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- PDB-3emw: Crystal Structure of human splA/ryanodine receptor domain and SOC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3emw
タイトルCrystal Structure of human splA/ryanodine receptor domain and SOCS box containing 2 (SPSB2) in complex with a 20-residue VASA peptide
要素
  • Peptide (VASA)
  • SPRY domain-containing SOCS box protein 2
キーワードAPOPTOSIS / Apoptosis nucleus / UBL conjugation pathwayc / CL transcription regulation / Transcription / Phosphoprotein / Ubl conjugation pathway / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior cell cortex / secondary piRNA processing / gamete generation / P granule / germ cell nucleus / SCF ubiquitin ligase complex / oogenesis / germ cell development / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / intracellular protein localization ...posterior cell cortex / secondary piRNA processing / gamete generation / P granule / germ cell nucleus / SCF ubiquitin ligase complex / oogenesis / germ cell development / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / intracellular protein localization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell differentiation / RNA helicase activity / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / RNA helicase / mRNA binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ded1/Dbp1, DEAD-box helicase domain / SSB2, SOCS box domain / : / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. ...Ded1/Dbp1, DEAD-box helicase domain / SSB2, SOCS box domain / : / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase vasa / SPRY domain-containing SOCS box protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Sharpe, T. / Keates, T. / Murray, J.W. / Savitsky, P. / Roos, A.K. / Pike, A.C.W. / Von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Filippakopoulos, P. / Sharpe, T. / Keates, T. / Murray, J.W. / Savitsky, P. / Roos, A.K. / Pike, A.C.W. / Von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Bullock, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for Par-4 recognition by the SPRY domain- and SOCS box-containing proteins SPSB1, SPSB2, and SPSB4.
著者: Filippakopoulos, P. / Low, A. / Sharpe, T.D. / Uppenberg, J. / Yao, S. / Kuang, Z. / Savitsky, P. / Lewis, R.S. / Nicholson, S.E. / Norton, R.S. / Bullock, A.N.
履歴
登録2008年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPRY domain-containing SOCS box protein 2
B: Peptide (VASA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5966
ポリマ－26,3472
非ポリマー2484
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint6.5 kcal/mol
Surface area9650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.470, 61.963, 118.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SPRY domain-containing SOCS box protein 2 / SPSB2 / SSB-2 / Gene-rich cluster protein C9


分子量: 23849.627 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-219 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPSB2, GRCC9, SSB2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q99619
#2: タンパク質・ペプチド Peptide (VASA)


分子量: 2497.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide synthesis / 参照: UniProt: P09052*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.178M Na/KPO4, 17.8% PEG3350, 8.88% EtGly, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.975653 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975653 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.83 Å / Num. obs: 24366 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 25.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3494 / Rsym value: 0.618 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JK9

2jk9


解像度: 1.8→42.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.491 / SU ML: 0.074 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21593 1239 5.1 %RANDOM
Rwork0.17796 ---
all0.17995 23115 --
obs0.17995 23073 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.523 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.27 Å20 Å20 Å2
2--0.97 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1579 0 16 138 1733
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211636
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.9632217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95332732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4195205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3223.37874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.81615245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.461513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02333
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.34831022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1743426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.47951621
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.898614
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.46511596
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 87 -
Rwork0.233 1665 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.301-2.3859-3.970811.4412-0.07516.9983-0.1075-0.13820.25970.2783-0.0075-0.6335-0.09471.01430.1150.1238-0.0202-0.01780.1489-0.070.21224.31337.260731.4895
21.82770.52970.292.24870.36781.83070.0645-0.08570.0606-0.12830.04720.0815-0.1639-0.1821-0.1117-0.0175-0.003-0.00070.00180.03410.00849.266524.329842.0027
32.1064-0.0929-0.14421.8770.17151.96110.0445-0.1437-0.29060.04370.0779-0.04040.1755-0.0389-0.1224-0.0117-0.028-0.0419-0.01760.03670.031814.74513.783843.9152
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2A33 - 121
3X-RAY DIFFRACTION3A122 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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