177→50 Å / Num. all: 26092 / Num. obs: 26066 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 2589 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
Rosetta位相決定
CNS位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1k3i

1k3i


解像度: 2.177→31.232 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.85 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: REMARK 3 TLS DETAILS. REMARK 3 NUMBER OF TLS GROUPS: 2 REMARK 3 ORIGIN: CENTER OF MASS REMARK 3 TLS GROUP : 1 REMARK 3 SELECTION: chain A REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 53.8893 19.5140 43. ...詳細: REMARK 3 TLS DETAILS. REMARK 3 NUMBER OF TLS GROUPS: 2 REMARK 3 ORIGIN: CENTER OF MASS REMARK 3 TLS GROUP : 1 REMARK 3 SELECTION: chain A REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 53.8893 19.5140 43.3722 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.0224 T22: 0.0412 REMARK 3 T33: 0.0569 T12: -0.0025 REMARK 3 T13: 0.0007 T23: -0.0048 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 0.5361 L22: 0.6015 REMARK 3 L33: 0.7865 L12: 0.0493 REMARK 3 L13: -0.1665 L23: -0.4384 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.0156 S12: -0.0111 S13: -0.0154 REMARK 3 S21: 0.0017 S22: -0.0052 S23: 0.0173 REMARK 3 S31: 0.0525 S32: 0.0031 S33: 0.0000 REMARK 3 TLS GROUP : 2 REMARK 3 SELECTION: chain B REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 56.8234 40.9299 28.6750 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.1332 T22: 0.0819 REMARK 3 T33: 0.0760 T12: -0.0212 REMARK 3 T13: -0.0086 T23: 0.0023 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 0.5272 L22: 0.4820 REMARK 3 L33: 0.9895 L12: -0.1375 REMARK 3 L13: 0.1975 L23: -0.1302 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.0430 S12: 0.0281 S13: 0.0095 REMARK 3 S21: -0.0465 S22: -0.0134 S23: 0.0236 REMARK 3 S31: -0.2635 S32: 0.0910 S33: -0.0000
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1296 4.98 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.167 26014 99.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.548 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 92.65 Å2 / Biso mean: 28.961 Å2 / Biso min: 4.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.176 Å20 Å2-0 Å2
2--1.281 Å2-0 Å2
3----7.457 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.177→31.232 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2418 0 2 109 2529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072492
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0263407
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.528854
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.177-2.2640.2751440.1622657280197
2.264-2.3670.2821590.18127542913100
2.367-2.4910.261540.1827822936100
2.491-2.6480.2481300.17527462876100
2.648-2.8520.2341390.18127572896100
2.852-3.1390.2661240.16927712895100
3.139-3.5920.211710.16127242895100
3.592-4.5230.1811350.13927772912100
4.523-31.2350.1841400.14727502890100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53610.0493-0.16650.6015-0.43840.78650.0156-0.0111-0.01540.0017-0.00520.01730.05250.003100.0224-0.00250.00070.0412-0.00480.056953.889319.51443.3722
20.5272-0.13750.19750.482-0.13020.9895-0.0430.02810.0095-0.0465-0.01340.0236-0.26350.091-00.1332-0.0212-0.00860.08190.00230.07656.823440.929928.675
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA186 - 338
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB188 - 338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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