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- PDB-3eng: STRUCTURE OF ENDOGLUCANASE V CELLOBIOSE COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eng
タイトルSTRUCTURE OF ENDOGLUCANASE V CELLOBIOSE COMPLEX
要素ENDOGLUCANASE V CELLOBIOSE COMPLEX
キーワードGLYCOSYL HYDROLASE / HYDROLASE / ENDOGLUCANASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 45 / : / Glycosyl hydrolase family 45 / Glycosyl hydrolases family 45 active site. / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Barwin-like endoglucanases / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellobiose / Endoglucanase-5
類似検索 - 構成要素
生物種Humicola insolens (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Davies, G.J. / Schulein, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Structure determination and refinement of the Humicola insolens endoglucanase V at 1.5 A resolution.
著者: Davies, G.J. / Dodson, G. / Moore, M.H. / Tolley, S.P. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Rasmussen, G. / Schulein, M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Structures of Oligosaccharide-Bound Forms of the Endoglucanase V from Humicola Insolens at 1.9 A Resolution
著者: Davies, G.J. / Tolley, S.P. / Henrissat, B. / Hjort, C. / Schulein, M.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Structure and Function of Endoglucanase V
著者: Davies, G.J. / Dodson, G.G. / Hubbard, R.E. / Tolley, S.P. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Hjort, C. / Mikkelsen, J.M. / Rasmussen, G. / Schulein, M.
履歴
登録1996年10月17日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月2日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE V CELLOBIOSE COMPLEX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2272
ポリマ－22,8841
非ポリマー3421
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.750, 56.180, 37.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE V CELLOBIOSE COMPLEX


分子量: 22884.371 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC CORE, RESIDUES 1 - 210 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Humicola insolens (菌類) / 参照: UniProt: P43316, cellulase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENDOGLUCANASE V IS FROM GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 45.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.62 %
結晶化pH: 8
詳細: 10MG/ML ENZYME IN 20MM TRIS-HCL BUFFER PH 8.0. PRECIPITANT 18%(W/V) PEG 8K. CO-CRYSTALLISED WITH 5MM CELLOBIOSE
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Davies, G.J., (1993) Nature, 365, 362.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118-22 %PEG80001reservoir
212 mg/mlprotein1drop
310 mMTris-HCl1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 13151 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -999 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Mean I/σ(I) obs: 7.44 / % possible all: 78.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
ROTAVATAデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(ROTAVATA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ENG

2eng


解像度: 1.9→10 Å
詳細: THIS IS A COMPLEX WITH THE PRODUCT CELLOBIOSE. THIS IS BOUND IN THE +1 AND +2 SUBSITES OF THE ENZYME. THESE ARE LABELLED AS THE E AND F RESIDUES OF CELLOBIOSE. IT WAS SOLVED BY MOLECULAR ...詳細: THIS IS A COMPLEX WITH THE PRODUCT CELLOBIOSE. THIS IS BOUND IN THE +1 AND +2 SUBSITES OF THE ENZYME. THESE ARE LABELLED AS THE E AND F RESIDUES OF CELLOBIOSE. IT WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT USING THE NATIVE EGV STRUCTURE DESCRIBED IN REFERENCE 1 (ABOVE)
Rfactor反射数
Rwork0.145 -
obs-13070
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1605 0 23 152 1780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0280.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0320.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.6213
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.1745
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.9454
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.4136
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0080.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1190.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1610.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2550.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.87
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor24.620
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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