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- PDB-3ewg: Crystal structure of the N-terminal domain of NusG (NGN) from Met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ewg
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of NusG (NGN) from Methanocaldococcus jannaschii
要素Putative transcription antitermination protein nusG
キーワードTRANSCRIPTION / ALPHA/BETA STRUCTURE / ANTIPARALLEL BETA SHEET / FLANKED ALPHA HELICES
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation-coupled chromatin remodeling / translation elongation factor activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / structural constituent of ribosome / ribosome / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Transcription elongation factor Spt5, archaeal / NusG, N-terminal domain / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. ...Transcription elongation factor Spt5, archaeal / NusG, N-terminal domain / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Translation protein SH3-like domain superfamily / KOW motif / KOW / Ribosomal protein L2, domain 2 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Transcription elongation factor Spt5
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Zhou, H.H. / Liu, Q. / Gao, Y.X. / Teng, M.K. / Niu, L.W.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of NusG N-terminal (NGN) domain from Methanocaldococcus jannaschii and its interaction with rpoE''
著者: Zhou, H.H. / Liu, Q. / Gao, Y.X. / Teng, M.K. / Niu, L.W.
履歴
登録2008年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transcription antitermination protein nusG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3303
ポリマ－10,1541
非ポリマー1762
水61334
1
A: Putative transcription antitermination protein nusG
ヘテロ分子

A: Putative transcription antitermination protein nusG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6606
ポリマ－20,3082
非ポリマー3524
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area1660 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.951, 39.951, 83.147
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Putative transcription antitermination protein nusG / NusG / NGN


分子量: 10153.775 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, residues 1-83 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: NusG / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57818
#2: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 29% (v/v) dioxane, 20mM Bis-Tris propane pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.038→34.606 Å / Num. obs: 5232 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 8.8 % / Net I/σ(I): 78.6
反射 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 17.1 / Num. measured all: 438 / % possible all: 84.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB CODE 2EXU

2exu


解像度: 2.04→26.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 7.978 / SU ML: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22454 507 9.7 %RANDOM
Rwork0.19682 ---
obs0.19933 4710 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.301 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.27 Å20.64 Å20 Å2
2--1.27 Å20 Å2
3----1.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→26.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数610 0 12 34 656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0152.031850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.911581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.10625.41724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.55515125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.123154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.02443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.2444
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1140.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6551.5413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7332643
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0163245
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7374.5206
LS精密化 シェル解像度: 2.038→2.091 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 28 -
Rwork0.217 321 -
obs--95.1 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.3755 Å / Origin y: -14.1066 Å / Origin z: -9.071 Å
111213212223313233
T-0.0302 Å2-0.0133 Å20.0177 Å2--0.0953 Å2-0.0156 Å2---0.0943 Å2
L3.2903 °20.7238 °2-0.3123 °2-2.519 °2-0.3987 °2--4.1486 °2
S-0.0918 Å °0.0771 Å °0.0552 Å °0.0447 Å °0.0181 Å °0.011 Å °0.2167 Å °0.0547 Å °0.0737 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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