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万見
- PDB-3ehw: Human dUTPase in complex with alpha,beta-imido-dUTP and Mg2+: vis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ehw
タイトルHuman dUTPase in complex with alpha,beta-imido-dUTP and Mg2+: visualization of the full-length C-termini in all monomers and suggestion for an additional metal ion binding site
要素dUTP pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / jelly-roll / full-length C-terminal arm / enzyme-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine deoxyribonucleotide binding / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / peroxisome proliferator activated receptor binding / nucleobase-containing compound metabolic process / signaling receptor inhibitor activity / dTMP biosynthetic process ...pyrimidine deoxyribonucleotide binding / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / peroxisome proliferator activated receptor binding / nucleobase-containing compound metabolic process / signaling receptor inhibitor activity / dTMP biosynthetic process / regulation of protein-containing complex assembly / liver development / DNA replication / magnesium ion binding / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Takacs, E. / Barabas, O. / Vertessy, B.G.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Human dUTPase in complex with alpha,beta-imido-dUTP and Mg2+: visualization of the full-length C-termini in all monomers and suggestion for an additional metal ion binding site
著者: Takacs, E. / Barabas, O. / Vertessy, B.G.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Human dUTP pyrophosphatase: uracil recognition by a beta hairpin and active sites formed by three separate subunits.
著者: Mol, C.D. / Harris, J.M. / McIntosh, E.M. / Tainer, J.A.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2007
タイトル: Active site closure facilitates juxtaposition of reactant atoms for initiation of catalysis by human dUTPase.
著者: Varga, B. / Barabas, O. / Kovari, J. / Toth, J. / Hunyadi-Gulyas, E. / Klement, E. / Medzihradszky, K.F. / Tolgyesi, F. / Fidy, J. / Vertessy, B.G.
履歴
登録2008年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年3月7日Group: Database references
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dUTP pyrophosphatase
B: dUTP pyrophosphatase
C: dUTP pyrophosphatase
X: dUTP pyrophosphatase
Y: dUTP pyrophosphatase
Z: dUTP pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,62420
ポリマ－106,6266
非ポリマー2,99714
水13,169731
1
A: dUTP pyrophosphatase
B: dUTP pyrophosphatase
C: dUTP pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,81210
ポリマ－53,3133
非ポリマー1,4997
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16640 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area14140 Å2
手法PISA
2
X: dUTP pyrophosphatase
Y: dUTP pyrophosphatase
Z: dUTP pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,81210
ポリマ－53,3133
非ポリマー1,4997
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16270 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area14180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.446, 87.160, 70.608
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
dUTP pyrophosphatase


分子量: 17771.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUT / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6FHN1, UniProt: P33316*PLUS, dUTP diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE


分子量: 467.157 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES buffer, containing 20% PEG 3350 and 200 mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8031 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月7日 / 詳細: BENT, VERTICALLY FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: Si [111], horizontally focusing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8031 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 70417 / Num. obs: 70417 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.17 % / Biso Wilson estimate: 26.26 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 10.15
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.13 % / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique all: 10689 / Rsym value: 0.475 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q5U

1q5u


解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 6.299 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19898 3574 5.1 %RANDOM
Rwork0.1576 ---
obs0.15972 66842 95.84 %-
all-66842 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å20 Å2-0.07 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6346 0 176 731 7253
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226678
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2891.9959069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4395851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.11622.933283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.382151032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1461553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.23386
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.24585
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2902
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0160.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.87524251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5246640
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.44662710
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.14202421
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 247 -
Rwork0.235 5060 -
obs--97.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21780.371-0.15030.6834-0.20310.75770.0096-0.1530.09110.0638-0.01980.02860.0336-0.0150.0102-0.0422-0.0056-0.0028-0.0495-0.022-0.0658-10.6739-0.038732.4647
20.6136-0.2207-0.23410.5974-0.16670.80730.01940.0089-0.0482-0.0456-0.003-0.0076-0.01180.0077-0.0163-0.05240.0034-0.0047-0.05520.0206-0.040622.179912.5621.0126
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 164
2X-RAY DIFFRACTION1B24 - 164
3X-RAY DIFFRACTION1C24 - 164
9X-RAY DIFFRACTION2X24 - 164
10X-RAY DIFFRACTION2Y24 - 164
11X-RAY DIFFRACTION2Z24 - 164

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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