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万見
- PDB-5ija: [NiFe] hydrogenase maturation protease HybD from Thermococcus kod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ija
タイトル[NiFe] hydrogenase maturation protease HybD from Thermococcus kodakarensis
要素Hydrogenase-specific maturation endopeptidase
キーワードHYDROLASE / hydrogenase maturation protease
機能・相同性
機能・相同性情報


enzyme activator activity / protein processing / endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Hydrogenase maturation protease / HybD-like / Peptidase A31 family / Peptidase HybD-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydrogenase-specific maturation endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Kwon, S. / Nishitani, Y. / Watanabe, S. / Miki, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)26291012 日本
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a [NiFe] hydrogenase maturation protease HybD from Thermococcus kodakarensis KOD1
著者: Kwon, S. / Nishitani, Y. / Watanabe, S. / Hirao, Y. / Imanaka, T. / Kanai, T. / Atomi, H. / Miki, K.
履歴
登録2016年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrogenase-specific maturation endopeptidase
B: Hydrogenase-specific maturation endopeptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6682
ポリマ－32,6682
非ポリマー00
水2,252125
1
A: Hydrogenase-specific maturation endopeptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3341
ポリマ－16,3341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hydrogenase-specific maturation endopeptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3341
ポリマ－16,3341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.209, 64.467, 106.906
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hydrogenase-specific maturation endopeptidase


分子量: 16334.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: frxA, TK2066 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NKS1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: PEG 6000, Bis-Tris propane

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 27433 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.82→1.86 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CFZ

1cfz


解像度: 1.82→41.15 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2639 1381 5.04 %
Rwork0.2161 --
obs0.2185 27382 98.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→41.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2225 0 0 125 2350
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082247
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.023014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.948834
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8142-1.87910.33811270.29452400X-RAY DIFFRACTION93
1.8791-1.95430.40521390.29082584X-RAY DIFFRACTION100
1.9543-2.04330.36961180.28792594X-RAY DIFFRACTION100
2.0433-2.1510.31591250.27222602X-RAY DIFFRACTION99
2.151-2.28570.29551150.25472617X-RAY DIFFRACTION99
2.2857-2.46220.31231530.2432576X-RAY DIFFRACTION99
2.4622-2.70990.29431550.25122599X-RAY DIFFRACTION99
2.7099-3.1020.29981490.24922633X-RAY DIFFRACTION99
3.102-3.90770.25451630.20382628X-RAY DIFFRACTION99
3.9077-41.15880.2081370.17432768X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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