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- PDB-3ehk: Crystal structure of Pru du amandin, an allergenic protein from p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ehk
タイトルCrystal structure of Pru du amandin, an allergenic protein from prunus dulcis
要素Prunin
キーワードPLANT PROTEIN / Globulin / 11S seed storage protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cotyledon development / extraorganismal space / seed development / nutrient reservoir activity / protein hexamerization / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
11-S seed storage protein, conserved site / 11-S plant seed storage proteins signature. / 11-S seed storage protein, plant / : / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold ...11-S seed storage protein, conserved site / 11-S plant seed storage proteins signature. / 11-S seed storage protein, plant / : / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Prunus dulcis (アーモンド)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Gaur, V. / Salunke, D.M.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Pru du amandin, an allergenic protein from prunus dulcis
著者: Gaur, V. / Salunke, D.M.
履歴
登録2008年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prunin
B: Prunin
C: Prunin
D: Prunin
E: Prunin
F: Prunin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,6296
ポリマ－365,6296
非ポリマー00
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area48510 Å2
ΔGint-132.2 kcal/mol
Surface area66050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.099, 151.099, 164.628
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質
Prunin


分子量: 60938.148 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Prunus dulcis (アーモンド) / 参照: UniProt: Q43607
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl (pH8.5), 2.0M Ammonium Sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月7日 / 詳細: Osmic Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 59067 / Num. obs: 59067 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.56 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 2.43 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
AUTOMARデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UD1

1ud1


解像度: 3.2→33.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.86 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.813 / SU B: 56.962 / SU ML: 0.428 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.654 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27899 4859 10.1 %RANDOM
Rwork0.2543 ---
obs0.25679 43052 78.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.023 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.88 Å20 Å20 Å2
2--2.88 Å20 Å2
3----5.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→33.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18252 0 0 107 18359
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02118612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8911.91125236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.94952280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.76924.6491110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.706152940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6715168
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.22682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3130.210112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3430.212371
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2734
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3580.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.9711.511424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.989218276
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.95437188
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8094.56960
LS精密化 シェル解像度: 3.199→3.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 363 -
Rwork0.346 3163 -
obs--78.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0933-0.01170.07330.1386-0.1340.83180.0197-0.02280.02-0.0292-0.04630.0425-0.111-0.19370.0265-0.10450.0460.03210.0199-0.051-0.0044110.483487.58011.5233
20.5369-0.14230.21760.1355-0.1220.69270.06180.05890.1637-0.0207-0.0915-0.0235-0.35850.23260.0297-0.0149-0.09320.009-0.00870.015-0.0453142.8064100.9674-13.7254
31.09290.2425-0.21880.1975-0.13530.90950.0042-0.08780.02920.0299-0.04710.01480.01810.14180.0428-0.1548-0.0234-0.00930.03560.0041-0.0709143.93275.851715.0335
40.1878-0.0746-0.02270.4193-0.2871.04140.01780.106-0.06380.0582-0.02530.06020.1614-0.16270.0074-0.1524-0.035-0.03470.0288-0.06880.0035110.496463.4546-21.5551
50.45230.0867-0.20210.2224-0.12230.61610.0306-0.0857-0.15380.0114-0.0815-0.03840.40670.2460.0510.00230.079-0.001-0.01240.0193-0.0368142.814650.1439-6.333
60.5909-0.04120.2750.113-0.07590.75190.0208-0.03930.0009-0.0696-0.02060.01820.0410.1494-0.0003-0.13240.01440.01210.05720.0012-0.0614143.971775.2018-35.0603
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 523
3X-RAY DIFFRACTION2B10 - 523
5X-RAY DIFFRACTION3C10 - 523
7X-RAY DIFFRACTION4D10 - 523
9X-RAY DIFFRACTION5E10 - 523
11X-RAY DIFFRACTION6F10 - 523

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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