[日本語] English
- PDB-3eih: Crystal structure of S.cerevisiae Vps4 in the presence of ATPgammaS -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eih
タイトルCrystal structure of S.cerevisiae Vps4 in the presence of ATPgammaS
要素Vacuolar protein sorting-associated protein 4
キーワードPROTEIN TRANSPORT / AAA ATPase / ATP-binding cassette / ATP-binding / Endosome / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


ESCRT IV complex / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / intralumenal vesicle formation / protein retention in Golgi apparatus / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / sterol metabolic process / nuclear membrane reassembly / midbody abscission ...ESCRT IV complex / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / intralumenal vesicle formation / protein retention in Golgi apparatus / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / sterol metabolic process / nuclear membrane reassembly / midbody abscission / multivesicular body sorting pathway / vacuole organization / plasma membrane repair / membrane fission / late endosome to vacuole transport / multivesicular body assembly / reticulophagy / endosomal transport / nucleus organization / ATPase complex / autophagosome maturation / nuclear pore / macroautophagy / autophagy / protein transport / midbody / endosome / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein 4, MIT domain / MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / Vps4 oligomerisation, C-terminal / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / : / Vps4 C terminal oligomerisation domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / AAA ATPase, AAA+ lid domain ...Vacuolar protein sorting-associated protein 4, MIT domain / MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / Vps4 oligomerisation, C-terminal / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / : / Vps4 C terminal oligomerisation domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Vacuolar protein sorting-associated protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Gonciarz, M.D. / Whitby, F.G. / Eckert, D.M. / Kieffer, C. / Heroux, A. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2008
タイトル: Biochemical and structural studies of yeast vps4 oligomerization.
著者: Gonciarz, M.D. / Whitby, F.G. / Eckert, D.M. / Kieffer, C. / Heroux, A. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P.
履歴
登録2008年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年3月7日Group: Non-polymer description
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 4
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 4
C: Vacuolar protein sorting-associated protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,2749
ポリマ-112,0923
非ポリマー1,1816
00
1
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9123
ポリマ-37,3641
非ポリマー5482
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9123
ポリマ-37,3641
非ポリマー5482
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Vacuolar protein sorting-associated protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4503
ポリマ-37,3641
非ポリマー862
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.956, 119.804, 156.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 4 / Protein END13 / DOA4-independent degradation protein 6 / Vacuolar protein-targeting protein 10


分子量: 37364.098 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 104-437 / 変異: E233Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VPS4, CSC1, DID6, END13, GRD13, VPL4, VPT10, YPR173C, P9705.10
プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: P52917
