PDB-3eul: Structure of the signal receiver domain of the putative response ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eul

タイトル

Structure of the signal receiver domain of the putative response regulator NarL from Mycobacterium tuberculosis

要素

POSSIBLE NITRATE/NITRITE RESPONSE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN NARL (DNA-binding response regulator, LuxR family)

キーワード

TRANSCRIPTION / Central beta strand flanked by alpha helices / DNA-binding / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Schneider, G. / Schnell, R. / Agren, D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: 1.9 A structure of the signal receiver domain of the putative response regulator NarL from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Schnell, R. / Agren, D. / Schneider, G.

履歴

登録	2008年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eul.cif.gz	96.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eul.ent.gz	73.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eul.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/3eul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/3eul	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3b2nS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2l9w-d 5wq0-5 1dbw-2 1dck-2 5wq0-3 6swb-1 1wn9-d 3h9x-3 3rvl-2 4owk-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (6) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: POSSIBLE NITRATE/NITRITE RESPONSE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN NARL (DNA-binding response regulator, LuxR family)

B: POSSIBLE NITRATE/NITRITE RESPONSE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN NARL (DNA-binding response regulator, LuxR family)

C: POSSIBLE NITRATE/NITRITE RESPONSE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN NARL (DNA-binding response regulator, LuxR family)

D: POSSIBLE NITRATE/NITRITE RESPONSE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN NARL (DNA-binding response regulator, LuxR family)

ヘテロ分子

64.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: POSSIBLE NITRATE/NITRITE RESPONSE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN NARL (DNA-binding response regulator, LuxR family)

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: POSSIBLE NITRATE/NITRITE RESPONSE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN NARL (DNA-binding response regulator, LuxR family)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: POSSIBLE NITRATE/NITRITE RESPONSE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN NARL (DNA-binding response regulator, LuxR family)

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: POSSIBLE NITRATE/NITRITE RESPONSE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN NARL (DNA-binding response regulator, LuxR family)

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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5

A: POSSIBLE NITRATE/NITRITE RESPONSE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN NARL (DNA-binding response regulator, LuxR family)

D: POSSIBLE NITRATE/NITRITE RESPONSE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN NARL (DNA-binding response regulator, LuxR family)

ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 2 ポリマー
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6

B: POSSIBLE NITRATE/NITRITE RESPONSE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN NARL (DNA-binding response regulator, LuxR family)

C: POSSIBLE NITRATE/NITRITE RESPONSE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN NARL (DNA-binding response regulator, LuxR family)

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.532, 90.038, 126.336
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	POSSIBLE NITRATE/NITRITE RESPONSE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN NARL (DNA-binding response regulator, LuxR family) 分子量: 16214.541 Da / 分子数: 4 / 断片: Signal receiver domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: MT0866, narL, Rv0844c / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: O53856, UniProt: P9WGM5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100mM Tris-HCl pH 8.5, 0.2M KBr, 26% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.904922 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月11日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.904922 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→63.1 Å / Num. obs: 38512 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2.7 / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.068 / R_sym value: 0.077
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / R_sym value: 0.0451 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3B2N

3b2n

解像度: 1.9→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 8.569 / SU ML: 0.126 / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26989	1941	5 %	RANDOM
R_work	0.21727	-	-	-
obs	0.21988	36779	99.92 %	-
all	-	38759	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.075 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3268	0	1	174	3443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3309
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2187
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.404	1.986	4487
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.078	3	5354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.03	5	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.228	23.852	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.823	15	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.469	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3694
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	625
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	743
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	2283
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.169	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.244	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.269	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.036	1.5	2792
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.184	1.5	893
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.194	2	3464
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.042	3	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.093	4.5	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	149	-
R_work	0.297	2685	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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