PDB-3ezm: CYANOVIRIN-N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ezm

タイトル

CYANOVIRIN-N

要素

PROTEIN (CYANOVIRIN-N)

キーワード

IMMUNE SYSTEM / CYANOVIRIN-N / HIV-INACTIVATING / DOMAIN-SWAPPING / GP120

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of defense response to virus / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc ellipsosporum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Yang, F. / Wlodawer, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of cyanovirin-N, a potent HIV-inactivating protein, shows unexpected domain swapping.
著者: Yang, F. / Bewley, C.A. / Louis, J.M. / Gustafson, K.R. / Boyd, M.R. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M. / Wlodawer, A.

履歴

登録	1998年12月15日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1998年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ezm.cif.gz	36.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ezm.ent.gz	24.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ezm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ezm_validation.pdf.gz	414.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ezm_full_validation.pdf.gz	415.4 KB	表示
XML形式データ	3ezm_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	3ezm_validation.cif.gz	12.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/3ezm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/3ezm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ezmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4j4c-d 1lom-d 3lhc-d 3s3z-d 3s3y-d 294d-d 1wsc-1 6xb7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN (CYANOVIRIN-N)

11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: PROTEIN (CYANOVIRIN-N)

ソフトウェアが定義した集合体
22 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.068, 48.068, 79.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	PROTEIN (CYANOVIRIN-N) 分子量: 11022.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nostoc ellipsosporum (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P81180
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.2 %

結晶化

pH: 4.4
詳細: 26% ISOPROPANOL, 0.1M SODIUM ACETATE, 0.15M CALCIUM CHLORIDE, 5% PEG 400, PH 4.4

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	ISOPROPANOL	1	1
2	SODIUM ACETATE	1	1
3	PEG 400	1	1
4	CACL2	1	1

結晶

*PLUS

結晶化

*PLUS

pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	20 %(v/v)	isopropanol	1	drop
2	0.1 M	sodium acetate	1	drop
3	0.2 M		1	drop	CaCl2
4	26 %(v/v)	isopropanol	1	reservoir
5	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir
6	0.15 M		1	reservoir	CaCl2
7	5 %(v/v)	PEG400	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→10 Å / Num. obs: 17537 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 13.5 Å² / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / R_sym value: 0.368 / % possible all: 99.9
反射	PLUS Num. measured all: 107021 / R_merge(I) obs*: 0.058
反射シェル	PLUS R_merge(I) obs*: 0.368

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	0.4	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EZM

2ezm

解像度: 1.5→10 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.206	1608	10.1 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	-	15993	91.6 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 68.01 Å² / k_sol: 0.382 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.27 Å²	0.72 Å²	0 Å²
2-	-	1.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.53 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.18 Å	0.16 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.09 Å	0.09 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	771	0	0	207	978

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.004
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d	25.9
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d	0.56
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it	1.16	1.5
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it	1.77	2
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it	2.05	2
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it	3	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.57 Å / R_factor R_free error: 0.016 / Total num. of bins used: 8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209	172	10.1 %
R_work	0.2	1529	-
obs	-	-	80.3 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / % reflection R_free: 10.1 % / R_factor obs: 0.184

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 17.2 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	25.9
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.56
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it		1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it		2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it		2.5

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.5 Å / R_factor R_free: 0.209 / % reflection R_free: 10.1 % / R_factor R_work: 0.2

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)