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- PDB-3exw: Crystal structure of the human Adenovirus type 7 fiber knob -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3exw
タイトルCrystal structure of the human Adenovirus type 7 fiber knob
要素L5 fiber protein
キーワードVIRAL PROTEIN / adenovirus / trimer / fiber knob / ad7 / ads
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fiber protein / Fiber
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 7 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Persson, B.D. / Reiter, D.M. / Arnberg, N. / Stehle, T.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009
タイトル: An arginine switch in the species B adenovirus knob determines high-affinity engagement of cellular receptor CD46
著者: Persson, B.D. / Muller, S. / Reiter, D.M. / Schmitt, B.B. / Marttila, M. / Sumowski, C.V. / Schweizer, S. / Scheu, U. / Ochsenfeld, C. / Arnberg, N. / Stehle, T.
履歴
登録2008年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L5 fiber protein
B: L5 fiber protein
C: L5 fiber protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4683
ポリマ－70,4683
非ポリマー00
水8,863492
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area22390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.310, 88.050, 79.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

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要素

#1: タンパク質 L5 fiber protein


分子量: 23489.217 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 117-325 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 7 (ヒトアデノウイルス)
株: Gomen / 遺伝子: L5 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q5EY45, UniProt: P15141*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.3 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 23% w/v PEG 3350, 0.1M HEPES buffer, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月24日
放射モノクロメーター: Undulator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→79.06 Å / Num. all: 59433 / Num. obs: 52966 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.05
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Rsym value: 0.364 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Human Adenovirus type 11 fiber knob

解像度: 1.75→36.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.906 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22999 5916 10 %RANDOM
Rwork0.19192 ---
obs0.19572 52966 99.08 %-
all-59433 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.948 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å20 Å20 Å2
2---1.03 Å20 Å2
3---2.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→36.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4636 0 0 492 5128
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0224743
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022957
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7321.9326497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.65137281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg18.095601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.47225.217207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.44115739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2721512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02944
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2180.23280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.22382
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22463
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2710.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2850.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9831.53826
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1731.51196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14424874
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.69532096
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3654.51618
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2505 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.050.05
tight thermal0.170.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 441 -
Rwork0.278 3701 -
obs--94.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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