PDB-3ey5: Putative acetyltransferase from GNAT family from Bacteroides thet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ey5

タイトル

Putative acetyltransferase from GNAT family from Bacteroides thetaiotaomicron.

要素

Acetyltransferase-like, GNAT family

キーワード

TRANSFERASE / structural genomics / APC60148 / acetyltransferase / GNAT family / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of putative acetyltransferase from GNAT family from Bacteroides thetaiotaomicron.
著者: Osipiuk, J. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ey5.cif.gz	53.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ey5.ent.gz	38.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ey5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ey5_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ey5_full_validation.pdf.gz	445.3 KB	表示
XML形式データ	3ey5_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	3ey5_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/3ey5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/3ey5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4p7b-1 3enp-2 4hyp-4 6hqu-7 4hfo-6 1zj6-d 4get-1 3rzu-5 2fia-2 5zqi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC60148

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Acetyltransferase-like, GNAT family

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.798, 50.785, 73.765
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

authors state that the biological unit is the same as asymmetric unit based on PISA prediction.

#1: タンパク質	Acetyltransferase-like, GNAT family 分子量: 22193.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_2051 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8A635
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.89 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS buffer, 1.2 M sodium/potassium phosphate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月8日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→21.3 Å / Num. all: 9184 / Num. obs: 9184 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 38.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 22.3
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 5.54 % / R_merge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / Num. unique all: 442 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→21.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / WR_factor R_free: 0.253 / WR_factor R_work: 0.225 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.821 / SU B: 15.417 / SU ML: 0.182 / SU R Cruickshank DPI: 0.442 / SU R_free: 0.264 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.371 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.267	435	4.8 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
all	0.201	9139	-	-
obs	0.201	9139	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 54.81 Å² / B_iso mean: 24.739 Å² / B_iso min: 9.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→21.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1517	0	10	40	1567

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.519	1.95	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.449	5	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.078	23.564	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.698	15	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.196	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.816	1.5	908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.533	2	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.425	3	730
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.003	4.5	739

LS精密化シェル

解像度: 2.149→2.204 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	40	-
R_work	0.214	609	-
all	-	649	-
obs	-	649	96.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1009	-1.7596	-1.6827	3.9066	-1.0222	8.5524	-0.1034	-0.1739	-0.4802	-0.2373	0.1477	0.6846	0.5547	-0.6841	-0.0443	0.1035	-0.0687	-0.0428	0.0888	0.0312	0.1298	-8.4347	-7.9155	7.4422
2	4.508	-1.0352	0.6222	5.4205	-3.0381	5.2426	0.1937	0.6312	-0.0713	-0.3495	-0.1895	0.0184	0.2722	-0.2472	-0.0042	0.0727	0.0198	-0.0123	0.1274	-0.0196	0.0444	-0.2085	-2.3278	-2.6807
3	3.9091	-0.103	0.0336	1.3856	-0.1335	2.1259	0.0311	-0.1463	-0.2633	-0.0107	0.0251	0.0746	0.2368	-0.1581	-0.0562	0.0752	-0.011	0.0042	0.0284	0.0232	0.0299	0.4999	-4.1777	10.6923
4	2.9099	-2.5169	1.5024	2.8618	-0.3233	2.2105	-0.0842	-0.1987	-0.0463	-0.1768	0.0474	0.129	-0.4616	-0.3087	0.0368	0.1607	0.0336	0.0247	0.104	0.0337	0.169	-8.096	7.1647	12.1043
5	1.703	1.637	-0.6096	6.729	-3.0462	2.3427	0.0096	-0.035	-0.0225	-0.0255	-0.007	0.1418	0.0243	-0.023	-0.0026	0.0123	0.0148	0.0143	0.0481	0.0092	0.0319	5.8615	5.3984	13.9066
6	8.9048	-4.2065	5.5784	3.8476	0.4216	8.5165	0.018	0.0774	0.374	-0.099	-0.034	-0.3128	-0.147	0.0385	0.016	0.0409	-0.0154	0.0014	0.013	0.0277	0.1119	1.6229	20.0342	4.9422
7	2.349	-0.2496	-0.8918	1.6472	0.2736	1.9338	0.0084	-0.1296	-0.0466	-0.0307	0.0213	-0.0492	-0.0319	0.0598	-0.0297	0.0082	0.0052	0.0118	0.0122	0.0106	0.0186	11.7185	9.3563	9.1751
8	9.6345	0.0125	0.1677	5.7677	0.1429	8.0872	-0.0315	0.0575	-0.1604	-0.1798	0.0464	-0.2973	0.3447	0.5674	-0.0149	0.0383	0.0214	0.0227	0.0405	-0.0053	0.0295	16.8471	-1.1757	4.3603

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 41
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	42 - 74
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	75 - 96
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	97 - 110
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	111 - 118
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	119 - 165
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	166 - 177

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関連情報:EMDBヘッダ

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