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- PDB-3f0g: Co-crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphospha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f0g
タイトルCo-crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase with CMP
要素2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
キーワードLYASE / NIAID / SSGCID / Burkholderia pseudomallei / Isoprene biosynthesis / Metal-binding / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用
ジャーナル: J Struct Funct Genomics / 年: 2011
タイトル: Leveraging structure determination with fragment screening for infectious disease drug targets: MECP synthase from Burkholderia pseudomallei.
著者: Begley, D.W. / Hartley, R.C. / Davies, D.R. / Edwards, T.E. / Leonard, J.T. / Abendroth, J. / Burris, C.A. / Bhandari, J. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / Stewart, L.J.
#1: ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
#2: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Cytidine derivatives as IspF inhibitors of Burkolderia pseudomallei.
著者: Zhang, Z. / Jakkaraju, S. / Blain, J. / Gogol, K. / Zhao, L. / Hartley, R.C. / Karlsson, C.A. / Staker, B.L. / Edwards, T.E. / Stewart, L.J. / Myler, P.J. / Clare, M. / Begley, D.W. / Horn, J.R. / Hagen, T.J.
履歴
登録2008年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月30日Group: Database references
改定 1.32013年12月11日Group: Database references
改定 1.42017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
D: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
E: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
F: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,93117
ポリマ－116,9236
非ポリマー2,00811
水9,872548
1
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3048
ポリマ－58,4613
非ポリマー8435
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area16020 Å2
手法PISA
2
D: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
E: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
F: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6279
ポリマ－58,4613
非ポリマー1,1666
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8800 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area15700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.662, 69.760, 116.671
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.040, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-303-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECPS / MECDP-synthase


分子量: 19487.109 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expressed with an N-terminal hexahis tag and 3C protease cleavage sequence, although crystallized without removing the affinity tag
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: ispF, mecS, BPSL2098 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q63T71, UniProt: Q3JRA0*PLUS, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.44 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystal ID 200617a7, 34.4 mg/mL protein, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→89.44 Å / Num. obs: 49247 / % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.167 / Net I/σ(I): 27.111
反射 シェル解像度: 2.08→2.15 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 5180 / Χ2: 1.005 / % possible all: 89.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.5.0053精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3F0D

3f0d


解像度: 2.08→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / WRfactor Rfree: 0.24 / WRfactor Rwork: 0.199 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.935 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 2457 5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.216 48825 83.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.42 Å2 / Biso mean: 21.886 Å2 / Biso min: 8.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å20 Å2-0.74 Å2
2--0.83 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6834 0 111 548 7493
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0227071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9771.999590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6015912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.08322.89308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.427151129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5211574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3991.54529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.73627168
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.89432542
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4934.52419
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.08-2.1360.3261760.2653517425486.812
2.136-2.1940.2612000.2123900418897.899
2.194-2.2580.493610.3661306407633.538
2.258-2.3270.3521380.2662407395064.43
2.327-2.4040.2392210.1913546380099.132
2.404-2.4880.2831830.1973487371498.815
2.488-2.5820.2261610.2023382357499.133
2.582-2.6870.2731600.2433203344897.535
2.687-2.8070.3181780.2213046329697.816
2.807-2.9430.2341570.2072966314099.459
2.943-3.1020.2531460.1992852302699.075
3.102-3.290.2271480.2072695285999.44
3.29-3.5170.273850.2391848266972.424
3.517-3.7990.298150.241380250215.787
3.799-4.160.236410.191804231736.47
4.16-4.650.2071140.1631974209199.857
4.65-5.3670.2381010.1871741184799.729
5.367-6.5670.237750.241494157599.619
6.567-9.2630.259620.2061166123399.594
9.263-89.4430.245350.24165471696.229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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