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万見
- PDB-3efx: Novel binding site identified in a hybrid between cholera toxin a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3efx
タイトルNovel binding site identified in a hybrid between cholera toxin and heat-labile enterotoxin, 1.9A crystal structure reveals the details
要素Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
キーワードTOXIN / PROTEIN-CARBOHYDRATE COMPLEX / CHOLERA TOXIN / HEAT-LABILE ENTEROTOXIN / BLOOD GROUP ANTIGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Holmner, A. / Lebens, M. / Teneberg, S. / Angstrom, J. / Okvist, M. / Krengel, U.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Novel binding site identified in a hybrid between cholera toxin and heat-labile enterotoxin: 1.9 A crystal structure reveals the details
著者: Holmner, A. / Lebens, M. / Teneberg, S. / Angstrom, J. / Okvist, M. / Krengel, U.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Novel binding site identified in a hybrid between cholera toxin and heat-labile enterotoxin: 1.9 A crystal structure reveals the details
著者: Holmner, A. / Lebens, M. / Teneberg, S. / Angstrom, J. / Okvist, M. / Krengel, U.
履歴
登録2008年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2008年9月23日ID: 2NZG
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年6月24日Group: Source and taxonomy
改定 1.32015年9月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.42020年1月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity_src_gen / struct_conn / struct_ref
Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年4月10日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.gene_src_strain

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
E: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
F: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
G: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
H: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
I: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
J: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
K: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
L: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
M: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,44020
ポリマ－116,06210
非ポリマー8,37810
水15,997888
1
D: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
E: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
F: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
G: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
H: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,22010
ポリマ－58,0315
非ポリマー4,1895
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14130 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area20430 Å2
手法PISA
2
I: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
J: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
K: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
L: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
M: Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,22010
ポリマ－58,0315
非ポリマー4,1895
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13490 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area21280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.200, 70.100, 137.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Cholera enterotoxin subunit B, Heat-labile enterotoxin B chain


分子量: 11606.234 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: JS1569 / プラスミド: PML-LCTBK / 発現宿主: VIBRIO CHOLERAE (コレラ菌) / 参照: UniProt: P0CK94*PLUS
#2: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 837.771 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2[DGalpNAca1-3]DGalpb1-4[LFucpa1-3]DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-2-4/a3-b1_a4-c1_c2-d1_c3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-GalpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 888 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細BLOOD GROUP A TYPE-2 PENTASACCHARIDE GALNACA3(FUCA2)GALB4(FUCA3)GLCB
配列の詳細SEQUENCE IS A HYBRID BETWEEN THE B-SUBUNITS FROM CHOLERA TOXIN AND THE HEAT-LABILE ENTEROTOXIN FROM ...SEQUENCE IS A HYBRID BETWEEN THE B-SUBUNITS FROM CHOLERA TOXIN AND THE HEAT-LABILE ENTEROTOXIN FROM ESCHERICHIA COLI, DIFFERING FROM THE CLASSICAL CHOLERA TOXIN SEQUENCE AT POSITIONS 1, 7, 10, 18, 20, 25, 94 AND 95 (SEQUENCE FOR THE HYBRID IS NOT DEPOSITED IN ANY SEQUENCE DATABASE)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 23-24% PEG 3350, 0.25-0.3M CALCIUM CHLORIDE, 20% GLYCEROL, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンMAX II I71110.97
回転陽極RIGAKU RU30021.5418
検出器
タイプID検出器
MAR CCD 165 mm1CCD
MAR scanner 345 mm plate2IMAGE PLATE
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971
21.54181
反射解像度: 1.94→19.44 Å / Num. all: 77618 / Num. obs: 74812 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): -3.2 / Observed criterion σ(I): -3.2 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / % possible all: 92.94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EEI

1eei


解像度: 1.94→19.44 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23179 3773 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.18359 71039 --
obs0.18359 71039 --
原子変位パラメータBiso mean: 23.064 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å2-2.11 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---0.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.165 Å0.18 Å
Luzzati sigma a-0.111 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→19.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7402 0 570 888 8860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.29
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.663
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.005
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.209
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.307
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.155
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.191
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.244
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.811
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.772
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 263 -
Rwork0.205 --
obs-5044 92.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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