PDB-3el0: Crystal structure of the inhibitor Nelfinavir (NFV) in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3el0

タイトル

Crystal structure of the inhibitor Nelfinavir (NFV) in complex with a multi-drug resistant HIV-1 protease variant (L10I/G48V/I54V/V64I/V82A) (Refer: FLAP+ in citation)

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / HIV-1 / protease / multi-drug resistance / Nelfinavir / AIDS

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Prabu-Jeyabalan, M. / King, N.M.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
著者: King, N.M. / Prabu-Jeyabalan, M. / Bandaranayake, R.M. / Nalam, M.N. / Nalivaika, E.A. / Ozen, A. / Yilmaz, N.K. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2008年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年10月17日	Group: Database references
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3el0.cif.gz	56.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3el0.ent.gz	41.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3el0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3el0_validation.pdf.gz	829.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3el0_full_validation.pdf.gz	830.9 KB	表示
XML形式データ	3el0_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	3el0_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/3el0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/3el0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ekpC 3ekqC 3ektC 3ekvC 3ekwC 3ekxC 3ekyC 3el1C 3el4C 3el5C 3el9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3o9b-d 1ec3-d 1mt8-d 6oos-2 2nxl-d 2fnt-d 4dqb-d 4eq0-d 2nxm-d 1wbm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.073, 58.484, 61.096
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease / Retropepsin / PR 分子量: 10815.788 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 491-589 / 変異: Q7K, L10I, G48V, I54V, V64I, V82A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-1UN / 2-[2-HYDROXY-3-(3-HYDROXY-2-METHYL-BENZOYLAMINO)-4-PHENYL SULFANYL-BUTYL]-DECAHYDRO-ISOQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID TERT-BUTYLAMIDE / NELFINAVIR MESYLATE AG1343 / (3S,4aβ,8aβ)-N-tert-ブチル-2-[(2R,3R)-2-ヒドロキシ-3-(2-メチル-3-ヒドロキシ(以下略) 分子量: 567.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₅N₃O₄S コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 133 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→20 Å / Num. all: 12125 / Num. obs: 12125 / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 12.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU B: 6.757 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	591	4.9 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.2	12104	94.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.88 Å² / B_iso mean: 29.943 Å² / B_iso min: 16.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.92 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1483	0	70	125	1678

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.166	2.022	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.271	3	3623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.705	5	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.179	24.464	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.18	15	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.356	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.034	0.02	291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.292	0.2	219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	728
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	922
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.26	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.276	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.331	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.199	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.931	1.5	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.116	1.5	416
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.978	2	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.583	3	668
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.242	4.5	559

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	43	-
R_work	0.241	790	-
all	-	833	-
obs	-	-	89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7734	1.1984	0.6903	1.4624	1.3964	1.7538	0.0724	0.2445	0.1846	-0.1425	-0.0852	0.0509	-0.1545	-0.0449	0.0127	-0.0324	0.0045	-0.0249	-0.0091	0.0148	-0.0333	20.1048	8.5516	2.1228
2	1.6542	-1.2167	-0.3788	1.6389	-0.047	0.2292	-0.1341	-0.1123	-0.0642	-0.0688	0.0415	0.0238	-0.2553	-0.0493	0.0926	-0.0484	-0.015	0.0025	0.017	0.0076	-0.0057	25.1206	4.0155	12.9456
3	6.9516	-1.2847	-3.1346	4.2954	1.4147	1.607	-0.2204	-0.0493	-0.2134	-0.2426	0.1893	0.1101	0.1526	-0.0032	0.0311	-0.0641	-0.0126	-0.0122	-0.0117	-0.0026	-0.013	15.1102	0.0731	9.9565
4	14.7503	6.1423	-0.9947	4.3427	0.961	1.1266	-0.09	-0.2328	0.0251	-0.1426	0.0066	0.3895	0.026	-0.2221	0.0834	-0.0448	0.002	0.0253	-0.0133	0.0167	-0.012	26.5564	-1.2406	27.0442
5	6.1034	1.4797	0.2188	5.3375	0.0409	2.9569	-0.0399	-0.1954	0.0855	0.0958	0.078	0.3517	-0.0876	0.2085	-0.0382	-0.0913	-0.023	0.0081	-0.0176	0.0232	-0.0242	15.25	-10.6811	19.5318
6	0.2598	-1.1594	0.1199	5.2043	-0.2135	3.3527	0.1564	0.0239	-0.2189	-0.0158	0.1003	0.5283	0.0887	-0.1328	-0.2567	-0.029	-0.025	-0.0075	0.0511	0.037	0.0479	29.8425	-5.1324	17.1263
7	1.0731	0.2479	-0.5197	5.4853	-4.4808	5.4086	0.0922	-0.5609	-0.0168	0.8235	-0.3422	0.1286	-0.6245	0.5007	0.25	-0.0016	-0.0324	0.0072	0.1108	0.0329	0.0438	10.8898	-1.0239	20.0446
8	5.0711	-0.0973	-0.557	2.3463	1.4321	0.923	-0.1131	-0.0959	0.1825	0.0874	0.1038	-0.1215	0.0059	-0.0102	0.0092	-0.0316	0.0052	-0.0127	0.0098	-0.0163	-0.0103	28.5114	9.2537	11.5786
9	1.8261	-1.0276	-2.2095	3.9584	0.4986	2.8375	-0.0706	0.2158	-0.2041	0.0355	0.0915	0.0278	0.0584	-0.1435	-0.021	-0.0673	-0.0136	-0.0315	0.0185	-0.0113	0.0101	11.7585	-0.6527	4.7563
10	5.4249	9.2672	2.1608	17.6938	1.4671	3.5158	0.081	-0.4871	0.2802	0.2841	-0.0388	-0.1617	-0.0165	-0.3707	-0.0422	-0.0581	-0.019	0.0024	0.0232	0.017	0.0075	20.3187	-1.2144	17.1993

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 5
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	94 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 31
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	24 - 31
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	44 - 55
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	44 - 55
9	X-RAY DIFFRACTION	6	A	77 - 84
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	77 - 84
11	X-RAY DIFFRACTION	8	A	86 - 92
12	X-RAY DIFFRACTION	9	B	86 - 92
13	X-RAY DIFFRACTION	10	A	201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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