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- PDB-6n87: Plasmodium falciparum FVO apical membrane antigen 1 (AMA1) bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n87
タイトルPlasmodium falciparum FVO apical membrane antigen 1 (AMA1) bound to MTSL spin-labelled cyclised RON2 peptide
要素
  • Apical membrane antigen-1
  • backbone-cyclised peptide bcRON2hp
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / AMA1 / apical membrane antigen 1 / malaria / RON2 / paramagnetic probe
機能・相同性
機能・相同性情報


Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MTN / Apical membrane antigen-1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.588 Å
データ登録者McGowan, S. / Drinkwater, N.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1098884 オーストラリア
引用ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2019
タイトル: Identification of the Binding Site of Apical Membrane Antigen 1 (AMA1) Inhibitors Using a Paramagnetic Probe.
著者: Akter, M. / Drinkwater, N. / Devine, S.M. / Drew, S.C. / Krishnarjuna, B. / Debono, C.O. / Wang, G. / Scanlon, M.J. / Scammells, P.J. / McGowan, S. / MacRaild, C.A. / Norton, R.S.
履歴
登録2018年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apical membrane antigen-1
C: backbone-cyclised peptide bcRON2hp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2043
ポリマ－39,9402
非ポリマー2641
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.567, 37.755, 142.176
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Apical membrane antigen-1


分子量: 38390.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: ama-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): DI+DII / 参照: UniProt: Q1PBJ5
#2: タンパク質・ペプチド backbone-cyclised peptide bcRON2hp


分子量: 1548.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
#3: 化合物 ChemComp-MTN / S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate / MTSL


分子量: 264.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18NO3S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15-20% PEG400, 0.1 M Tris pH 8.4, 20% isopropanol, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.588→40.79 Å / Num. obs: 51482 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 8.62
反射 シェル解像度: 1.588→1.644 Å / Num. unique obs: 4902 / CC1/2: 0.493 / Rpim(I) all: 0.569

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R1A

4r1a


解像度: 1.588→40.787 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1882 2441 4.74 %
Rwork0.1604 --
obs0.1617 51478 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.588→40.787 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2547 0 12 331 2890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0162659
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3873623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.2492147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01476
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5877-1.62010.31881360.28892666X-RAY DIFFRACTION93
1.6201-1.65540.23541530.23712873X-RAY DIFFRACTION100
1.6554-1.69390.25361470.21242834X-RAY DIFFRACTION100
1.6939-1.73620.21721440.20182875X-RAY DIFFRACTION100
1.7362-1.78320.24081650.19242864X-RAY DIFFRACTION100
1.7832-1.83560.23951260.17462886X-RAY DIFFRACTION100
1.8356-1.89490.19441550.17072883X-RAY DIFFRACTION100
1.8949-1.96260.19331440.16562863X-RAY DIFFRACTION100
1.9626-2.04120.19731290.14782911X-RAY DIFFRACTION100
2.0412-2.13410.1731510.14792855X-RAY DIFFRACTION100
2.1341-2.24660.17261590.14052879X-RAY DIFFRACTION100
2.2466-2.38730.14961640.14052898X-RAY DIFFRACTION100
2.3873-2.57160.20641320.14762890X-RAY DIFFRACTION100
2.5716-2.83040.1721330.15742925X-RAY DIFFRACTION100
2.8304-3.23980.18981420.15392921X-RAY DIFFRACTION100
3.2398-4.08120.16231180.14262969X-RAY DIFFRACTION100
4.0812-40.80090.17521430.15833045X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 71.3163 Å / Origin y: 8.0583 Å / Origin z: 25.549 Å
111213212223313233
T0.1016 Å2-0.0036 Å2-0.0121 Å2-0.0726 Å2-0.0037 Å2--0.0939 Å2
L1.5241 °20.0523 °2-0.2439 °2-0.4286 °2-0.1849 °2--0.603 °2
S-0.0181 Å °0.1729 Å °0.0501 Å °-0.069 Å °0.0152 Å °0.0123 Å °0.0119 Å °0.0233 Å °0.0046 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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