#2: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.86 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 48 % Ethylene glycol, 0.1M Bis-Tris, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月11日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 23550 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3.25→3.37 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0054精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.25→33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 26.645 / SU ML: 0.44 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.58 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30457 1208 5.1 %RANDOM
Rwork0.2255 ---
obs0.22958 22286 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 86.713 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20 Å2
2---1.7 Å20 Å2
3---1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7327 0 69 0 7396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227521
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6291.9910181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5955941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.48724.922321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.443151361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5971547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6241.54703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1727608
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.26732818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3194.52573
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.33 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 77 -
Rwork0.278 1587 -
obs--97.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.030.6207-2.17752.577-0.76430.9024-0.40350.9286-0.2894-0.87960.27120.207-0.31630.10150.13240.46450.0945-0.00370.43860.05480.22619.209-40.8712-29.8547
24.8017-2.8961-1.79491.92741.67872.6381-0.0136-0.23710.21340.24390.0414-0.3424-0.17580.3671-0.02780.32050.0158-0.01380.35240.00810.359517.8444-35.8793-16.1509
35.4113-6.98485.95679.0159-7.68886.55710.08860.2597-0.6158-0.0955-0.3651-0.65180.22940.03690.27660.3945-0.0091-0.04350.3754-0.10850.384828.8261-49.6996-14.5364
44.6131.4236-1.51040.95650.39261.9205-0.15820.1537-0.04270.07050.2172-0.03320.1010.1931-0.05890.3441-0.0210.00550.3495-0.02530.33437.7613-39.777-16.5603
52.22220.73011.1211.44990.92643.1376-0.3940.29830.057-0.59270.24280.05950.1650.1080.15120.38890.02730.02360.3317-0.06640.3498.705-44.0215-26.0655
63.34211.0018-0.32876.75994.20672.9017-0.0954-0.00370.0736-0.0396-0.08030.48560.2159-0.28980.17560.47090.00450.0060.473-0.0350.448-4.7656-55.4549-27.1917
75.14761.1341-3.18975.66690.57592.8781-0.3115-0.0534-0.3449-0.16180.1692-0.1197-0.05840.18630.14230.38270.05060.00340.3994-0.0890.3118.5652-51.4173-25.824
84.25182.7253-3.410210.29540.57053.62381.51672.2303-2.0822.17680.48611.31090.7044-1.0808-2.00270.5658-0.0171-0.03020.47060.22910.7507-7.9534-56.6067-12.5869
95.273-1.02123.29260.5299-0.85812.20240.5047-0.3738-0.54840.2311-0.15640.32430.0988-0.8092-0.34830.6717-0.00870.01490.5215-0.07050.5695-4.7178-61.6505-17.7111
100.06210.0295-0.27590.79340.42221.61861.9284-0.1554-0.06280.8225-0.2238-1.321-0.11331.8562-1.70460.40230.0158-0.09680.56130.05780.599913.6632-58.7071-19.8205
110.4929-0.2119-2.01354.56360.66658.23460.3509-0.1489-0.84420.278-0.29850.26220.10040.3749-0.05250.3870.0344-0.02930.40290.0060.34064.034-49.5084-11.8229
121.4203-0.69220.27395.9254-2.0161.82930.06040.06320.07420.1688-0.0482-0.00050.05470.1976-0.01220.266-0.01870.00510.3815-0.02020.2815.6126-26.5932-15.9019
