PDB-3emm: X-ray structure of protein from Arabidopsis thaliana AT1G79260 wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3emm

タイトル

X-ray structure of protein from Arabidopsis thaliana AT1G79260 with Bound Heme

要素

Uncharacterized protein At1g79260

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HEME / Structural Genomics Functional Follow-up Study / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG

機能・相同性

機能・相同性情報

Isomerases; Other isomerases / isomerase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.358 Å

データ登録者

Bianchetti, C.M. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: The structure and NO binding properties of the nitrophorin-like heme-binding protein from Arabidopsis thaliana gene locus At1g79260.1.
著者: Bianchetti, C.M. / Blouin, G.C. / Bitto, E. / Olson, J.S. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2008年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3emm.cif.gz	56.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3emm.ent.gz	38.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3emm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3emm_validation.pdf.gz	765.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3emm_full_validation.pdf.gz	766.8 KB	表示
XML形式データ	3emm_validation.xml.gz	5.8 KB	表示
CIF形式データ	3emm_validation.cif.gz	8.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/3emm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/3emm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2a13SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wjb-d 3wjf-d 3tod-d 3wje-d 2b4o-2 7b94-1 3wjc-d 6b8y-d 5f3g-2 4ibm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.6462

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein At1g79260

ヘテロ分子

19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein At1g79260

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein At1g79260

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
38.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.749, 79.732, 36.971
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Uncharacterized protein At1g79260 分子量: 18507.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At1g79260, YUP8H12R.14 / プラスミド: PVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: O64527
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein Solution (16.5 mg/mL native protein [Heme was added in purification step], 0.050 M sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M MES pH 6.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (24% ...詳細: Protein Solution (16.5 mg/mL native protein [Heme was added in purification step], 0.050 M sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M MES pH 6.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (24% PEG 4K, 0.05 M BTP pH 7.0 ) Cryoprotected with 30% PEG 4K, 0.05 M BTP pH 7.0 and 15% ethylene glycol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein Solution (16.5 mg/mL native protein [Heme was added in purification step], 0.050 M sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M MES pH 6.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (24% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月19日 / 詳細: Beryllium lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.358→50 Å / Num. obs: 37822 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.041 / Χ²: 0.967 / Net I/σ(I): 22.969

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.36-1.41	3.7	0.236	5.074	3728	0.957	97.6
1.41-1.47	4.5	0.19		3830	0.983	99.8
1.47-1.53	4.7	0.141		3824	0.985	99.8
1.53-1.61	4.7	0.099		3837	1.001	99.5
1.61-1.71	4.8	0.079		3792	1.062	99.3
1.71-1.85	4.9	0.067		3844	1.071	99
1.85-2.03	4.9	0.047		3795	1.033	98.4
2.03-2.33	5	0.047		3834	0.933	97.6
2.33-2.93	5	0.043		3796	0.921	96.2
2.93-50	4.7	0.031		3542	0.702	85.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 0.424 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.519

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	29.26 Å
Translation	3 Å	29.26 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2A13

2a13

解像度: 1.358→47.836 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.216 / WR_factor R_work: 0.187 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.526 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.198	1864	4.931 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.171	37799	97.155 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.43 Å² / B_iso mean: 15.287 Å² / B_iso min: 5.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.657 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.694 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.037 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.358→47.836 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1236	0	47	253	1536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.354	2.081	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.236	5	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.402	23.846	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.129	15	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.207	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	555
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	911
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.17	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.119	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.769	1.5	813
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.246	2	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.759	3	597
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.512	4.5	528

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.358-1.393	0.289	135	0.237	2582	2834	95.872
1.393-1.431	0.225	127	0.206	2602	2743	99.49
1.431-1.473	0.237	131	0.192	2564	2698	99.889
1.473-1.518	0.201	113	0.173	2483	2602	99.769
1.518-1.568	0.206	132	0.159	2387	2530	99.565
1.568-1.623	0.17	122	0.167	2325	2457	99.593
1.623-1.684	0.181	110	0.166	2262	2387	99.372
1.684-1.753	0.199	108	0.165	2154	2281	99.167
1.753-1.831	0.187	124	0.16	2051	2199	98.909
1.831-1.92	0.172	99	0.16	1960	2087	98.658
1.92-2.024	0.207	102	0.158	1874	2010	98.308
2.024-2.146	0.181	94	0.162	1778	1913	97.857
2.146-2.294	0.163	100	0.164	1649	1791	97.655
2.294-2.477	0.212	85	0.17	1556	1693	96.929
2.477-2.713	0.235	67	0.174	1425	1547	96.445
2.713-3.032	0.179	69	0.173	1284	1420	95.282
3.032-3.499	0.17	59	0.158	1117	1248	94.231
3.499-4.279	0.216	42	0.155	914	1079	88.601
4.279-6.028	0.204	35	0.164	640	864	78.125
6.028-47.836	0.423	10	0.29	328	523	64.627

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7667	-0.0689	-0.8844	1.2084	0.2915	1.158	-0.0677	-0.0252	-0.0399	0.0122	0.015	-0.0927	-0.0782	0.118	0.0527	0.0489	0.0023	-0.0075	0.0407	0.0156	0.0568	5.9703	9.4478	-1.753
2	4.6108	4.5944	-5.147	7.901	0.0987	21.4252	-0.2912	0.1904	-1.0416	-0.4869	0.2302	-1.4384	0.293	0.9762	0.0609	-0.0026	0.0295	0.1269	0.1126	-0.0496	0.409	18.9212	-1.3172	-4.9326
3	0.4861	0.0401	-0.2805	2.2349	0.2943	0.8505	-0.0077	-0.011	0.0436	0.2465	-0.0252	-0.0057	-0.0431	0.0165	0.0328	0.0907	0.0126	-0.013	0.0205	-0.0099	0.0491	-0.133	9.4305	7.4538
4	0.8768	0.3773	-0.4869	1.5109	-0.5796	2.0632	0.0091	-0.0706	0.0476	0.1765	-0.0213	-0.1825	-0.1047	0.1863	0.0121	0.0811	-0.0113	-0.0447	0.0419	-0.0024	0.0645	10.523	11.8427	7.5988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	68 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	77 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	110 - 166

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関連情報:EMDBヘッダ

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