PDB-3etn: Crystal structure of putative phosphosugar isomerase involved in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3etn

タイトル

Crystal structure of putative phosphosugar isomerase involved in capsule formation (YP_209877.1) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 1.70 A resolution

要素

putative phosphosugar isomerase involved in capsule formation

キーワード

ISOMERASE / YP_209877.1 / putative phosphosugar isomerase involved in capsule formation / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Unknown function

機能・相同性

機能・相同性情報

arabinose-5-phosphate isomerase activity / carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural analysis of arabinose-5-phosphate isomerase from Bacteroides fragilis and functional implications.
著者: Chiu, H.J. / Grant, J.C. / Farr, C.L. / Jaroszewski, L. / Knuth, M.W. / Miller, M.D. / Elsliger, M.A. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2008年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年11月5日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年11月20日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3etn.cif.gz	189.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3etn.ent.gz	150.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3etn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/3etn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/3etn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3tbf-3 1mor-1 6en5-3 6en6-4 2x0o-d 4bxk-2 6tt3-1 6en6-2 4bxk-1 1moq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 391616

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: putative phosphosugar isomerase involved in capsule formation

B: putative phosphosugar isomerase involved in capsule formation

C: putative phosphosugar isomerase involved in capsule formation

D: putative phosphosugar isomerase involved in capsule formation

ヘテロ分子

101 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.409, 114.267, 115.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	LYS	LYS	A	A	0 - 173	19 - 192
2	1	GLY	GLY	LYS	LYS	B	B	0 - 173	19 - 192
3	1	GLY	GLY	LYS	LYS	C	C	0 - 173	19 - 192
4	1	GLY	GLY	LYS	LYS	D	D	0 - 173	19 - 192
1	2	THR	THR	LEU	LEU	A	A	175 - 191	194 - 210
2	2	THR	THR	LEU	LEU	B	B	175 - 191	194 - 210
3	2	THR	THR	LEU	LEU	C	C	175 - 191	194 - 210
4	2	THR	THR	LEU	LEU	D	D	175 - 191	194 - 210

#1: タンパク質	putative phosphosugar isomerase involved in capsule formation / Putative sugar isomerase SIS-domain protein 分子量: 24476.986 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア) 遺伝子: YP_209877.1, BF0137 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q5LIW1
#2: 化合物	ChemComp-CMK / CYTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE 3-DEOXY-BETA-D-GULO-OCT-2-ULO-PYRANOSONIC ACID / CMP-2-KETO-3-DEOXY-OCTULOSONIC ACID 分子量: 543.373 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₆N₃O₁₅P
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 725 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.8 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 5.0% PEG-6000, 0.1M MES pH 6.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97910,0.97849

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月1日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.9791	1
3	0.97849	1

反射

解像度: 1.7→29.223 Å / Num. obs: 88793 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 19.097 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / R_sym value: 0.103 / Net I/σ(I): 5.554

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.7-1.74	4.5	0.819	0.9	29023	6471	0.819	100
1.74-1.79	4.5	0.662	1.2	28629	6371	0.662	100
1.79-1.84	4.5	0.553	1.4	27797	6169	0.553	100
1.84-1.9	4.5	0.438	1.8	27037	5982	0.438	100
1.9-1.96	4.5	0.371	1.9	25876	5798	0.371	100
1.96-2.03	4.5	0.289	2.6	25441	5615	0.289	100
2.03-2.11	4.5	0.231	3.2	24716	5457	0.231	100
2.11-2.19	4.5	0.181	4.1	23751	5243	0.181	100
2.19-2.29	4.3	0.169	3.6	20881	4881	0.169	97.2
2.29-2.4	4.5	0.133	5.4	21772	4807	0.133	100
2.4-2.53	4.5	0.117	5.8	20948	4620	0.117	100
2.53-2.69	4.5	0.105	6.3	19631	4328	0.105	100
2.69-2.87	4.5	0.094	6.9	18628	4118	0.094	100
2.87-3.1	4.5	0.084	7.4	17343	3826	0.084	100
3.1-3.4	4.5	0.067	9.3	15989	3550	0.067	100
3.4-3.8	4.5	0.058	10.7	14390	3218	0.058	100
3.8-4.39	4.5	0.052	10.6	12747	2851	0.052	100
4.39-5.38	4.4	0.047	11.9	10794	2447	0.047	100
5.38-7.6	4.3	0.046	13.9	8294	1938	0.046	100
7.6-29.223	4	0.039	15	4398	1103	0.039	98.1

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0053	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.223 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 4.785 / SU ML: 0.068 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.099
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.197	4437	5 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
obs	0.173	88524	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.24 Å² / B_iso mean: 18.583 Å² / B_iso min: 5.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.223 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5871	0	180	725	6776

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6511
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.446	2.011	8938
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.977	3	10747
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.034	5	894
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.345	25.508	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.78	15	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.063	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	7098
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.114	3	4048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.255	3	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.044	5	6657
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.889	8	2463
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.256	11	2219

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1081 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.15
B	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.15
C	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.15
D	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.15
A	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
B	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
C	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
D	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
A	TIGHT THERMAL	0.19	0.5
B	TIGHT THERMAL	0.19	0.5
C	TIGHT THERMAL	0.19	0.5
D	TIGHT THERMAL	0.19	0.5
A	MEDIUM THERMAL	0.16	1
B	MEDIUM THERMAL	0.18	1
C	MEDIUM THERMAL	0.17	1
D	MEDIUM THERMAL	0.18	1

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	344	-
R_work	0.283	6113	-
all	-	6457	-
obs	-	-	99.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4818	-0.0434	0.0513	0.5239	-0.2699	0.4384	-0.0008	0.0331	0.0434	0.0216	-0.061	-0.1069	-0.0521	0.0761	0.0618	0.0106	-0.0111	0.0047	0.0168	0.0086	0.0475	79.0485	62.5792	17.0324
2	0.343	0.069	0.0429	0.4266	-0.2182	0.5	-0.0062	0.0559	0.0176	-0.0501	0.0115	0.0243	0.0205	-0.0305	-0.0053	0.009	-0.0016	0.0042	0.0133	-0.0002	0.0181	61.7546	58.3243	8.5698
3	0.4812	-0.0539	-0.0243	0.4303	-0.2529	0.4973	0.0059	-0.0579	-0.0274	0.0655	0.0607	0.0607	-0.0329	-0.0885	-0.0665	0.0149	0.0028	0.0162	0.0271	0.0093	0.0284	56.8655	45.5657	34.7758
4	0.5353	-0.0064	-0.1237	0.4945	-0.2467	0.4146	-0.0057	-0.0336	-0.035	-0.0052	-0.0156	-0.0349	0.0448	0.0417	0.0212	0.0068	0.0043	0.0026	0.0054	0.0009	0.0237	74.0401	36.927	30.6864

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 191
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	500
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-4 - 193
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	500
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 191
6	X-RAY DIFFRACTION	3	D	500
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-4 - 193
8	X-RAY DIFFRACTION	4	C	500

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)