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万見
- PDB-3evu: Crystal structure of Calcium bound dimeric GCAMP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3evu
タイトルCrystal structure of Calcium bound dimeric GCAMP2
要素Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin-1 chimera
キーワードSIGNALING PROTEIN / GCAMP2 / calcium sensor / GFP / Calmodulin / M13
機能・相同性
機能・相同性情報


tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / muscle structure development / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / presynaptic cytosol / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of synaptic vesicle exocytosis ...tonic smooth muscle contraction / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / muscle structure development / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / presynaptic cytosol / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of synaptic vesicle exocytosis / organelle localization by membrane tethering / postsynaptic cytosol / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / regulation of cardiac muscle cell action potential / nitric-oxide synthase binding / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / protein phosphatase activator activity / cleavage furrow / adenylate cyclase binding / catalytic complex / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / cellular response to interferon-beta / calcium channel inhibitor activity / phosphatidylinositol 3-kinase binding / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / stress fiber / : / titin binding / voltage-gated potassium channel complex / sperm midpiece / calcium channel complex / response to amphetamine / adenylate cyclase activator activity / nitric-oxide synthase regulator activity / regulation of heart rate / sarcomere / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of cytokinesis / spindle microtubule / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to calcium ion / Schaffer collateral - CA1 synapse / cellular response to type II interferon / G2/M transition of mitotic cell cycle / spindle pole / calcium-dependent protein binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / lamellipodium / myelin sheath / growth cone / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / protein domain specific binding / centrosome / calcium ion binding / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myosin Light Chain Kinase 1, Kinase domain / Unstructured linker between I-set domains 2 and 3 on MYLCK / : / : / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family ...Myosin Light Chain Kinase 1, Kinase domain / Unstructured linker between I-set domains 2 and 3 on MYLCK / : / : / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Immunoglobulin I-set / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Immunoglobulin I-set domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase-like domain superfamily / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Myosin light chain kinase, smooth muscle / Serpin
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Wang, Q. / Shui, B. / Kotlikoff, M.I. / Sondermann, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural Basis for Calcium Sensing by GCaMP2.
著者: Wang, Q. / Shui, B. / Kotlikoff, M.I. / Sondermann, H.
履歴
登録2008年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年7月26日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source ...diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / software / struct / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ..._diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_fragment / _struct.title / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin-1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8655
ポリマ－50,7051
非ポリマー1604
水9,296516
1
A: Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin-1 chimera
ヘテロ分子

A: Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin-1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,73010
ポリマ－101,4092
非ポリマー3218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area7280 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area36740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.936, 47.310, 69.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-225-

HOH

21A-475-

HOH

31A-499-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Myosin light chain kinase, Green fluorescent protein, Calmodulin-1 chimera / MLCK / Telokin


分子量: 50704.586 Da / 分子数: 1
断片: UNP P11799 residues 1731-1749, UNP P42212 residues 2-144/147-238, UNP P0DP29 residues 3-238
由来タイプ: 組換発現
詳細: protein contains the M13 fragment of myosin light chain kinase, circular permuted EGFP from Aequorea victoria (Jellyfish), calmodulin from Rattus norvegicus (Rat)
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
プラスミド: pET21 / 遺伝子: Mylk, GFP, Calm1, Calm, Cam, Cam1, CaMI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P11799, UniProt: P42212, UniProt: P0DP29, myosin-light-chain kinase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.77 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 41444 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Χ2: 0.939 / Net I/σ(I): 35.489
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.75-1.814.30.23940890.76599.9
1.81-1.894.60.16941330.806100
1.89-1.974.60.11541040.824100
1.97-2.074.60.08341140.905100
2.07-2.24.60.06441461.023100
2.2-2.384.60.05141060.982100
2.38-2.614.60.04441531.06100
2.61-2.994.60.03641501.008100
2.99-3.774.60.02941751.032100
3.77-504.50.02942740.9699.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.75→42.525 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / FOM work R set: 0.887 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 4075 10.05 %
Rwork0.161 --
obs0.164 40536 97.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.697 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 120.45 Å2 / Biso mean: 26.039 Å2 / Biso min: 7.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.847 Å20 Å2-0.37 Å2
2--4.134 Å20 Å2
3----2.288 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.525 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3162 0 4 516 3682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1444350
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004570
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.281207
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.770.2091190.178983110279
1.77-1.7910.2461350.1681224135993
1.791-1.8140.2141270.1631169129693
1.814-1.8380.1711250.1531245137094
1.838-1.8630.2421500.1531171132194
1.863-1.8890.2091390.1491275141496
1.889-1.9180.1741460.1481199134597
1.918-1.9480.1971290.1391275140496
1.948-1.980.2081440.1341193133797
1.98-2.0140.2071460.1411267141398
2.014-2.050.171480.1421270141898
2.05-2.090.211330.141254138798
2.09-2.1320.2011470.1571279142699
2.132-2.1790.191440.1461249139398
2.179-2.2290.1941500.1491258140899
2.229-2.2850.1851490.1571261141099
2.285-2.3470.2161510.1561277142899
2.347-2.4160.2381560.1621246140299
2.416-2.4940.211410.1711297143899
2.494-2.5830.2081360.1621289142599
2.583-2.6870.2181210.16913111432100
2.687-2.8090.2161270.1621303143099
2.809-2.9570.2041440.1691295143999
2.957-3.1420.1921420.16612811423100
3.142-3.3850.1971470.1613061453100
3.385-3.7250.2081290.14813091438100
3.725-4.2640.1431490.13113121461100
4.264-5.370.1541490.14213141463100
5.37-42.5370.2061520.2051349150199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0525-0.04710.02580.0617-0.0544-0.0241-0.0524-0.01980.1284-0.0510.0682-0.1445-0.07050.0583-0.00090.12080.0211-0.02950.19120.0040.1849-23.7122-7.555245.3149
21.0635-0.2034-0.32540.5584-0.05560.850.035-0-0.02330.0005-0.03360.001-0.05250.0274-0.00030.0798-0.0105-0.00250.05120.00130.0671-18.8223-17.604111.0298
30.44790.514-0.01950.70950.23150.3060.0335-0.07580.08720.0229-0.05610.1269-0.0214-0.042400.1206-0.0139-0.01360.168-0.00710.137112.387-10.010924.5873
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 39:59)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 60:301)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 302:450)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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