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- PDB-3f1o: Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f1o
タイトルCrystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains, with an internally-bound artificial ligand
要素
  • Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
  • Endothelial PAS domain-containing protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / PAS domain / heterodimer / internal cavity / Activator / Angiogenesis / Congenital erythrocytosis / Developmental protein / Differentiation / Disease mutation / DNA-binding / Hydroxylation / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription regulation / Ubl conjugation / Alternative splicing / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / Cellular response to hypoxia / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation ...myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / Cellular response to hypoxia / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation / norepinephrine metabolic process / Xenobiotics / surfactant homeostasis / Phase I - Functionalization of compounds / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / epithelial cell maturation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic placenta development / blood vessel remodeling / Endogenous sterols / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / visual perception / NPAS4 regulates expression of target genes / Pexophagy / positive regulation of glycolytic process / regulation of heart rate / mitochondrion organization / erythrocyte differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / lung development / mRNA transcription by RNA polymerase II / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / PPARA activates gene expression / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / transcription coactivator binding / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Neddylation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / nuclear body / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain ...HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2XY / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / Endothelial PAS domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.598 Å
データ登録者Scheuermann, T.H. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Guo, Y. / Bruick, R.K. / Gardner, K.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Artificial ligand binding within the HIF2alpha PAS-B domain of the HIF2 transcription factor.
著者: Scheuermann, T.H. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Guo, Y. / Bruick, R.K. / Gardner, K.H.
履歴
登録2008年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif ...database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothelial PAS domain-containing protein 1
B: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1354
ポリマ－27,7812
非ポリマー3532
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.761, 83.019, 41.553
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.36, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Endothelial PAS domain-containing protein 1 / EPAS-1 / Member of PAS protein 2 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Hypoxia-inducible ...EPAS-1 / Member of PAS protein 2 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Hypoxia-inducible factor 2 alpha / HIF-2 alpha / HIF2 alpha / HIF-1 alpha-like factor / HLF


分子量: 13538.300 Da / 分子数: 1 / 断片: HIF2 alpha C-terminal PAS domain / 変異: R247E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: EPAS1, HIF2A, Hypoxia Inducible Factor 2 alpha, MOP2
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99814
#2: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1 beta / HIF-1 beta


分子量: 14243.098 Da / 分子数: 1 / 断片: ARNT C-terminal PAS domain / 変異: E362R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ARNT, Aryl Hydrocarbon Receptor Nuclear Translocator
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P27540
#3: 化合物 ChemComp-2XY / N-[2-nitro-4-(trifluoromethyl)phenyl]morpholin-4-amine


分子量: 291.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12F3N3O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: vapor diffusion combined with microseeding / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 3350, 0.1M BisTris, 0.05M Tris, 0.017M NaCl, 0.005M DTT , pH 6.5, vapor diffusion combined with microseeding, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月22日
放射モノクロメーター: Custom / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→26.93 Å / Num. all: 31184 / Num. obs: 31184 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.61 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 732 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX1.3精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2B02

2b02


解像度: 1.598→26.93 Å / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The density for the N463 side chain is relatively poor, that its conformation was informed by that observed in the higher resolution apo structure (rcsb050035, 3F1P) and modeled with a heavy ...詳細: The density for the N463 side chain is relatively poor, that its conformation was informed by that observed in the higher resolution apo structure (rcsb050035, 3F1P) and modeled with a heavy weighting toward geometric ideality at the expense of a best fit against poor density
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2033 1581 5.07 %random
Rwork0.1663 ---
obs0.1683 31173 98.08 %-
all-31184 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.905 Å2 / ksol: 0.412 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4362 Å2-0 Å21.3278 Å2
2---1.3044 Å20 Å2
3----3.1318 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.598→26.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3858 0 30 186 4074
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.048
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_angle_d0.081
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.451
X-RAY DIFFRACTIONf_planarity_d0.009
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.5978-1.64930.23681360.20212541267794
1.6493-1.70830.2411390.18082688282798
1.7083-1.77670.20411230.16492671279498
1.7767-1.85750.20891220.16662716283898
1.8575-1.95540.17751400.15272662280298
1.9554-2.07790.20741510.15412708285998
2.0779-2.23820.18621260.14932726285299
2.2382-2.46330.17741490.16012705285499
2.4633-2.81950.19331660.15632700286699
2.8195-3.55090.18881630.16132717288099
3.5509-26.93360.21581660.17242758292499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.17870.3048-0.07431.6670.22940.4414-0.02470.0086-0.0198-0.12770.0096-0.0448-0.06030.03540.00870.1114-0.0102-0.00890.1308-0.01310.134916.0554-43.57479.9701
20.2044-0.1221-0.01860.39090.37250.99820.0351-0.03880.01430.02510.03030.0052-0.0365-0.0231-0.0540.09130.0050.0050.08060.01180.086618.4012-18.926417.9199
32.7418-0.99011.0945-0.14410.27960.76160.02390.0355-0.0033-0.00760.08870.2030.0025-0.0569-0.10680.16990.03020.01790.20080.04560.205512.1537-41.598110.2748
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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