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- PDB-3evs: Crystal structure of the GDF-5:BMP receptor IB complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3evs
タイトルCrystal structure of the GDF-5:BMP receptor IB complex.
要素
  • Bone morphogenetic protein receptor type-1B
  • Growth/differentiation factor 5
キーワードCYTOKINE/Transferase Receptor / ligand-receptor complex / cystin-knot ligand / three-finger toxn fold (receptor) / Cleavage on pair of basic residues / Cytokine / Disease mutation / Dwarfism / Glycoprotein / Growth factor / Secreted / ATP-binding / Kinase / Magnesium / Manganese / Membrane / Metal-binding / Nucleotide-binding / Receptor / Serine/threonine-protein kinase / Transferase / Transmembrane / CYTOKINE-Transferase Receptor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ossification involved in bone remodeling / negative regulation of chondrocyte proliferation / Signaling by BMP / ovarian cumulus expansion / forelimb morphogenesis / chondrocyte development / estrogen biosynthetic process / central nervous system neuron differentiation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / BMP binding ...ossification involved in bone remodeling / negative regulation of chondrocyte proliferation / Signaling by BMP / ovarian cumulus expansion / forelimb morphogenesis / chondrocyte development / estrogen biosynthetic process / central nervous system neuron differentiation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / BMP binding / chondroblast differentiation / hindlimb morphogenesis / proteoglycan biosynthetic process / endochondral bone morphogenesis / positive regulation of cartilage development / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of chondrocyte differentiation / transforming growth factor beta receptor activity / mesenchymal cell apoptotic process / eye development / transforming growth factor beta receptor activity, type I / activin receptor activity, type I / activin receptor activity, type II / BMP receptor activity / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / transforming growth factor beta receptor activity, type II / transforming growth factor beta receptor activity, type III / positive regulation of BMP signaling pathway / camera-type eye development / dorsal/ventral pattern formation / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryonic limb morphogenesis / ovulation cycle / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / Molecules associated with elastic fibres / cartilage condensation / retinal ganglion cell axon guidance / SMAD binding / positive regulation of SMAD protein signal transduction / regulation of multicellular organism growth / chondrocyte differentiation / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / response to mechanical stimulus / positive regulation of neuron differentiation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / growth factor activity / cellular response to growth factor stimulus / bone development / negative regulation of epithelial cell proliferation / osteoblast differentiation / cell-cell signaling / retina development in camera-type eye / negative regulation of neuron apoptotic process / cell differentiation / inflammatory response / neuronal cell body / dendrite / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. ...GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Cystine-knot cytokine / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone morphogenetic protein receptor type-1B / Growth/differentiation factor 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kotzsch, A. / Mueller, T.D.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure analysis reveals a spring-loaded latch as molecular mechanism for GDF-5-type I receptor specificity.
著者: Kotzsch, A. / Nickel, J. / Seher, A. / Sebald, W. / Muller, T.D.
履歴
登録2008年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Growth/differentiation factor 5
C: Bone morphogenetic protein receptor type-1B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6202
ポリマ－26,6202
非ポリマー00
水91951
1
B: Growth/differentiation factor 5
C: Bone morphogenetic protein receptor type-1B

B: Growth/differentiation factor 5
C: Bone morphogenetic protein receptor type-1B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2414
ポリマ－53,2414
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area6970 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area18260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.455, 76.455, 82.784
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

-
要素

#1: タンパク質 Growth/differentiation factor 5 / GDF-5 / Cartilage-derived morphogenetic protein 1 / CDMP-1 / Radotermin


分子量: 13405.481 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 387-501 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: U2OS / 遺伝子: CDMP1, GDF5 / プラスミド: RBSIIN25x/o / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P43026
#2: タンパク質 Bone morphogenetic protein receptor type-1B / Serine/threonine-protein kinase receptor R6 / SKR6 / Activin receptor-like kinase 6 / ALK-6


