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- PDB-6b8y: TGF-BETA RECEPTOR TYPE 1 KINASE DOMAIN (T204D) IN COMPLEX WITH N-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b8y
タイトルTGF-BETA RECEPTOR TYPE 1 KINASE DOMAIN (T204D) IN COMPLEX WITH N-(3-fluoropyridin-4-yl)-2-[6-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine
要素TGF-beta receptor type-1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / ALK5 / KINASE DOMAIN / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular structure organization / epicardium morphogenesis / vascular endothelial cell proliferation / parathyroid gland development / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / regulation of cardiac muscle cell proliferation / myofibroblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity ...extracellular structure organization / epicardium morphogenesis / vascular endothelial cell proliferation / parathyroid gland development / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / regulation of cardiac muscle cell proliferation / myofibroblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity / ventricular compact myocardium morphogenesis / trophoblast cell migration / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / positive regulation of tight junction disassembly / cardiac epithelial to mesenchymal transition / mesenchymal cell differentiation / positive regulation of vasculature development / neuron fate commitment / activin receptor complex / positive regulation of extracellular matrix assembly / type II transforming growth factor beta receptor binding / transforming growth factor beta receptor activity, type I / activin receptor activity, type I / activin receptor activity, type II / BMP receptor activity / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / transforming growth factor beta receptor activity, type II / pharyngeal system development / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity, type III / activin binding / regulation of epithelial to mesenchymal transition / coronary artery morphogenesis / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / germ cell migration / filopodium assembly / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / activin receptor signaling pathway / response to cholesterol / embryonic cranial skeleton morphogenesis / I-SMAD binding / transforming growth factor beta binding / collagen fibril organization / negative regulation of chondrocyte differentiation / endothelial cell activation / anterior/posterior pattern specification / skeletal system morphogenesis / lens development in camera-type eye / positive regulation of filopodium assembly / artery morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / SMAD binding / negative regulation of endothelial cell proliferation / roof of mouth development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of SMAD protein signal transduction / blastocyst development / regulation of protein ubiquitination / epithelial to mesenchymal transition / bicellular tight junction / endothelial cell migration / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell proliferation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / thymus development / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / positive regulation of apoptotic signaling pathway / post-embryonic development / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / kidney development / skeletal system development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cell motility / wound healing / cellular response to growth factor stimulus / male gonad development / UCH proteinases / nervous system development / peptidyl-serine phosphorylation / heart development / regulation of gene expression / positive regulation of cell growth / in utero embryonic development / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / protein kinase activity / regulation of cell cycle / endosome / Ub-specific processing proteases / intracellular signal transduction / cilium / positive regulation of cell migration / membrane raft
類似検索 - 分子機能
GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D0A / TGF-beta receptor type-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Heterobicyclic inhibitors of transforming growth factor beta receptor I (TGF beta RI).
著者: Harikrishnan, L.S. / Warrier, J. / Tebben, A.J. / Tonukunuru, G. / Madduri, S.R. / Baligar, V. / Mannoori, R. / Seshadri, B. / Rahaman, H. / Arunachalam, P.N. / Dikundwar, A.G. / Fink, B.E. / ...著者: Harikrishnan, L.S. / Warrier, J. / Tebben, A.J. / Tonukunuru, G. / Madduri, S.R. / Baligar, V. / Mannoori, R. / Seshadri, B. / Rahaman, H. / Arunachalam, P.N. / Dikundwar, A.G. / Fink, B.E. / Fargnoli, J. / Fereshteh, M. / Fan, Y. / Lippy, J. / Ho, C.P. / Wautlet, B. / Sheriff, S. / Ruzanov, M. / Borzilleri, R.M.
履歴
登録2017年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TGF-beta receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5402
ポリマ－35,1651
非ポリマー3741
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.110, 77.030, 90.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TGF-beta receptor type-1 / TGFR-1 / Activin A receptor type II-like protein kinase of 53kD / Activin receptor-like kinase 5 / ...TGFR-1 / Activin A receptor type II-like protein kinase of 53kD / Activin receptor-like kinase 5 / ALK5 / Serine/threonine-protein kinase receptor R4 / SKR4 / TGF-beta type I receptor / Transforming growth factor-beta receptor type I / TbetaR-I


分子量: 35165.473 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain / 変異: T204D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBR1, ALK5, SKR4 / プラスミド: PFASTBAC1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P36897, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 化合物 ChemComp-D0A / N-(3-fluoropyridin-4-yl)-2-[6-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 374.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H10F4N6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 23%(w/v) PEG3350, 3%(v/v) glcyerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月12日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→42.11 Å / Num. obs: 36153 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.9 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 12474 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TZM

3tzm


解像度: 1.65→22.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU R Cruickshank DPI: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.099 / SU Rfree Blow DPI: 0.095 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.093
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1785 4.95 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.18 36077 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 84.69 Å2 / Biso mean: 24.91 Å2 / Biso min: 5.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0394 Å20 Å20 Å2
2---2.0353 Å20 Å2
3---1.9959 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→22.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2414 0 27 204 2645
Biso mean--13.9 30.36 -
残基数----305
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d888SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes56HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes405HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2517HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion319SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3096SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2517HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3410HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.61
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.7 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2372 153 5.36 %
Rwork0.2236 2699 -
all0.2244 2852 -
obs--97.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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