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- PDB-3eig: Crystal structure of a methotrexate-resistant mutant of human dih... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eig
タイトルCrystal structure of a methotrexate-resistant mutant of human dihydrofolate reductase
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / MUTANT HUMAN DIHYDROFOLALE REDUCTASE / NADP / One-carbon metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / axon regeneration / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription ...regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / axon regeneration / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / one-carbon metabolic process / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / NADP binding / negative regulation of translation / mRNA binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / METHOTREXATE / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yachnin, B.J. / Berghuis, A.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Multiple conformers in active site of human dihydrofolate reductase F31R/Q35E double mutant suggest structural basis for methotrexate resistance.
著者: Volpato, J.P. / Yachnin, B.J. / Blanchet, J. / Guerrero, V. / Poulin, L. / Fossati, E. / Berghuis, A.M. / Pelletier, J.N.
履歴
登録2008年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,69611
ポリマ－21,3611
非ポリマー1,33510
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.348, 47.868, 90.715
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 21360.531 Da / 分子数: 1 / 変異: F31R, Q35E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHFR, DHFRP1 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00374, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト


分子量: 454.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5 / コメント: 化学療法薬*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M sodium dihydrogen phosphate, 2.0 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月24日 / 詳細: Osmic Confocal Blue
放射モノクロメーター: Rotating copper anode (1.5418) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 20461 / Num. obs: 20461 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 21.584801 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Num. unique all: 1941 / Rsym value: 0.473 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U72

1u72


解像度: 1.7→10.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.707 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22297 2066 10.2 %RANDOM
Rwork0.17442 ---
all0.17929 20304 --
obs0.17929 20304 97.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.372 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→10.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1464 0 74 138 1676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4172.0242208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0745202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59924.84866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.87915284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.37157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021202
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2681
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21073
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7361.5999
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08121571
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.733735
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5914.5628
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.742 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 136 -
Rwork0.264 1234 -
obs-1370 92.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.61930.09990.23251.2761-0.4351.24010.01550.0360.02890.0242-0.0341-0.03860.0053-0.01230.01850.109200.0140.05680.0112-0.075718.75-6.286-13.368
25.9224-2.64-4.83041.74381.56175.00760.04790.2686-0.0578-0.0674-0.03450.09780.1143-0.2933-0.01330.0923-0.0211-0.00020.06620.0032-0.06174.504-8.722-15.079
34.21.1634-1.54292.275-1.15522.94650.08870.040.1583-0.0470.06910.0402-0.1165-0.0456-0.15780.1121-0.00090.01970.02990.0148-0.05568.83.888-16.544
44.65591.2726-3.50294.9203-0.67128.94860.3481-0.190.70910.33450.0640.0384-0.59820.3214-0.41210.0909-0.01450.0624-0.0709-0.0503-0.014210.61513.175-11.783
543.86058.902915.712412.575615.05520.73270.0798-1.05831.8648-0.6794-1.18170.94-0.6562-1.44631.10180.23150.11280.14070.0098-0.15650.031-1.01311.524-4.993
67.03810.2370.06170.85630.4812.910.171-0.13470.35340.2659-0.076-0.0365-0.07830.0969-0.0950.1322-0.03510.02760.02360.0036-0.053110.5970.977-5.137
72.16790.8157-1.65450.6774-0.50132.06680.1014-0.1466-0.05130.0778-0.084-0.117-0.10870.1502-0.01740.1010.0015-0.01380.07490.0121-0.077519.831-9.704-5.447
85.6309-0.704-5.93040.39751.04248.3826-0.1078-0.0664-0.1863-0.0159-0.00660.03350.1408-0.00220.11440.1009-0.00060.01970.0202-0.0063-0.072613.545-19.436-13.172
95.6609-5.66580.056812.5413.279614.9459-0.3615-0.49310.24740.70990.2384-0.1845-0.2656-0.23380.12310.0966-0.0166-0.02060.0561-0.0014-0.126511.762-9.1683.351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2A28 - 44
3X-RAY DIFFRACTION3A45 - 77
4X-RAY DIFFRACTION4A78 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5A99 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6A107 - 127
7X-RAY DIFFRACTION7A128 - 160
8X-RAY DIFFRACTION8A161 - 180
9X-RAY DIFFRACTION9A181 - 186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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