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- PDB-3ey0: A new form of DNA-drug interaction in the minor groove of a coile... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ey0
タイトルA new form of DNA-drug interaction in the minor groove of a coiled coil
要素5'-D(*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DT)-3'
キーワードDNA / DNA drug pentamidine coiled-coil all-AT
機能・相同性1,5-BIS(4-AMIDINOPHENOXY)PENTANE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Pous, J. / Moreno, T. / Subirana, J.A. / Campos, J.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Coiled-coil conformation of a pentamidine-DNA complex
著者: Moreno, T. / Pous, J. / Subirana, J.A. / Campos, J.L.
履歴
登録2008年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DT)-3'
B: 5'-D(*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DT)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4494
ポリマ－6,0842
非ポリマー3652
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-8.5 kcal/mol
Surface area4410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.789, 27.789, 311.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細Double stranded ATATATATAT

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DTP*DAP*DT)-3'


分子量: 3042.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized by using phosphoramiditine method
#2: 化合物 ChemComp-PNT / 1,5-BIS(4-AMIDINOPHENOXY)PENTANE / ペンタミジン


分子量: 340.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24N4O2 / コメント: 薬剤, 抗菌剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.95 %
結晶化温度: 278.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20 mM MgCl2, 50 mM MES, 15% Isopropanol, 3.62 mM ds-DNA, 16.86 mM PNT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278.15K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgCl211
2MES11
3Isopropanol11
4ds-DNA11
5PNT11
6MgCl212
7MES12
8Isopropanol12
9PNT12

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データ収集

回折平均測定温度: 104 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月24日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→50 Å / Num. all: 2899 / Num. obs: 2899 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 56.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 37.625
反射 シェル解像度: 2.52→2.56 Å / 冗長度: 18.4 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 15.75 / Num. unique all: 128 / Rsym value: 0.212 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: standard watson-crick DNA

解像度: 2.52→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 25.145 / SU ML: 0.238 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.52 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27715 262 9.4 %RANDOM
Rwork0.21572 ---
obs0.22193 2511 93.62 %-
all-2782 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.499 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20.11 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 26 51 481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.021480
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6443727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2243571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0258
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0283200
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5774.5311
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 16 -
Rwork0.248 162 -
obs--95.19 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.2235 Å / Origin y: 10.8519 Å / Origin z: 90.3531 Å
111213212223313233
T-0.0827 Å20.0185 Å20.007 Å2-0.1452 Å20.0225 Å2---0.0839 Å2
L5.9764 °20.6693 °2-3.1111 °2-1.5319 °2-0.8875 °2--3.9536 °2
S-0.3623 Å °0.3347 Å °0.045 Å °-0.0277 Å °0.1994 Å °-0.1417 Å °0.2706 Å °0.028 Å °0.1629 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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