分子量: 13214.857 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Acvrlk6, Bmpr1b / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD494(DE3) / 参照: UniProt: P36898
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.2745.87
2
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.25
詳細: 0.1M sodium acetate, 50% PPG 400, 30mM magnesium sulfate, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA11.10485
シンクロトロンBESSY 14.120.97962, 0.97979, 0.90789
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2006年6月5日mirrors
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2007年3月7日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si-111 crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si-111 crystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.104851
20.979621
30.979791
40.907891
Reflection冗長度: 6.75 % / 数: 54117 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 0.97 / D res high: 2.6 Å / D res low: 38.31 Å / Num. obs: 7954 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
5.638.3199.30.0670.826.1331
4.445.699.80.0680.716.6518
3.884.441000.0750.696.7910
3.533.8899.90.0990.86.819
3.283.531000.1270.826.8526
3.083.281000.1620.996.8831
2.933.081000.2211.086.8942
2.82.931000.2831.196.942
2.692.81000.341.296.8787
2.62.691000.4081.36.85100
反射解像度: 2.1→34.19 Å / Num. all: 15897 / Num. obs: 14815 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.66 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 0.99 / Scaling rejects: 1082
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 9.87 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. measured all: 14428 / Num. unique all: 1455 / Χ2: 1.19 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_12.0338.310064051540
ISO_22.0338.310.2390.1846031234
ISO_32.0338.310.4670.33245851227
ISO_42.0338.310.4980.37163751482
ANO_12.0338.310.727064040
ANO_22.0338.310.254046050
ANO_32.0338.310.286045890
ANO_42.0338.310.1460134070
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_18.86-38.3100119122
ISO_16.35-8.8600250122
ISO_15.21-6.3500342124
ISO_14.52-5.2100402121
ISO_14.05-4.5200474132
ISO_13.7-4.0500525129
ISO_13.43-3.700580125
ISO_13.21-3.4300625125
ISO_13.03-3.2100666133
ISO_12.87-3.0300712128
ISO_12.74-2.8700745119
ISO_12.62-2.7400795136
ISO_12.52-2.620017024
ISO_12.43-2.520000
ISO_12.35-2.430000
ISO_12.27-2.350000
ISO_12.21-2.270000
ISO_12.14-2.210000
ISO_12.09-2.140000
ISO_12.03-2.090000
ANO_18.86-38.311.95301180
ANO_16.35-8.861.87902500
ANO_15.21-6.351.62403420
ANO_14.52-5.211.40204020
ANO_14.05-4.521.08904740
ANO_13.7-4.050.66605250
ANO_13.43-3.70.63905800
ANO_13.21-3.430.48906250
ANO_13.03-3.210.43506660
ANO_12.87-3.030.36107120
ANO_12.74-2.870.26407450
ANO_12.62-2.740.23407950
ANO_12.52-2.620.22601700
ANO_12.43-2.520000
ANO_12.35-2.430000
ANO_12.27-2.350000
ANO_12.21-2.270000
ANO_12.14-2.210000
ANO_12.09-2.140000
ANO_12.03-2.090000
ISO_28.86-38.310.8870.265119120
ISO_26.35-8.860.6890.439250121
ISO_25.21-6.350.5630.303341124
ISO_24.52-5.210.4390.185401121
ISO_24.05-4.520.3120.176474131
ISO_23.7-4.050.2320.141525129
ISO_23.43-3.70.1840.111580125
ISO_23.21-3.430.1360.07625122
ISO_23.03-3.210.1070.075666130
ISO_22.87-3.030.0730.052622111
ISO_22.74-2.870000
ISO_22.62-2.740000
ISO_22.52-2.620000
ISO_22.43-2.520000
ISO_22.35-2.430000
ISO_22.27-2.350000
ISO_22.21-2.270000
ISO_22.14-2.210000
ISO_22.09-2.140000
ISO_22.03-2.090000
ANO_28.86-38.310.87801190
ANO_26.35-8.860.63702490
ANO_25.21-6.350.52703410
ANO_24.52-5.210.40804000
ANO_24.05-4.520.3104740
ANO_23.7-4.050.21105250
ANO_23.43-3.70.17605800
ANO_23.21-3.430.13106250
ANO_23.03-3.210.1206670
ANO_22.87-3.030.09906250
ANO_22.74-2.870000
ANO_22.62-2.740000
ANO_22.52-2.620000
ANO_22.43-2.520000
ANO_22.35-2.430000
ANO_22.27-2.350000
ANO_22.21-2.270000
ANO_22.14-2.210000
ANO_22.09-2.140000
ANO_22.03-2.090000
ISO_38.86-38.311.2610.464119120
ISO_36.35-8.860.910.61250121
ISO_35.21-6.350.9820.542342123
ISO_34.52-5.210.8090.572402121
ISO_34.05-4.520.5940.213474129
ISO_33.7-4.050.4170.317525128
ISO_33.43-3.70.330.225580124
ISO_33.21-3.430.2760.153624124
ISO_33.03-3.210.210.119666131
ISO_32.87-3.030.1580.096603106
ISO_32.74-2.870000
ISO_32.62-2.740000
ISO_32.52-2.620000
ISO_32.43-2.520000
ISO_32.35-2.430000
ISO_32.27-2.350000
ISO_32.21-2.270000
ISO_32.14-2.210000
ISO_32.09-2.140000
ISO_32.03-2.090000
ANO_38.86-38.311.12501190
ANO_36.35-8.860.44402500
ANO_35.21-6.350.60703420
ANO_34.52-5.210.50404020
ANO_34.05-4.520.34904740
ANO_33.7-4.050.24405250
ANO_33.43-3.70.18905800
ANO_33.21-3.430.15106240
ANO_33.03-3.210.13906670
ANO_32.87-3.030.11406060
ANO_32.74-2.870000
ANO_32.62-2.740000
ANO_32.52-2.620000
ANO_32.43-2.520000
ANO_32.35-2.430000
ANO_32.27-2.350000
ANO_32.21-2.270000
ANO_32.14-2.210000
ANO_32.09-2.140000
ANO_32.03-2.090000
ISO_48.86-38.310.4860.4739087
ISO_46.35-8.860.5180.382249113
ISO_45.21-6.350.510.313342117
ISO_44.52-5.210.4180.295402116
ISO_44.05-4.520.3260.19474132
ISO_43.7-4.050.2770.231525128
ISO_43.43-3.70.2670.209580125
ISO_43.21-3.430.240.185625125
ISO_43.03-3.210.2260.164666133
ISO_42.87-3.030.2110.147712127
ISO_42.74-2.870.1970.15745119
ISO_42.62-2.740.1710.153795136
ISO_42.52-2.620.2090.11617024
ISO_42.43-2.520000
ISO_42.35-2.430000
ISO_42.27-2.350000
ISO_42.21-2.270000
ISO_42.14-2.210000
ISO_42.09-2.140000
ISO_42.03-2.090000
ANO_48.86-38.310.4790820
ANO_46.35-8.860.41502450
ANO_45.21-6.350.44103420
ANO_44.52-5.210.3204020
ANO_44.05-4.520.21204740
ANO_43.7-4.050.16805250
ANO_43.43-3.70.14205800
ANO_43.21-3.430.13206250
ANO_43.03-3.210.10806670
ANO_42.87-3.030.09407150
ANO_42.74-2.870.06907460
ANO_42.62-2.740.05607950
ANO_42.52-2.620.04108120
ANO_42.43-2.520.03208680
ANO_42.35-2.430.02808810
ANO_42.27-2.350.02109380
ANO_42.21-2.270.01609430
ANO_42.14-2.210.014010000
ANO_42.09-2.140.011010030
ANO_42.03-2.090.00807640
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 15945
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.81-10058.80.803502
5.34-6.8162.90.877506
4.63-5.34630.897503
4.18-4.6363.90.918502
3.87-4.1865.60.908501
3.63-3.8768.10.897518
3.44-3.6372.40.881509
3.28-3.4478.40.879511
3.14-3.2875.10.864543
3.02-3.1481.70.826541
2.92-3.02810.85570
2.82-2.9281.40.841582
2.73-2.82840.835605
2.65-2.7385.40.823627
2.58-2.6586.50.831635
2.51-2.5889.30.823658
2.45-2.5190.80.834671
2.39-2.4588.20.837687
2.34-2.39920.824717
2.28-2.3489.10.8706
2.24-2.2888.90.815734
2.19-2.2492.40.815739
2.15-2.1992.40.731767
2.11-2.1593.90.693769
2.07-2.1188.80.721781
2.03-2.07880.695561

