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- PDB-3esv: Crystal structure of the engineered neutralizing antibody M18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3esv
タイトルCrystal structure of the engineered neutralizing antibody M18
要素Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker
キーワードIMMUNE SYSTEM / single-chain FV / monoclonal antibody / immunoglobulin
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Monzingo, A.F. / Leysath, C.E. / Barnett, J. / Iverson, B.L. / Georgiou, G. / Robertus, J.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the engineered neutralizing antibody m18 complexed to domain 4 of the anthrax protective antigen.
著者: Leysath, C.E. / Monzingo, A.F. / Maynard, J.A. / Barnett, J. / Georgiou, G. / Iverson, B.L. / Robertus, J.D.
履歴
登録2008年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月2日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references
カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker
G: Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7332
ポリマ－53,7332
非ポリマー00
水5,152286
1
F: Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8671
ポリマ－26,8671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
G: Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8671
ポリマ－26,8671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.070, 54.210, 61.950
Angle α, β, γ (deg.)71.80, 75.58, 71.25
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Asymmetric unit contains two biological units.

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要素

#1: 抗体 Antibody M18 light chain and antibody M18 heavy chain linked with a synthetic (GGGGS)4 linker


分子量: 26866.584 Da / 分子数: 2
変異: I21V, L46F, S56P, S76N, Q78L, L94P, S1030N, T1058S, K1065E, T1069I
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: periplasm / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pAK400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Jude-1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUE NUMBERS FOR ANTIBODY M18 HEAVY CHAIN FRAGMENT HAVE OFFSET 1000 TO DISTINGUISH THEM FROM THE ...RESIDUE NUMBERS FOR ANTIBODY M18 HEAVY CHAIN FRAGMENT HAVE OFFSET 1000 TO DISTINGUISH THEM FROM THE ANTIBODY M18 LIGHT CHAIN FRAGMENT WHICH HAS ORIGINAL RESIDUE NUMBERING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 4000, 0.1 M HEPES, 10% Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年9月24日 / 詳細: blue max-flux confocal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 26245 / Num. obs: 26245 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Χ2: 0.968 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 2→2.08 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Num. unique all: 2514 / Χ2: 1.017 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3ESU

3esu


解像度: 2→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.865 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1270 4.5 %random
Rwork0.194 ---
all0.194 25286 --
obs0.194 25286 90 %-
溶媒の処理Bsol: 52.192 Å2
原子変位パラメータBiso max: 41.87 Å2 / Biso mean: 17.324 Å2 / Biso min: 6.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.395 Å20.215 Å2-1.05 Å2
2--2.699 Å21.703 Å2
3---2.696 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3521 0 0 286 3807
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.141.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8892
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7092
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.6222.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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