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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f1p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / PAS domain / heterodimer / internal cavity / Activator / Angiogenesis / Congenital erythrocytosis / Developmental protein / Differentiation / Disease mutation / DNA-binding / Hydroxylation / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription regulation / Ubl conjugation / Alternative splicing / Polymorphism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / Cellular response to hypoxia / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation ...myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / Cellular response to hypoxia / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation / norepinephrine metabolic process / Xenobiotics / surfactant homeostasis / Phase I - Functionalization of compounds / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / epithelial cell maturation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic placenta development / blood vessel remodeling / Endogenous sterols / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / visual perception / NPAS4 regulates expression of target genes / Pexophagy / positive regulation of glycolytic process / regulation of heart rate / mitochondrion organization / erythrocyte differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / lung development / mRNA transcription by RNA polymerase II / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / PPARA activates gene expression / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / transcription coactivator binding / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Neddylation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / nuclear body / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å | ||||||
データ登録者 | Scheuermann, T.H. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Guo, Y. / Bruick, R.K. / Gardner, K.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009 タイトル: Artificial ligand binding within the HIF2alpha PAS-B domain of the HIF2 transcription factor. 著者: Scheuermann, T.H. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Guo, Y. / Bruick, R.K. / Gardner, K.H. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3f1p.cif.gz | 160.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3f1p.ent.gz | 130.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3f1p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3f1p_validation.pdf.gz | 447.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3f1p_full_validation.pdf.gz | 453.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3f1p_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3f1p_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/3f1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/3f1p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13538.300 Da / 分子数: 1 / 断片: HIF2 alpha C-terminal PAS domain / 変異: R247E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: EPAS1, HIF2A, Hypoxia Inducible Factor 2 alpha, MOP2 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99814 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14243.098 Da / 分子数: 1 / 断片: ARNT C-terminal PAS domain / 変異: E362R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: ARNT, Aryl Hydrocarbon Receptor Nuclear Translocator 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P27540 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: vapor diffusion combined with microseeding / pH: 6.5 詳細: 30% PEG3350, 0.1M BisTris, 0.05M Tris, 0.017M NaCl, 0.005M DTT, pH 6.5, vapor diffusion combined with microseeding, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97904 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月15日 |
放射 | モノクロメーター: Custom / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97904 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.17→26.93 Å / Num. obs: 76140 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 11.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 31.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.17→1.18 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1679 / % possible all: 64.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2B02 解像度: 1.17→26.926 Å / SU ML: 0.12 / Isotropic thermal model: individual anisotropic B values / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.809 Å2 / ksol: 0.429 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.17→26.926 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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