PDB-3ehz: X-ray structure of the pentameric ligand gated ion channel of Glo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ehz

タイトル

X-ray structure of the pentameric ligand gated ion channel of Gloebacter violaceus (GLIC) in a presumptive open conformation

要素

Glr4197 protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / pentameric ligand gated ion channel / prokaryotic cys-loop receptor / cation selective channel

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Hilf, R.J.C. / Dutzler, R.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structure of a potentially open state of a proton-activated pentameric ligand-gated ion channel
著者: Hilf, R.J. / Dutzler, R.

履歴

登録	2008年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ehz.cif.gz	315.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ehz.ent.gz	258.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ehz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ehz_validation.pdf.gz	472.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ehz_full_validation.pdf.gz	560.8 KB	表示
XML形式データ	3ehz_validation.xml.gz	63.1 KB	表示
CIF形式データ	3ehz_validation.cif.gz	85.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/3ehz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/3ehz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ei0C 2vl0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5heh-d 2xq4-d 4lml-d 5heg-d 6f0i-d 2xq7-d 4ilb-d 2xq9-d 4lmk-d 3p50-d 3tls-d 2xq5-d 2xq6-d 4il4-d 2xq3-d 5mzr-d 5v6o-d 6emx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (7) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Glr4197 protein

B: Glr4197 protein

C: Glr4197 protein

D: Glr4197 protein

E: Glr4197 protein

181 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.225, 132.864, 161.422
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.190, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 7 - 316 / Label seq-ID: 8 - 317

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E

#1: タンパク質	Glr4197 protein 分子量: 36277.723 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 50-359 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア) 株: PCC 7421 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.72 % / Mosaicity: 0.64 °
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 9% PEG4000, 50mM CH3COONa, 200mM (NH4)2SO4, pH4.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277.15K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年5月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.1→40 Å / Num. obs: 66826 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.092 / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 5.28

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
3.1-3.27	6.5	0.607	1.1	62851	9731	0.607	99.9
3.27-3.47	6.5	0.375	1.9	59861	9220	0.375	99.9
3.47-3.71	6.1	0.232	3	52764	8624	0.232	99.2
3.71-4	6	0.14	5	48760	8065	0.14	99.5
4-4.38	6.6	0.091	7.3	48718	7398	0.091	99.6
4.38-4.9	6.2	0.064	9	41751	6722	0.064	99.5
4.9-5.66	6.3	0.061	9.5	37709	5964	0.061	99.8
5.66-6.93	6.4	0.062	10.4	32568	5058	0.062	99.8
6.93-9.8	5.9	0.049	10.3	23082	3880	0.049	99.3
9.8-48.85	5.8	0.037	10.1	12519	2164	0.037	98

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VL0

2vl0

解像度: 3.1→19.972 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.746 / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	3347	5.03 %
R_work	0.238	-	-
obs	0.239	66589	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 68.742 Å² / k_sol: 0.313 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 185.65 Å² / B_iso mean: 87.014 Å² / B_iso min: 28.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	15.725 Å²	-0 Å²	-38.313 Å²
2-	-	-5.804 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-9.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.972 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12605	0	0	47	12652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	12945
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.378	17685
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	2060
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2215
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.017	4550

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2521	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2521	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032
1	3	C	2521	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.028
1	4	D	2521	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
1	5	E	2521	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.1441	0.3832	197	0.3376	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1441-3.1909	0.379	62	0.3138	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1909-3.2406	0.3162	134	0.3206	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2406-3.2934	0.418	197	0.3323	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2934-3.35	0.298	134	0.3166	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.4106	0.4035	113	0.3133	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4106-3.4759	0.3924	124	0.3055	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4759-3.5464	0.3729	180	0.2824	2534	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5464-3.6231	0.2945	139	0.2584	2639	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6231-3.7069	0.2971	65	0.2444	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7069-3.799	0.2652	155	0.2317	2579	X-RAY DIFFRACTION	99
3.799-3.9009	0.2861	187	0.2295	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9009-4.0148	0.3352	154	0.2385	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0148-4.1433	0.2268	36	0.2208	2735	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1433-4.29	0.2427	180	0.2045	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
4.29-4.4599	0.2367	186	0.1917	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4599-4.6604	0.1792	179	0.1714	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6604-4.9027	0.129	4	0.1485	2744	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9027-5.2048	0.1948	186	0.16	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2048-5.5984	0.2216	181	0.1941	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5984-6.1469	0.2739	187	0.237	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1469-7.0026		0	0.2438	2797	X-RAY DIFFRACTION	99
7.0026-8.6994	0.293	180	0.2208	2605	X-RAY DIFFRACTION	99
8.6994-19.9724	0.175	187	0.2301	2660	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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