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.4SSIデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→34.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.335 / WRfactor Rwork: 0.283 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.832 / SU B: 10.02 / SU ML: 0.128 / SU R Cruickshank DPI: 0.264 / SU Rfree: 0.234 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 752 5.1 %RANDOM
Rwork0.215 ---
all0.217 15897 --
obs0.217 14814 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 114.78 Å2 / Biso mean: 71.871 Å2 / Biso min: 40.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.81 Å20 Å20 Å2
2---2.81 Å20 Å2
3---5.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.181 Å0.203 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1483 0 0 51 1534
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3391.9612083
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7285187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.45324.30672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.70515251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0311510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021178
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2570.3607
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.51043
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2230.5117
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3570.355
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2960.522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2491.5965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.12621557
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9693610
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9964.5526
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 51 -
Rwork0.289 1016 -
all-1067 -
obs-1016 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.64643.18841.53013.58280.82910.9053-0.12480.5971-0.3053-0.11610.251-0.2677-0.0960.113-0.1263-0.1995-0.03780.0311-0.2046-0.0081-0.41758.907537.361126.3631
28.40131.2836-1.21111.7964-1.83336.33460.14210.33350.9998-0.01440.0936-0.0009-0.5937-0.2037-0.2357-0.1496-0.06950.0596-0.22110.0626-0.102310.279861.107724.7935
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B17 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2C16 - 21
3X-RAY DIFFRACTION2C31 - 45
4X-RAY DIFFRACTION2C50 - 72
5X-RAY DIFFRACTION2C77 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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