131.7924-1.1195-1.33456.02230.81075.3082-0.0025-0.11350.12220.27340.0667-0.0336-0.09130.1409-0.06420.33010.0426-0.00210.37570.01550.2725-1.0909-20.4978-13.5313
141.0392-1.66152.09652.6564-3.35194.22960.1233-0.0750.2043-0.51670.12150.3080.6247-0.698-0.24480.42520.0090.03080.36740.02780.2988-10.0712-17.5886-28.3168
155.78192.1175-0.1764.36791.56093.42450.0856-0.18940.7257-0.08070.1364-0.3794-0.2070.4333-0.2220.47110.00760.01060.39150.07950.4171-5.074-1.5946-40.1319
166.7750.90460.83634.28382.23243.03510.175-0.21280.2406-0.25460.05740.1374-0.2683-0.393-0.23240.437-0.02650.00420.42520.15640.3318-13.4595-4.4571-39.6648
170.2774-0.13121.4670.0621-0.69387.7572-0.08550.27420.1721-0.26730.03390.0924-0.27370.14910.05160.38810.00920.02660.34420.02790.3497-6.6616-11.6427-26.2123
180.8385-2.53871.84957.9503-5.42384.1972-0.2007-0.5940.3330.32780.46540.29710.509-0.7894-0.26460.4148-0.0460.0780.42280.04940.2918-6.6729-32.2379-6.6612
192.8816-0.17482.42195.378-0.34042.04260.0497-0.2508-0.07840.12270.035-0.26150.41720.6328-0.08470.52570.0316-0.0040.48730.05120.38487.1899-46.1795-0.8944
201.03980.664-0.97014.71340.9174.2913-0.29921.3815-0.433-0.4310.44450.1283-0.17480.4818-0.14530.6326-0.1763-0.01690.40710.03020.353216.5897-72.4115-3.0781
211.46030.9656-0.43115.1727-0.54742.3901-0.1020.1989-0.207-0.05710.1286-0.17430.14710.1919-0.02660.43810.02080.00960.44790.00590.447920.5257-80.65639.2314
221.6894-0.1423-0.60043.03360.92940.5594-0.101-0.0169-0.2920.00890.06160.38720.27090.03720.03940.4204-0.0533-0.03060.30590.01960.435713.6935-79.54339.0787
233.7514-1.9819-1.69583.77751.97681.74110.06070.20930.0134-0.2824-0.11580.2369-0.2385-0.24940.05510.5057-0.0511-0.04320.45270.03170.44967.2154-72.0376-0.3285
245.72743.894-0.81432.79450.15793.5596-0.05820.1319-0.0947-0.64040.18280.809-0.0015-0.2908-0.12460.5223-0.0683-0.31640.24190.13280.4671-0.465-74.238-1.4838
258.3503-7.2031-2.32116.21362.00220.64520.2957-0.1696-0.17620.3167-0.11880.779-0.4798-0.6155-0.1770.5707-0.0155-0.05430.6380.05060.7021-3.423-62.179211.2382
263.5913.5264-0.88724.6711-3.81777.4052-0.2951-1.18140.8235-0.50450.37940.7033-0.0372-0.4511-0.08430.2983-0.2236-0.0690.61920.02160.7967-6.2796-75.25898.0231
276.1622-0.22621.75450.6308-1.63744.47430.2028-0.19540.31970.7364-0.10210.75320.7125-0.3411-0.10080.4423-0.11420.03770.39770.21290.43995.4777-71.764611.7755
283.26252.233-1.21895.0187-1.84953.5225-0.0027-0.10040.0420.41980.21620.37820.4626-0.4057-0.21350.4221-0.04680.04280.35120.02540.333211.6548-71.939615.6078
292.7341-0.5795-0.28721.2105-1.48453.39530.13570.3511-0.0341-0.18540.0285-0.00710.34310.4758-0.16430.44-0.005-0.03850.3364-0.11320.358634.3414-57.75811.7693
301.06690.9041-0.52953.7411-2.76774.14340.01830.0358-0.06070.12150.20960.022-0.1782-0.1899-0.22790.34450.0152-0.00120.3745-0.09030.281728.964-46.57970.0491
316.42390.487-0.96372.88021.68523.1305-0.09520.13050.32490.1765-0.1424-0.2204-0.15580.28330.23750.412-0.0191-0.03770.38930.06920.322939.9667-33.9869-15.2277
320.56330.55480.43343.2854-3.26795.3174-0.01130.1631-0.21830.0425-0.2836-0.1457-0.24870.05970.29490.33080.0339-0.05780.3673-0.08590.337932.8243-44.2453-3.5403
331.4128-0.28410.11330.57760.66750.92450.0261-0.75320.03570.6648-0.02240.09640.3352-0.2647-0.00380.483-0.10.1220.4475-0.00840.333313.2465-63.092921.6897
344.1558-2.5221.44862.71990.43591.9588-1.1177-0.76760.7489-0.14920.6220.00170.7083-0.13770.49570.94280.3886-0.03530.6059-0.1961-0.057821.8496-87.1012-25.6441
