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- PDB-3eno: Crystal structure of Pyrococcus furiosus Pcc1 in complex with The... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eno
タイトルCrystal structure of Pyrococcus furiosus Pcc1 in complex with Thermoplasma acidophilum Kae1
要素
  • Putative O-sialoglycoprotein endopeptidase
  • uncharacterized protein PF2011
キーワードhydrolase/unknown function / Hydrolase / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / Zinc / KEOPS complex / ATPase / metal ion binding / dimerization module / telomere / hydrolase-unknown function COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / metalloendopeptidase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase Kae1, archaea and eukaryote / Serine/threonine-protein kinase Bud32 / Kae1/TsaD family / CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / RIO1 family ...: / Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase Kae1, archaea and eukaryote / Serine/threonine-protein kinase Bud32 / Kae1/TsaD family / CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / RIO1 family / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / TATA-Binding Protein / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
KEOPS complex subunit Pcc1 / Probable bifunctional tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.0201 Å
データ登録者Neculai, D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Atomic structure of the KEOPS complex: an ancient protein kinase-containing molecular machine.
著者: Mao, D.Y. / Neculai, D. / Downey, M. / Orlicky, S. / Haffani, Y.Z. / Ceccarelli, D.F. / Ho, J.S. / Szilard, R.K. / Zhang, W. / Ho, C.S. / Wan, L. / Fares, C. / Rumpel, S. / Kurinov, I. / ...著者: Mao, D.Y. / Neculai, D. / Downey, M. / Orlicky, S. / Haffani, Y.Z. / Ceccarelli, D.F. / Ho, J.S. / Szilard, R.K. / Zhang, W. / Ho, C.S. / Wan, L. / Fares, C. / Rumpel, S. / Kurinov, I. / Arrowsmith, C.H. / Durocher, D. / Sicheri, F.
履歴
登録2008年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative O-sialoglycoprotein endopeptidase
B: Putative O-sialoglycoprotein endopeptidase
C: uncharacterized protein PF2011
D: uncharacterized protein PF2011
E: uncharacterized protein PF2011
F: uncharacterized protein PF2011
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7648
ポリマ－111,7166
非ポリマー492
水00
1
A: Putative O-sialoglycoprotein endopeptidase
C: uncharacterized protein PF2011
D: uncharacterized protein PF2011
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8824
ポリマ－55,8583
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area21330 Å2
手法PISA
2
B: Putative O-sialoglycoprotein endopeptidase
E: uncharacterized protein PF2011
F: uncharacterized protein PF2011
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8824
ポリマ－55,8583
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area21110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.560, 66.560, 435.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Putative O-sialoglycoprotein endopeptidase / E.C.3.4.24.57 / Kae1 / Glycoprotease


分子量: 36056.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 株: DSM 1728 / 遺伝子: gcp, TA0324 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HLA5, EC: 3.4.24.57
#2: タンパク質
uncharacterized protein PF2011 / Pcc1


分子量: 9900.515 Da / 分子数: 4 / Mutation: I12M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / 遺伝子: PF2011 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TZI1
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M NaCl, 40% PEG300, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: pseudo-merohedral / Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.435
反射解像度: 3.0201→435.1 Å / Num. all: 21248 / Num. obs: 21243 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.18 / 冗長度: 1.97 % / Rmerge(I) obs: 0.0461 / Rsym value: 0.0461 / Net I/σ(I): 14.91
反射 シェル解像度: 3.0201→3.12 Å / 冗長度: 1.94 % / Rmerge(I) obs: 0.2948 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / Num. unique all: 1936 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IVP, pFu pcc1 dimeric structure

2ivp


解像度: 3.0201→39.581 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.2 / 位相誤差: 37.69 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2818 2142 5.31 %RANDOM
Rwork0.243 ---
all0.24501 ---
obs0.245 21243 95.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.862 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.9047 Å20 Å20 Å2
2--10.9047 Å20 Å2
3----29.0246 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.0201→39.581 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7469 0 2 0 7471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8410248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041299
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6592822
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0201-3.07220.40721130.35481769X-RAY DIFFRACTION98
3.0722-3.1280.4159830.33821938X-RAY DIFFRACTION98
3.128-3.18820.3046790.3261922X-RAY DIFFRACTION98
3.1882-3.25320.30281090.30551842X-RAY DIFFRACTION98
3.2532-3.32390.30671060.29471973X-RAY DIFFRACTION98
3.3239-3.40120.33821080.29651804X-RAY DIFFRACTION98
3.4012-3.48620.30351200.28071931X-RAY DIFFRACTION98
3.4862-3.58040.2412900.27391893X-RAY DIFFRACTION98
3.5804-3.68570.2801990.26941943X-RAY DIFFRACTION98
3.6857-3.80460.3371920.26821867X-RAY DIFFRACTION98
3.8046-3.94040.2705900.24161943X-RAY DIFFRACTION98
3.9404-4.0980.33131060.23131913X-RAY DIFFRACTION98
4.098-4.28430.29391110.2481915X-RAY DIFFRACTION98
4.2843-4.50990.29811150.21981914X-RAY DIFFRACTION98
4.5099-4.7920.22081060.20941929X-RAY DIFFRACTION98
4.792-5.16130.2484820.21781920X-RAY DIFFRACTION98
5.1613-5.67930.3587910.25291941X-RAY DIFFRACTION98
5.6793-6.4980.27491060.26851969X-RAY DIFFRACTION98
6.498-8.1750.3057870.21342006X-RAY DIFFRACTION98
8.175-39.58390.20881370.18321968X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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