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- PDB-3epv: X-ray Structure of the Metal-sensor CnrX in both the Apo- and Cop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3epv
タイトルX-ray Structure of the Metal-sensor CnrX in both the Apo- and Copper-bound Forms
要素Nickel and cobalt resistance protein cnrR
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / all alpha helix / Cobalt / Nickel
機能・相同性Heavy-metal resistance protein / Heavy-metal resistance / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1490 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / periplasmic space / Up-down Bundle / Mainly Alpha / COPPER (II) ION / Nickel and cobalt resistance protein CnrR
機能・相同性情報
生物種Ralstonia metallidurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.742 Å
データ登録者Pompidor, G. / Maillard, A.P. / Girard, E. / Gambarelli, S. / Kahn, R. / Coves, J.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2008
タイトル: X-ray structure of the metal-sensor CnrX in both the apo- and copper-bound forms.
著者: Pompidor, G. / Maillard, A.P. / Girard, E. / Gambarelli, S. / Kahn, R. / Coves, J.
履歴
登録2008年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nickel and cobalt resistance protein cnrR
B: Nickel and cobalt resistance protein cnrR
C: Nickel and cobalt resistance protein cnrR
D: Nickel and cobalt resistance protein cnrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8307
ポリマ－49,6394
非ポリマー1913
水7,945441
1
A: Nickel and cobalt resistance protein cnrR
B: Nickel and cobalt resistance protein cnrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9474
ポリマ－24,8202
非ポリマー1272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area12150 Å2
手法PISA
2
C: Nickel and cobalt resistance protein cnrR
D: Nickel and cobalt resistance protein cnrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8833
ポリマ－24,8202
非ポリマー641
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.940, 77.890, 93.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Nickel and cobalt resistance protein cnrR / CnrX


分子量: 12409.807 Da / 分子数: 4 / 断片: metal-sensor domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia metallidurans (バクテリア)
株: CH34 / 遺伝子: cnrR, cnrX, RMe0087, Rmet_6206 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P37975
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 2000 MME, 10% Glycerol, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97961 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月22日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97961 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.3 % / Av σ(I) over netI: 14.2 / 数: 286504 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / D res high: 1.74 Å / D res low: 46.6 Å / Num. obs: 45563 / % possible obs: 97.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
5.5146.687.210.0240.0245.9
3.95.5199.210.0240.0246.2
3.183.999.610.0260.0266.3
2.753.1899.510.0290.0296.3
2.462.7599.510.0360.0366.4
2.252.4698.710.0470.0476.4
2.082.2598.710.0620.0626.4
1.952.0898.410.1040.1046.4
1.841.9597.910.1810.1816.4
1.741.8493.810.2630.2636
反射解像度: 1.742→46.6 Å / Num. obs: 45563 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 14.152
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.74-1.8460.26333797063540.26393.8
1.84-1.956.40.1814.33997362850.18197.9
1.95-2.086.40.1047.43774159120.10498.4
2.08-2.256.40.06212.23568355910.06298.7
2.25-2.466.40.04715.93292751440.04798.7
2.46-2.756.40.03619.82946846160.03699.5
2.75-3.186.30.02922.62619641390.02999.5
3.18-3.96.30.02623.72191134830.02699.6
3.9-5.516.20.02425.11676127100.02499.2
5.51-46.65.90.02425.4787413290.02487.2

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.29データスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.742→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 2.848 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25894 2294 5 %RANDOM
Rwork0.19566 ---
obs0.1989 43242 97.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.45 Å2 / Biso mean: 19.949 Å2 / Biso min: 4.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å2-0.05 Å2
2--2.24 Å20 Å2
3----2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.742→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3460 0 3 441 3904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0213626
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3931.9684894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.26236204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1735457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06822.921202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.99715658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.9141555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02753
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2480.2980
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.22799
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.21692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0970.21960
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2270.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1250.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3290.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3030.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0371.52751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5381.5871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.17323542
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.21331504
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.94.51338
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.742→1.787 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 161 -
Rwork0.225 2911 -
all-3072 -
obs--88.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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