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- PDB-3eh8: Crystal structure of Y2 I-AniI variant (F13Y/S111Y)/DNA complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eh8
タイトルCrystal structure of Y2 I-AniI variant (F13Y/S111Y)/DNA complex with calcium
要素
  • (31-MER) x 2
  • Intron-encoded DNA endonuclease I-AniI
キーワードHYDROLASE/DNA / Protein-DNA complex / Endonuclease / Hydrolase / Intron homing / Mitochondrion / mRNA processing / mRNA splicing / Nuclease / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / RNA splicing / mRNA processing / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / : / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. ...LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / : / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Intron-encoded DNA endonuclease I-AniI
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Takeuchi, R. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Optimization of in vivo activity of a bifunctional homing endonuclease and maturase reverses evolutionary degradation.
著者: Takeuchi, R. / Certo, M. / Caprara, M.G. / Scharenberg, A.M. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2008年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年6月26日Group: Database references
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intron-encoded DNA endonuclease I-AniI
D: Intron-encoded DNA endonuclease I-AniI
G: Intron-encoded DNA endonuclease I-AniI
B: 31-MER
C: 31-MER
E: 31-MER
F: 31-MER
H: 31-MER
I: 31-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,27715
ポリマ－146,0369
非ポリマー2406
水1,20767
1
A: Intron-encoded DNA endonuclease I-AniI
B: 31-MER
C: 31-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7595
ポリマ－48,6793
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8370 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area19630 Å2
手法PISA
2
D: Intron-encoded DNA endonuclease I-AniI
E: 31-MER
F: 31-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7595
ポリマ－48,6793
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8470 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
3
G: Intron-encoded DNA endonuclease I-AniI
H: 31-MER
I: 31-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7595
ポリマ－48,6793
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8420 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.555, 192.603, 161.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Intron-encoded DNA endonuclease I-AniI / mRNA maturase bI1 / COB intron protein / Truncated non-functional cytochrome b / DNA ...mRNA maturase bI1 / COB intron protein / Truncated non-functional cytochrome b / DNA endonuclease/RNA maturase I-AniI


分子量: 29611.490 Da / 分子数: 3 / 断片: Y2 I-AniI (UNP residues 237-488) / 変異: F13Y, F80K, S111Y, L232K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Emericella nidulans (カビ) / 遺伝子: AnCOB Intron Gene / プラスミド: pET system / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL+
参照: UniProt: P03880, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 31-MER


分子量: 9609.168 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: the physiological DNA target site of I-AniI in the mitochondrial apocytochrome B gene of A. nidulans
#3: DNA鎖 31-MER


分子量: 9458.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: the physiological DNA target site of I-AniI in the mitochondrial apocytochrome B gene of A. nidulans
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 32% Polypropylene glycol P400, 0.08M Bis-Tris, 0.25M sodium chloride, 0.05M calucium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Polypropylene glycol P40011
2Bis-Tris11
3sodium chloride11
4calucium chloride11
5Polypropylene glycol P40012
6Bis-Tris12
7sodium chloride12
8calucium chloride12

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→37.14 Å / Num. all: 46294 / Num. obs: 44303 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 28.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 3.25 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1P8K

1p8k


解像度: 2.7→37.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 27.67 / SU ML: 0.268 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.365 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25316 2126 5.1 %RANDOM
Rwork0.1978 ---
obs0.20057 39630 90.2 %-
all-43936 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.305 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å2-0 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→37.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6273 3795 6 67 10141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02210650
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5912.42615162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0625759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.76723.696276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.277151257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0631536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.24182
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.26749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.220.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5021.53904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8926147
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.96739064
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.584.59015
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.703→2.772 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 133 -
Rwork0.302 2504 -
obs--78.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.82460.2866-0.4491.36470.05550.9187-0.00510.03420.06280.1052-0.027-0.0395-0.0026-0.04070.032-0.0507-0.0004-0.0436-0.04620.009-0.006928.7922-31.082-1.7586
24.3281.0013-2.53233.2793-0.88664.7885-0.1274-0.40880.11070.4705-0.0472-0.08460.21690.27110.1746-0.0689-0.0098-0.1289-0.19260.006-0.223532.3043-34.00527.2599
35.44070.271-0.12531.77420.4192.824-0.06620.3649-0.3336-0.1904-0.2047-0.19790.0895-0.08680.2709-0.18960.02980.0457-0.3440.0651-0.177414.7948-7.499528.9305
46.6781.49761.50052.92321.23894.1879-0.22531.0374-0.2422-0.5404-0.0505-0.204-0.3589-0.24370.2758-0.08690.07580.06810.00760.0625-0.182614.0698-3.293519.8707
51.91531.25940.00596.7874-0.25882.283-0.03580.21870.0325-0.3676-0.3223-0.5040.25280.29640.3582-0.34110.07210.0327-0.13210.1734-0.209739.7256-40.58455.54
60.3981-0.4563-0.29313.56120.80511.56-0.00630.1980.233-0.4945-0.1393-0.03750.17170.060.14560.01570.05620.0411-0.02850.0629-0.117135.9331-39.570745.9848
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 254
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 31
3X-RAY DIFFRACTION2C1 - 31
4X-RAY DIFFRACTION3D1 - 254
5X-RAY DIFFRACTION4E1 - 31
6X-RAY DIFFRACTION4F1 - 31
7X-RAY DIFFRACTION5G1 - 254
8X-RAY DIFFRACTION6H1 - 31
9X-RAY DIFFRACTION6I1 - 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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