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- PDB-3ei0: Structure of the E221A mutant of the Gloebacter violaceus pentame... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ei0
タイトルStructure of the E221A mutant of the Gloebacter violaceus pentameric ligand gated ion channnel (GLIC)
要素Glr4197 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Pentameric ligand gated ion channel / prokaryotic cys-loop receptor / cation selective channel
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain ...Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Proton-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hilf, R.J.C. / Dutzler, R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structure of a potentially open state of a proton-activated pentameric ligand-gated ion channel
著者: Hilf, R.J. / Dutzler, R.
履歴
登録2008年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glr4197 protein
B: Glr4197 protein
C: Glr4197 protein
D: Glr4197 protein
E: Glr4197 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,0985
ポリマ－181,0985
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20340 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area65380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.638, 133.765, 161.647
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.670, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 7 - 316 / Label seq-ID: 8 - 317

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE

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要素

#1: タンパク質
Glr4197 protein


分子量: 36219.688 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 50-359 / 変異: E221A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア)
プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7NDN8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.04 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 9% PEG4000, 50mM CH3COONa, 500mM (NH4)2SO4, pH4.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277.15K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年5月26日 / 詳細: DECTRIS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→40 Å / Num. obs: 46926 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 6845

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EHZ

3ehz


解像度: 3.5→19.997 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.746 / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 2373 5.08 %
Rwork0.255 --
obs0.256 46690 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 173.13 Å2 / Biso mean: 107.207 Å2 / Biso min: 64.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.585 Å2-0 Å2-50.234 Å2
2---18.906 Å2-0 Å2
3----30.142 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→19.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12585 0 0 0 12585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04717660
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0712060
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.064535
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2517X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2517X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
13C2517X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.021
14D2517X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.026
15E2517X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.57110.43131750.36452533X-RAY DIFFRACTION99
3.5711-3.64830.37261780.33622561X-RAY DIFFRACTION99
3.6483-3.73260.3354460.31712752X-RAY DIFFRACTION99
3.7326-3.82530.30951390.2982567X-RAY DIFFRACTION99
3.8253-3.9280.3211880.29282536X-RAY DIFFRACTION100
3.928-4.04260.31581860.28482564X-RAY DIFFRACTION99
4.0426-4.1720.219790.26732675X-RAY DIFFRACTION97
4.172-4.31970.27151740.25462570X-RAY DIFFRACTION100
4.3197-4.49070.2691830.23272590X-RAY DIFFRACTION99
4.4907-4.69260.2321840.20212537X-RAY DIFFRACTION100
4.6926-4.936500.1892738X-RAY DIFFRACTION100
4.9365-5.24060.24551830.19932594X-RAY DIFFRACTION100
5.2406-5.63680.24131690.23172555X-RAY DIFFRACTION98
5.6368-6.18870.28581870.2542594X-RAY DIFFRACTION100
6.1887-7.049700.26212773X-RAY DIFFRACTION100
7.0497-8.7560.34351850.25312563X-RAY DIFFRACTION98
8.756-19.9970.19361870.24352615X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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