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- PDB-3ewh: Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ewh
タイトルCrystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyridyl-pyrimidine benzimidazole inhibitor
要素vascular endothelial growth factor receptor 2
キーワードTRANSFERASE / angiogenesis / receptor tyrosine kinase / DFG-out
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of nitric oxide-cGMP mediated signal transduction / blood vessel endothelial cell differentiation / regulation of bone development / cellular response to hydrogen sulfide / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor binding / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / endothelium development / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization ...positive regulation of nitric oxide-cGMP mediated signal transduction / blood vessel endothelial cell differentiation / regulation of bone development / cellular response to hydrogen sulfide / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor binding / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / endothelium development / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / endocardium development / vascular wound healing / vascular endothelial growth factor receptor activity / endothelial cell differentiation / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / lymph vessel development / mesenchymal cell proliferation / positive regulation of vasculogenesis / positive regulation of BMP signaling pathway / surfactant homeostasis / cell migration involved in sprouting angiogenesis / epithelial cell maturation / positive regulation of positive chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / embryonic hemopoiesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / anchoring junction / vascular endothelial growth factor signaling pathway / lung alveolus development / growth factor binding / positive regulation of mitochondrial fission / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of stem cell proliferation / positive regulation of mitochondrial depolarization / sorting endosome / semaphorin-plexin signaling pathway / regulation of MAPK cascade / positive regulation of macroautophagy / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of focal adhesion assembly / cell fate commitment / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / vasculogenesis / calcium ion homeostasis / ovarian follicle development / coreceptor activity / positive regulation of endothelial cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of endothelial cell migration / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / VEGFR2 mediated cell proliferation / epithelial cell proliferation / stem cell proliferation / Hsp90 protein binding / receptor protein-tyrosine kinase / VEGFA-VEGFR2 Pathway / integrin binding / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of angiogenesis / cell junction / cell migration / regulation of cell shape / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / endosome / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / cadherin binding / membrane raft / negative regulation of gene expression / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) / VEGFR-2, transmembrane domain / : / : / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. ...Vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) / VEGFR-2, transmembrane domain / : / : / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K11 / Vascular endothelial growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Whittington, D.A. / Long, A.M. / Rose, P. / Gu, Y. / Zhao, H.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Pyridyl-pyrimidine benzimidazole derivatives as potent, selective, and orally bioavailable inhibitors of Tie-2 kinase.
著者: Cee, V.J. / Cheng, A.C. / Romero, K. / Bellon, S. / Mohr, C. / Whittington, D.A. / Bak, A. / Bready, J. / Caenepeel, S. / Coxon, A. / Deak, H.L. / Fretland, J. / Gu, Y. / Hodous, B.L. / ...著者: Cee, V.J. / Cheng, A.C. / Romero, K. / Bellon, S. / Mohr, C. / Whittington, D.A. / Bak, A. / Bready, J. / Caenepeel, S. / Coxon, A. / Deak, H.L. / Fretland, J. / Gu, Y. / Hodous, B.L. / Huang, X. / Kim, J.L. / Lin, J. / Long, A.M. / Nguyen, H. / Olivieri, P.R. / Patel, V.F. / Wang, L. / Zhou, Y. / Hughes, P. / Geuns-Meyer, S.
履歴
登録2008年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: vascular endothelial growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7143
ポリマ－36,1251
非ポリマー5902
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.319, 84.380, 47.404
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 vascular endothelial growth factor receptor 2 / VEGFR-2 / Kinase insert domain receptor / Protein-tyrosine kinase receptor Flk-1 / CD309 antigen


分子量: 36124.629 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 815-939, 990-1171 / 変異: C817A, V916T, E990V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDR, FLK1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P35968, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-K11 / N-[4-({3-[2-(methylamino)pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl}oxy)naphthalen-1-yl]-6-(trifluoromethyl)-1H-benzimidazol-2-amine


分子量: 527.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H20F3N7O
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: PEG 5000 MME, HEPES, ammonium sulfate, sodium chloride, isopropanol, beta-mercaptoethanol , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 39565 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 1.055 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2012 / Χ2: 1.06 / % possible all: 47.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→21.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 1.736 / SU ML: 0.063 / SU R Cruickshank DPI: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.105
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1973 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.208 42366 --
obs-39541 93.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å2-0.41 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→21.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2424 0 43 268 2735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.00725330.022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.03534241.978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2762965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.80411822.881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.6543315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9682015
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0743610.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.00319260.02
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.18212260.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30517280.2
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0962400.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.164580.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.076230.2
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.79915492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24424063
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.27811543
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.93710184.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.601 67 -
Rwork0.566 1277 -
obs--42.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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