354.7929-3.20431.28673.8174-0.11710.6751-0.1270.08080.84640.0278-0.1114-0.81160.05840.62780.23840.54380.004-0.04990.5107-0.01010.521823.9676-80.748-37.5985
367.7179-0.88360.23110.3975-0.27823.1849-0.4103-0.1186-0.28390.60820.29410.4935-0.0228-0.32160.11620.47540.07530.08990.3919-0.09270.157211.2579-83.8741-39.958
370.01590.0051-0.31220.0017-0.1016.12760.30140.43421.38561.8286-1.0243-1.10040.6256-1.23370.7230.74790.2825-0.20410.407-0.05190.486524.1865-89.1944-30.6476
382.87180.71352.75535.6111-1.33373.39320.36940.0293-0.49171.269-0.46230.02720.3447-0.660.09290.6074-0.04580.50550.47120.32250.352114.0838-104.7706-30.0633
394.1944-0.33740.06164.47893.18542.28720.0051-0.4788-0.2137-0.27890.06920.2982-0.34950.0786-0.07430.71390.04890.06950.57490.14930.454616.3618-98.8637-33.6145
402.936-1.14882.48781.6776-2.393.7421-0.3147-0.22750.01010.45990.4971-0.16740.0013-0.1395-0.18250.665-0.0330.03450.6820.0130.682511.714-107.3571-41.8685
410.54290.3496-1.24626.10974.07296.9-0.97940.7093-0.01510.8524-0.05771.430.4792-0.73911.03710.65190.09310.37440.39330.0970.160915.5238-95.0113-37.8794
423.9251-0.78660.94560.2218-0.59372.772-0.55260.095-0.05210.26450.11010.27220.15640.06370.44250.25580.0532-0.03360.4560.0080.260327.834-90.7457-41.7593
431.3639-1.4763-1.85046.73950.58613.073-0.21240.20110.68-0.0011-0.3320.3511-0.40770.72430.54440.47570.0479-0.14530.57290.08880.386846.6554-80.205-30.3932
441.3022-0.0262.03650.3226-0.07613.1891.28731.30050.15630.5784-0.7525-0.00560.55130.7716-0.53480.3161-0.1346-0.12790.57650.02570.429755.4366-89.8483-22.1109
450.75230.8048-0.17856.4699-6.60647.38010.32490.11741.40060.1666-0.68460.3796-0.23-0.25020.35970.5134-0.1548-0.26330.24050.0480.667566.8081-75.4326-10.4094
464.748-0.34232.27170.1867-0.23331.11670.05891.04210.23180.1268-0.1286-0.1611-0.00790.80480.06970.4799-0.0052-0.24120.41110.13260.400660.1897-86.6771-21.9755
474.68021.0583-2.26756.2340.96725.05420.0692-0.21020.00050.01010.05040.0477-0.16130.0593-0.11960.4451-0.0159-0.00080.50230.00380.32828.4177-93.5724-50.7658
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A119 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2A133 - 154
3X-RAY DIFFRACTION3A155 - 165
4X-RAY DIFFRACTION4A166 - 187
5X-RAY DIFFRACTION5A188 - 201
6X-RAY DIFFRACTION6A202 - 212
7X-RAY DIFFRACTION7A213 - 235
8X-RAY DIFFRACTION8A236 - 242
9X-RAY DIFFRACTION9A243 - 255
10X-RAY DIFFRACTION10A256 - 268
11X-RAY DIFFRACTION11A269 - 288
12X-RAY DIFFRACTION12A289 - 322
13X-RAY DIFFRACTION13A323 - 340
14X-RAY DIFFRACTION14A341 - 356
15X-RAY DIFFRACTION15A357 - 373
16X-RAY DIFFRACTION16A374 - 394
17X-RAY DIFFRACTION17A395 - 410
18X-RAY DIFFRACTION18A411 - 426
19X-RAY DIFFRACTION19A427 - 437
20X-RAY DIFFRACTION20B120 - 137
21X-RAY DIFFRACTION21B138 - 154
22X-RAY DIFFRACTION22B155 - 188
23X-RAY DIFFRACTION23B189 - 203
24X-RAY DIFFRACTION24B204 - 231
25X-RAY DIFFRACTION25B232 - 244
26X-RAY DIFFRACTION26B245 - 266
27X-RAY DIFFRACTION27B267 - 285
28X-RAY DIFFRACTION28B286 - 300
29X-RAY DIFFRACTION29B301 - 324
30X-RAY DIFFRACTION30B325 - 361
31X-RAY DIFFRACTION31B362 - 391
32X-RAY DIFFRACTION32B392 - 414
33X-RAY DIFFRACTION33B415 - 435
34X-RAY DIFFRACTION34C123 - 137
35X-RAY DIFFRACTION35C138 - 146
36X-RAY DIFFRACTION36C147 - 174
37X-RAY DIFFRACTION37C175 - 189
38X-RAY DIFFRACTION38C190 - 222
39X-RAY DIFFRACTION39C223 - 239
40X-RAY DIFFRACTION40C245 - 265
41X-RAY DIFFRACTION41C266 - 279
42X-RAY DIFFRACTION42C280 - 309
43X-RAY DIFFRACTION43C310 - 337
44X-RAY DIFFRACTION44C338 - 359
45X-RAY DIFFRACTION45C360 - 375
46X-RAY DIFFRACTION46C376 - 419
47X-RAY DIFFRACTION47C420 - 437

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る